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2022-12-06 一周小結(jié)
感謝有這個(gè)機(jī)會(huì)學(xué)習(xí)。1.學(xué)習(xí)從來(lái)都是自己的事。以前的等學(xué)的心態(tài)應(yīng)改正，凡事多看、多走一步。用心做，結(jié)果不會(huì)太差的。2.引導(dǎo)和平臺(tái)很重要，感謝生信星球花花的耐心解答。3.學(xué)習(xí)工...
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《學(xué)習(xí)小組Day6筆記--阿凡》一 Linux 環(huán)境及軟件安裝 1.設(shè)定工作目錄 cd ~/biosoft 2.下載sh腳本 這一步我是找到該列后，看左下角顯示了鏈接后右鍵復(fù)制，回到Xshell后右鍵直接復(fù)...
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2022-12-03 day5筆記 阿凡打開(kāi)了新世界。 回答問(wèn)題：1.ls輸出的是橫向的列表，怎樣輸出長(zhǎng)格式列表用 ls -l命令 2.如何查看長(zhǎng)格式列表中文件的大小？第5列 67字節(jié)3.查看Linux系統(tǒng)版本、內(nèi)...
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2022-12-02 day4 R 包
dplyr五個(gè)基礎(chǔ)函數(shù) 1.mutate(),新增列 mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)Sepal.Length S...
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2022-12-01 day3 R 基礎(chǔ)
1.新手牢記 R賦值為<-代碼為全英模式，括號(hào)要對(duì)稱向量由若干元素組成，只有1個(gè)數(shù)字或字符串時(shí)為標(biāo)量，多個(gè)為向量?read.table是學(xué)習(xí)的重要手段 2.重點(diǎn)一 向量 復(fù)現(xiàn)...
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R語(yǔ)言學(xué)習(xí)筆記精選
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收錄生物信息學(xué)習(xí)知識(shí)
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生物信息學(xué)
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用R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)生物信息學(xué)的經(jīng)典功能。
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生物信息學(xué)（Bioinformatics）是一門交叉科學(xué)，它包含了生物信息的獲取、加工、存儲(chǔ)、分配、分析、解釋等在內(nèi)的所有方面，它綜合運(yùn)用數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)和生物學(xué)的各種工具，來(lái)闡明和理解大量生物數(shù)據(jù)所包含的生物學(xué)意義。它隨1990年人類基因組計(jì)劃（HGP）的實(shí)施和信息技術(shù)的發(fā)展而誕生，現(xiàn)已迅速發(fā)展成為當(dāng)今生命科學(xué)最具吸引力和重大的前沿領(lǐng)域，為生物學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)、信息科學(xué)等專業(yè)的高素質(zhì)人才提供了更廣闊的發(fā)展天地
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個(gè)人學(xué)習(xí)生信的一點(diǎn)心得 歡迎討論指摘
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生物信息學(xué)
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一些生物信息學(xué)用到的軟件，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測(cè)序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast、bowtie、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega、clustalW、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 ?? 尋找測(cè)序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估的FastQC、BUSCO、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測(cè)序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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獻(xiàn)給寫(xiě)作者的 Markdown 新手指南「簡(jiǎn)書(shū)」[http://www.itdecent.cn/]作為一款「寫(xiě)作軟件」在誕生之初就支持了 Markdown，Markdown 是一種「電子郵件」風(fēng)格的「標(biāo)記語(yǔ)言」。...
