① 分開跑后發(fā)現(xiàn)是gg1 + gg2出問題存成pdf即可解決 ② 這個就比較明顯，netAnalysis_computeCentrality一下就行，需要兩個cellchat...
發(fā)簡信
IP屬地：河北
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跑cellchat遇到的bug
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ATAC-seq生信分析綜述翻譯(Genome Biology)這是目前為止我看到過的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述，感興趣的話值得一讀。2020.4.22更新：我看到一個公眾號也翻譯了這篇文章，而且正好跟我這篇翻譯是在同一天發(fā)表http...
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Error in H5Fcreate(file): HDF5. File accessibility. Unable to open file.Calls: addGeneIntegration...
addGeneIntegrationMatrix()時出現(xiàn)的問題，疑惑之前能跑的腳本為何一直報錯，嘗試了百度和gitnub上的解決方法，例如addArchRThreads(t...
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反括號}在最后一行，大括號里的function body就是自定義函數(shù)的功能，他這里面包括sig_gene獲取、矩陣獲取、矩陣平滑處理和畫熱圖，當然這些步驟也是可以分開跑的，你也可以選擇不寫成function
使用monocle3進行擬時序分析（從Seurat對象開始）2023-08-31
適用背景 單細胞轉(zhuǎn)錄組分析中如果涉及到發(fā)育或具有時間序列的細胞譜系，往往需要進行擬時序分析，而最最最常用的擬時序分析軟件就是Monocle，如今它已經(jīng)出到了第三個版本mono...
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monocle3非交互式選擇分支宇宙免責聲明：亂寫的，引用部分侵刪 官網(wǎng)的Subset cells by branch步驟cds_sub <- choose_graph_segments(cds)是交互式的...
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中山大學中山醫(yī)學院-基礎(chǔ)醫(yī)學博士在讀<br>歡迎關(guān)注個人公眾號<br><br>公眾號：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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Error in getGeneAnnotation() : getGeneAnnotation : ArchRPRoj is NULL and there is no genome set...
創(chuàng)建ArchRProject時，如果已經(jīng)createGenomeAnnotation和createGeneAnnotation了還是報錯ArchRPRoj is NULL a...
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A comparative atlas of single-cell chromatin accessibility in the human brain發(fā)表期刊和時間：Science，13 October 2023Lab：Bing Ren， 實驗室正在研究正常和癌癥細胞的基因調(diào)節(jié)機制，與路德維希研究所和加州大學合作密切。摘要...
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Monocle3：擬時序分析寫在前面：今天突然想寫這個教程，花了一下午看資料，其實我前面是有一些基礎(chǔ)的，但是看的還是會很亂，所以想把這個包的脈絡(luò)寫一下，希望能夠可以跟大家討論一下并且自己以后使用這個包的...
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不看私信<br>看不到的文章是被簡書鎖了
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Seurat數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)學習.1Seurat對象中的Assay: ######################################################################...
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酷狗音樂[kugou music]通過Crash流量轉(zhuǎn)發(fā)繞開公司上網(wǎng)策略組白名單由于公司網(wǎng)絡(luò)IT屏蔽了酷狗音樂，本文介紹如何通過Crash的軟件繞開公司策略組白名單，使用酷狗音樂客戶端的流量轉(zhuǎn)發(fā)功能繼續(xù)愉快聽歌。 電腦連接公司的網(wǎng)絡(luò)，在公司上網(wǎng)策略組白名...
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R語言- ComplexHeatmap 繪制復雜熱圖示例熱圖（Heatmap）作為展示基因表達模式最直觀的工具。它經(jīng)常用在分子生物學文章里（尤其是microarray, RNA-seq相關(guān)論文）直觀地呈現(xiàn)多樣本多個基因的全局表達量...
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R語言-稀疏矩陣對象格式學習-重點理解稀疏矩陣對象的重構(gòu)稀疏矩陣幾乎產(chǎn)生于所有的大型科學工程計算領(lǐng)域，記錄樣本特征值的稠密矩陣中很多記錄值都是0，由于0不攜帶信息，因此耗費空間存儲0元素是很浪費資源的行為。而且很多計算只對非零元素...
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Linux 轉(zhuǎn)換 find 命令的返回結(jié)果為 shell array
在shell腳本中，find命令用于搜索給定目錄下符合搜索條件的的文件或子目錄，如命令var=$(find "$PWD" -name "*.tsv")表示搜索當前目錄下的所有...
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單細胞/空間組利用scanpy實現(xiàn)Seurat的splitby分頁繪圖在使用Seurat時，經(jīng)常需要對不同分類的樣本在同一畫布上進行可視化，可以非常方便地通過其DimPlot()函數(shù)的goupyby和spliby等參數(shù)實現(xiàn)，例如對照組和實驗組，...
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將R環(huán)境下的Seurat RDS格式數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化成為到python環(huán)境下scanpy的anndata格式
無論是單細胞、空間組還是ATAC的數(shù)據(jù)，有時由于下游分析的需求或可視化的需求，同時由于python的運算速度的優(yōu)勢，目前越來越多單細胞分析的工具開始在python環(huán)境下開發(fā)（...
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R加載包SeuratData出現(xiàn)invalid multibyte string, element 1報錯
在加載包SeuratData是遇到了以下報錯： 重裝還是不解決問題，之前使用也沒有出現(xiàn)過報錯。 檢測.libPaths()路徑也是沒有問題的，所以有可能為內(nèi)碼沖突問題 在操作...
