寫在前面 以前總看到問題是，基因結(jié)構(gòu)可視化的問題；現(xiàn)在則變成了啟動(dòng)子元件的預(yù)測(cè)或者說可視化。這本身比較簡(jiǎn)單，也比較玄乎，所以我一直不是太樂意與別人討論。但學(xué)院今天斷網(wǎng)，手上的...
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植物啟動(dòng)子-順式作用元件-批量提取-預(yù)測(cè)-可視化分析 -
pheatmap熱圖技巧合集突然間發(fā)現(xiàn)，我一做熱圖就用pheatmap幾乎不存在第二個(gè)選項(xiàng)了。是時(shí)候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一個(gè)值得注意的參數(shù)，它旨在說明你想...
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周運(yùn)來，男，長大了才會(huì)遇到的帥哥，穩(wěn)健，瀟灑，大方，靠譜。一段生信緣，一棵技能樹。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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RPKM，F(xiàn)PKM和TPM明確解釋
RPKM，F(xiàn)PKM和TPM明確解釋| RNA-Seq博客 來自StatQuest 過去，當(dāng)您進(jìn)行RNA測(cè)序時(shí)，您以RPKM（Reads Per Kilobase Millio...
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生信技能樹，生信菜鳥團(tuán)，jimmy
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BUSCO - 組裝質(zhì)量評(píng)估BUSCO - 組裝質(zhì)量評(píng)估軟件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 額。直譯的話就是普遍通用的單拷貝直...
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使用fastp進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控
fastp是一款較新的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件，接觸這個(gè)軟件也是由于目前市場(chǎng)的軟件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接觸到一個(gè)RNAseq數(shù)據(jù)，質(zhì)量較差，需要去除接頭而且含N較多，序列...
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KEGG pathway 注釋整理
KEGG pathway 注釋整理 獲得KEGG注釋 通過eggnog-mapper和interproscan兩個(gè)軟件(或數(shù)據(jù)庫)，可以獲得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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下載安裝interproscan
注：本文系本人翻譯官方文檔HowToDownload 獲取InterProScan 5的副本 首先檢查您的系統(tǒng)是否滿足安裝要求。要安裝InterProScan 5軟件，你需要...
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interproscan的安裝要求
注:本文系本人翻譯于github上interproscan的安裝要求 安裝要求 InterProScan是為在Linux上運(yùn)行而開發(fā)的。目前還沒有針對(duì)Windows或蘋果(M...
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interproscan 主頁
注：本文系本人翻譯于github上interproscan的文檔。 介紹 什么是InterProScan？ InterPro是一個(gè)數(shù)據(jù)庫，它集成了來自許多合作伙伴關(guān)于蛋白質(zhì)功...
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可以使用AWK命令提取處理
簡(jiǎn)單小需求：如何將FPKM轉(zhuǎn)換成TPM？
劉小澤寫于19.2.21或許這還是個(gè)比較常用的需求 我們做轉(zhuǎn)錄組分析，得到的結(jié)果可能是FPKM。但是FPKM確實(shí)存在不準(zhǔn)確性，推薦使用TPM。 read count和FPKM...
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請(qǐng)問GENE-GO注釋的數(shù)據(jù)框如何整理，我做的是橡膠樹的轉(zhuǎn)錄組使用Y叔的也是遇到了一些問題，所有想自己弄個(gè)物種，供以后使用。
「Bioconductor」讓我們愉快的為自己做一個(gè)物種包吧
做植物是一件比較艱苦的事情，不但資源少，而且有限的資源未必還能用的好，就拿Bioconductor上的注釋包來說吧，我在「Bioconductor」不要輕易相信Annotat...
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測(cè)序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲(chǔ)不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對(duì)應(yīng)關(guān)系，以及基因與G...
個(gè)人介紹
剛?cè)腴T生物信息的研究僧，目前就讀于海南大學(xué)，在中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院橡膠所進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，本簡(jiǎn)書賬號(hào)發(fā)布一些生信學(xué)生過程中的筆記與廣大生信人一起交流學(xué)習(xí)。有問題或者是交流請(qǐng)聯(lián)系郵箱:linxianzu1995@163.com