Logs 增加R包pctax內(nèi)的一些幫助上游分析的小腳本（2024.03.03） 增加Mmseqs2用于去冗余，基因聚類的速度非?？欤译S序列量線性增長（2024.03.12...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
-
宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新 -
Metagenomic workflow 宏基因組分析流程更新 查看新版：宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新 - 簡書 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
-
盤點宏轉(zhuǎn)錄組分析方法
導(dǎo)讀 1. 宏轉(zhuǎn)錄組概念： 宏轉(zhuǎn)錄組測序是對某一特定時期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進行高通量測序，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測序技術(shù)的新應(yīng)用。宏轉(zhuǎn)錄...
-
這個sortmeRNA不好用，按著步驟走 總是出現(xiàn)各種問題
sortmerna 去除rRNA
sortmerna是一款檢測文庫中rRNA含量，并去除rRNA reads的軟件。當(dāng)懷疑文庫中包含的rRNA比例較高時，這款軟件可以派上用場。以下簡單介紹它的安裝與基本使用方...
-
sortmerna 去除rRNAsortmerna是一款檢測文庫中rRNA含量，并去除rRNA reads的軟件。當(dāng)懷疑文庫中包含的rRNA比例較高時，這款軟件可以派上用場。以下簡單介紹它的安裝與基本使用方...
-
寫的真詳細
KneadData質(zhì)控、SortMeRNA去rRNA
導(dǎo)讀 宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析第一步。 一、KneadData下載、安裝、質(zhì)控 鏈接：https://bitbucket.org/biobakery/kneaddata/wiki/H...
-
KneadData質(zhì)控、SortMeRNA去rRNA
導(dǎo)讀 宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析第一步。 一、KneadData下載、安裝、質(zhì)控 鏈接：https://bitbucket.org/biobakery/kneaddata/wiki/H...
-
QIIME2 構(gòu)建數(shù)據(jù)庫以及常規(guī)分析流程
保存一下，這是一個擴增子分析流程，有參考文獻，步驟還行。https://wanjinhu.github.io/2023/10/27/pipeline-qiime2-analy...
-
初學(xué)者學(xué)習(xí)宏基因組教程
看到一篇寫的還是不錯的流程，保存一下，供參考。作者是胡萬金https://wanjinhu.github.io/2024/02/18/article-metagenomic/...
-
學(xué)習(xí)R語言繪圖，一個網(wǎng)站就夠了
很多人想學(xué)習(xí)R語言繪圖，最好的辦法就是多進行操作，這里有一個非常好的網(wǎng)站，里面匯集了大量R語言的繪圖代碼，只需將這些代碼復(fù)制下來多去操作就會有很好的收獲。r-graph-ga...
-
群體進化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個物種的一個種群向另一個種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個非常重要的來源，...
-
iTOL進化樹調(diào)圖細節(jié)記錄iTOL基本用法已經(jīng)會了，之前記錄過一點：系統(tǒng)發(fā)育（進化）樹繪制小結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/20af7e003d19]。最近重用，調(diào)圖時又發(fā)現(xiàn)了...
-
Conterminator--檢測核苷酸和蛋白質(zhì)序列組中的污染
更新: 最近有看到新的軟件可以檢測高通量序列的污染情況---fastq_screen(https://github.com/StevenWingett/FastQ-Scree...
-
請教毛毛，這個做完后能用什么圖展示那？或者說怎么做進一步的分析？
基于blast進行GO功能注釋
目前GO注釋主要分為兩種方法，其一，序列相似性即blast，其二，結(jié)構(gòu)域相似性比對（InterProsScan），該方法在前面也提及過，本文就blast進行簡要概述 所需文件...
-
自建go和kegg數(shù)據(jù)庫2022-08-03
小眾或非模式生物的自建庫GO/KEGG富集分析https://zhuanlan.zhihu.com/p/389005258[https://zhuanlan.zhihu.co...
