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Fastq 格式說明 & (Phred33 or Phred64)Fastq格式是一種基于文本的存儲(chǔ)生物序列和對應(yīng)堿基（或氨基酸）質(zhì)量的文件格式。最初由桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute）開發(fā)出來，現(xiàn)...
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「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第一課: 對SNP位點(diǎn)進(jìn)行注釋我們用于實(shí)戰(zhàn)的數(shù)據(jù)集來自于2019年發(fā)表于NG的西瓜文章，它提供了GATK過濾后的SNP數(shù)據(jù)集用于分析，并且附錄提供了完整的樣本信息。該SNP數(shù)據(jù)集包括414個(gè)西瓜，2000...
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人類基因組hg19.fa和hg38.fa下載及基因注釋下載
詳細(xì)先查看：http://www.bio-info-trainee.com/1469.html http://www.itdecent.cn/p/3e545b9a3c68 ...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（1）前幾天學(xué)習(xí)了文獻(xiàn)CUT&Tag[http://www.itdecent.cn/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟著官網(wǎng)來學(xué)習(xí)如何分析CUT&Tag數(shù)據(jù)了...
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CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析（1）官網(wǎng)給的參數(shù)其實(shí)大多也是默認(rèn)參數(shù)，建議使用管道符或者for循環(huán)，事半功倍，不然運(yùn)行時(shí)間太長了。 1.檢測數(shù)據(jù)完整性 公司拿到的數(shù)據(jù)無論是cleandata還是rawdata，...
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時(shí)空通訊分析大盤點(diǎn)作者，Evil Genius hello，大家好，國慶后的第二天，我們繼續(xù)盤點(diǎn)，關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組已經(jīng)盤點(diǎn)了三篇文章，放在下面，供大家參考和相互交流。 10X空間轉(zhuǎn)錄組重點(diǎn)分析合...
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10X單細(xì)胞空間通訊分析之最新版cellphoneDB（v4）解讀作者，Evil Genius 前不久剛給學(xué)員上了一節(jié)關(guān)于細(xì)胞通訊的課程，也發(fā)現(xiàn)了很多軟件的更新之處，在這里給大家分享一下cellphoneDB v4.0最新更新的內(nèi)容。 考慮...
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離線使用 CIBERSORTx 的方法CIBERSORTx 是一種強(qiáng)大的工具，用于從混合組織樣本中推斷細(xì)胞類型組成。目前，CIBERSORTx 主要通過其在線平臺(tái)提供服務(wù)，但也提供了離線使用的選項(xiàng)，主要通過 Do...
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全基因組 - 人類基因組變異分析（PacBio) （3）-- pbmm2一. 長讀段比對 (Long-Read Mapping)常用的比對軟件 長讀段比對算法與一代/二代測序數(shù)據(jù)的比對算法有很大的不同，因?yàn)殚L讀段通常更長、包含更多錯(cuò)誤和變異，并且...
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基因組注釋文件（二）| gff 和 gtf文件格式說明
簡介 GFF和GTF是兩種最常用的基因組注釋格式，在信息分析中建庫時(shí)除了需要fasta文件一般還會(huì)需要這兩種文件，提取需要的信息進(jìn)行注釋。 一、GFF GFF(General...
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sequins--人工合成DNA測序內(nèi)參控制方法1 用處 Sequins（sequencing spike-ins）是一種人工合成DNA標(biāo)準(zhǔn)品，它可以混入到目標(biāo)DNA樣品中，在基因組測序和分析過程中充當(dāng)內(nèi)參。用檢驗(yàn)NGS文...
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正確使用GIAB基準(zhǔn)變異集合評估生信流程準(zhǔn)確性前面我們介紹了GIAB中的標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集，包括了7個(gè)標(biāo)準(zhǔn)品的數(shù)據(jù)，分別是HG001（即NA12878），一個(gè)德系猶太人家系（HG002/HG003/HG004）和一個(gè)中國漢族人家...
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全長轉(zhuǎn)錄組 | Iso-Seq 三代測序數(shù)據(jù)分析流程 (PacBio) （1）我也認(rèn)為長讀長測序是 RNA 測序的未來！隨著價(jià)格的降低和堿基質(zhì)量的提升，傳統(tǒng)的二代RNA-seq會(huì)被逐漸取代。 很多物種的轉(zhuǎn)錄本非常多樣和復(fù)雜，絕大多數(shù)真核生物基因不符合“...
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decoupleR：豐富你的通路富集分析結(jié)果
**Article name: **decoupleR: ensemble of computational methods to infer biological acti...
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T細(xì)胞受體庫測序T細(xì)胞受體是T細(xì)胞識(shí)別靶細(xì)胞表面特異性抗原的蛋白分子，由α鏈和β鏈（分別由TRA和TRB編碼）或者γ鏈和δ 鏈（分別由TRG和TRD編碼）構(gòu)成的異二聚體，主要是以α鏈和β鏈構(gòu)...
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生物信息學(xué)流程: DNA-Seq Analysis
Introduction 介紹 GDC DNA-Seq分析管道識(shí)別全外顯子組測序（WXS）和全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)中的體細(xì)胞變異。 通過比較正常和腫瘤樣品比對中的等位基因...
