發(fā)簡信
IP屬地：重慶
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多少個線程是1min
Sambamba 去除重復工具
寫在前面 為什么會用這個工具呢因為我聽說很快，并且被 samtools markdup 和 picard 傷到了。用 samtools markdup的時候提醒我要先 fix...
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原文橫坐標是t value
發(fā)散條形圖/柱形偏差圖
該圖來源于文章：Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment | Nature ...
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他的注釋文件是什么
GenomicAlignments: 用R處理+操作BAM文件
愿天堂沒有頭痛 短序列比對的呈現和操縱 Lawrence M, Huber W, Pagès H, Aboyoun P, Carlson M, Gentleman R, Mo...
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可以下載基因表達矩陣嗎
cBioportal中文教程
使用cBioPortal進行復雜的癌癥基因組和臨床profiles整合分析（Y大寬原創(chuàng)，轉載需要說明） 主要來自于doi:10.1158/2159-8290.CD-12-00...
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請問差異甲基化是誰比誰啊
TCGA甲基化數據質量控制和差異分析（使用ChAMP包）
參考文章：1.甲基化芯片入門學習-ChAMP包（二）2.TCGA數據庫的癌癥甲基化芯片數據重分析3.TCGA甲基化芯片數據質控和過濾4.甲基化芯片數據的差異分析5.甲基化芯片...
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差異甲基化位點是myDMP$Tumor_to_Normal，但是根據deltaBeta值好像是Tumor_AVG-Normal_AVG，而且deltaBeta和logFC的值是相反的
TCGA甲基化數據質量控制和差異分析（使用ChAMP包）
參考文章：1.甲基化芯片入門學習-ChAMP包（二）2.TCGA數據庫的癌癥甲基化芯片數據重分析3.TCGA甲基化芯片數據質控和過濾4.甲基化芯片數據的差異分析5.甲基化芯片...
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champ.filter有過濾NA和是否進行impute的選項，champ.filter前可以不用進行impute
TCGA甲基化數據下載以及相關臨床信息整理
之前的文章里已經按照教程進行了TCGA數據庫的一些練習（RNA-seq、芯片、生存分析），現在學習TCGA甲基化數據的分析過程。 參考文章：1.甲基化的一些基礎知識2.Mak...
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p值大于0.01的beta值被認為低于最小強度，閾值顯示為“NA”，就是說NA也是有他自己的生物學意義的，immpute之后，NA變成數字，生物學意義就改變了，具體是應該怎么處理beta矩陣中的NA
TCGA甲基化數據下載以及相關臨床信息整理
之前的文章里已經按照教程進行了TCGA數據庫的一些練習（RNA-seq、芯片、生存分析），現在學習TCGA甲基化數據的分析過程。 參考文章：1.甲基化的一些基礎知識2.Mak...
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beta是matrix，不是數據框
TCGA甲基化數據下載以及相關臨床信息整理
之前的文章里已經按照教程進行了TCGA數據庫的一些練習（RNA-seq、芯片、生存分析），現在學習TCGA甲基化數據的分析過程。 參考文章：1.甲基化的一些基礎知識2.Mak...
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而且TPM為什么又轉化為log(TPM+1)呢
ssGSEA算法原理及應用TCGA數據
zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及應用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
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請問在RunHarmony后如何決定RunUMAP中的維度的，也就是RunUMAP(pbmc, reduction="harmony", dim=?)
單細胞數據整合-1：Harmony原理介紹和官網教程
目錄：1. 原理介紹2. 操作演示3. 關于Harmony操作是否會對差異分析產生影響 1. 原理介紹 官網：https://github.com/immunogenomic...
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請問salmon可以對比對到silva數據rRNA（細菌、真核、古菌）的bam文件進行定量嗎
Salmon 進行轉錄本定量
Salmon 是轉錄本定量軟件，使用轉錄本定量主要優(yōu)點一是更準確，比如不同樣本同一基因使用不同 isoform 此時基因長度并不相等，直接基因定量無法顧及；二是方便進行可變剪...
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RNA編輯：相關數據庫和分析軟件REDItools數據庫： 1.DARNED：https://darned.ucc.ie/包含大約42000個人類基因組坐標的信息。 2.RADAR：http://rnaedit.com/包含...
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請問這個文件rmsk.gtf.gz是基因組注釋文件嗎？
RNA編輯：相關數據庫和分析軟件REDItools
數據庫： 1.DARNED：https://darned.ucc.ie/包含大約42000個人類基因組坐標的信息。 2.RADAR：http://rnaedit.com/包含...
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REDItools2只有RNA-seq數據，只產生RNA editing table可以嗎？無對應的DNA-seq數據，就無法產生RNA editing table annotaed with DNA-seq data
Reditools-RNA-editing
最近在做RNA-editing，縱觀文獻綜述，相關軟件很多，但是屬reditools獨領風騷。不過還是想吐槽一下這個軟件，軟件是好軟件，就是文檔寫的也太不認真了吧。。 今天先...
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能不能出一期安裝RNAEditor的教程
子宮內膜癌的RNA editing數據分析
參考文獻 [PMID: 27694136]DRETools - F1000Research 數據下載 使用本實驗室一個RNA-seq（GSE56087）和一個circRNA-...
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請問如何下載gatk3-register
用conda下載安裝gatk3.8并注冊
現在gatk已經更新到gatk4了，但是gatk3.8還是有很多應用的場景，比如指定多線程，并且有些功能在gatk4里找不到（也可能是我道行淺）所以記錄一下之前如何安裝和注冊...
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2022-05-30 RNAEditor安裝
RNAEditor屬于環(huán)境配置較為復雜的軟件，用conda創(chuàng)建獨立的運行環(huán)境：conda create -n RNAEditor python=2.7。接下來的安裝參考官方網...
