傳說中的 “bio生物信息” 首席編輯
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宏基因組分箱軟件metaWRAP報錯記錄與解決方法
最近學(xué)習(xí)微生物宏基因組分箱（binning），按官方文檔安裝metaWRAP，踩了一堆坑，記錄一下報錯及解決方法： 1. metaWRAP安裝 安裝教程及下載地址：GitHu...
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宏基因組分箱（二）Metabat2分箱實戰(zhàn)
導(dǎo)讀 上一篇：宏基因組分箱（一）Megahit組裝和QUAST質(zhì)量評價[http://www.itdecent.cn/p/41f7d6134c0d]。分箱工具有很多，我為什...
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Kraken的原理淺析Kraken和Kraken2（Kraken的迭代版本）是微生物組分析中最常用的軟件，與其他同功能的軟件相比，在速度快的前提下，準確性也很高。那么，Kraken究竟是如何做到的...
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WDL： 快速編寫屬于你的分析流程前言 ??一般生物信息分析流程都包含很多的分析步驟，這些步驟之間的聯(lián)系也有很多情況。例如，流程的步驟中有不少是依賴上一步的結(jié)果，同時也有些步驟之間沒有聯(lián)系可以同時進行，還有的...
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Python之Monitor監(jiān)控線程
在日常工作中常遇到這樣的情況，我們需要一個監(jiān)控線程用于隨時的獲得其他進程的任務(wù)請求，或者我們需要監(jiān)視某些資源等的變化，一個高效的Monitor程序如何使用python語言實現(xiàn)...
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samtools的安裝和使用--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一個用于操作sam和bam文件的工具合集。能夠?qū)崿F(xiàn)二進...
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VCF格式的學(xué)習(xí)及對VCF文件的統(tǒng)計
部分摘自# VincentLuo91的博客 Part 1 VCF格式的學(xué)習(xí) 1.什么是vcf？VCF是用于描述SNP，INDEL和SV結(jié)果的文本文件。在GATK軟件中得到最好...
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2019-08-01 VCF格式的學(xué)習(xí)及對VCF文件的統(tǒng)計
文章來源 http://www.itdecent.cn/p/38f734ae47f5 天秤座的機器狗關(guān)注 0.92018.08.03 14:52*字數(shù) 2060閱讀 213...
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vcf文件與vcftools（二）
vcftools是用來處理vcf和bcf文件的工具集，功能涵蓋了過濾，數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換，一些指標的統(tǒng)計計算，vcf文件之間變異信息的差異比較等等。 1.基本用法 2.使用 官網(wǎng)提...
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vcf文件與vcftools（一）在用于存儲reads比對結(jié)果的SAM/BAM格式提出之后（2009年），用于存儲變異檢測結(jié)果的格式VCF( variant call format )也被提出（2010年），...
