前言 在繪圖時，如何搭配顏色，是一個很讓人頭疼的問題。今天要介紹的包 ggsci 能大大減輕我們的負(fù)擔(dān)。 ggsci 提供了很多高質(zhì)量的顏色搭配，其靈感來自于各種 SCI 雜...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— ggsci 配色 -
ggplot2-根據(jù)group給橫坐標(biāo)排序目標(biāo)：不受x軸變量名的影響，用group信息給橫坐標(biāo)進(jìn)行排序 數(shù)據(jù)表：variable（樣本名）；value（值，想畫箱線圖）；batch_melt（批次分類，即group）...
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conda環(huán)境報(bào)錯： Solving environment: failed with initial frozen solve.
刷了機(jī)，安裝好conda環(huán)境后conda又瘋了。conda install -y samtools hisat2 bowtie2 bwa htseq bowtie報(bào)錯開始 ...
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DoHeatmap的優(yōu)化+ComplexHeatmap繪制帶特定基因的單細(xì)胞熱圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(13): inferCNV結(jié)合UPhyloplot2分析腫瘤進(jìn)化
這一個分析，我目前只在Nature Communications上面看到過兩篇文章，都是2020年發(fā)表的。腫瘤進(jìn)化是單細(xì)胞里面做腫瘤內(nèi)部異質(zhì)性一個比較創(chuàng)新的角度，我參與的課題...
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【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組】UPhyloplot2繪制腫瘤進(jìn)化的系統(tǒng)發(fā)育樹目的：繪制腫瘤進(jìn)化的系統(tǒng)發(fā)育樹 參考文章 【官網(wǎng)】https://github.com/harbourlab/UPhyloplot2[https://github.com/h...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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環(huán)境配置筆記10-Monocle3的安裝
首先按照官網(wǎng)上的代碼進(jìn)行安裝 在最后一步安裝運(yùn)行以上兩行代碼時出現(xiàn)了問題： 使用yum在CentOS7上運(yùn)行： 仍然報(bào)錯： yum沒有找到對應(yīng)依賴包，更新epel第三方軟件庫...
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太不容易了
環(huán)境配置筆記10-Monocle3的安裝
首先按照官網(wǎng)上的代碼進(jìn)行安裝 在最后一步安裝運(yùn)行以上兩行代碼時出現(xiàn)了問題： 使用yum在CentOS7上運(yùn)行： 仍然報(bào)錯： yum沒有找到對應(yīng)依賴包，更新epel第三方軟件庫...
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單細(xì)胞測序——髓系細(xì)胞注釋marker主要根據(jù)文獻(xiàn)中的描述與方法 髓系細(xì)胞分類 巨噬細(xì)胞，單核細(xì)胞，DC細(xì)胞 文獻(xiàn)一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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你好，請問load10X加載的數(shù)據(jù)是barcodes,genes,matrix這三個文件的文件夾嗎，我運(yùn)行l(wèi)oad10X總是報(bào)錯Error in full.data[[1]] : subscript out of bounds
用soupX對環(huán)境基因表達(dá)做估量和矯正
基于液滴的單細(xì)胞捕獲方法通常其單細(xì)胞液滴也會捕獲環(huán)境基因(ambient RNA)。環(huán)境基因的表達(dá)由于并不來自barcode細(xì)胞，會導(dǎo)致基因表達(dá)矩陣計(jì)數(shù)不準(zhǔn)確，更會影響用標(biāo)記...
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scRNAseq雙細(xì)胞去除-1: DoubletFinder10x平臺的雙細(xì)胞率（符合泊松分布1）： 根據(jù)Poisson分布，單個液滴包含超過一個細(xì)胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機(jī)細(xì)胞的濃度而改變。通常如果上...
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R語言pROC包繪制ROC曲線作者：白介素2相關(guān)閱讀：R語言-multiROC packageR語言生存分析04-Cox比例風(fēng)險模型診斷R語言生存分析03-Cox比例風(fēng)險模型R語言生存分析-02-ggfo...
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實(shí)驗(yàn)記錄11：scanpy對scRNA-seq數(shù)據(jù)的聚類分析R在讀取和處理數(shù)據(jù)的過程中會將所有的變量和占用都儲存在RAM當(dāng)中，這樣一來，對于海量的單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)（尤其是超過250k的細(xì)胞量），即使在服務(wù)器當(dāng)中運(yùn)行，Seura...
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monocle 2擬時序分析monocle做擬時序分析首先要構(gòu)建CDS需要3個矩陣：expr.matrix、pd、fd，其次將Seurat中的對象轉(zhuǎn)換為monocle識別的對象。然后選擇想要做擬時序依據(jù)...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘(10a)-基于FPKM標(biāo)準(zhǔn)化的單細(xì)胞差異分析本筆記來源于B站@生信技能樹-jimmy[https://space.bilibili.com/338686099]；學(xué)習(xí)視頻鏈接: 「生信技能樹」單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘[https...
