歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! 在之前的文章中，我們提到利用網(wǎng)絡(luò)聚類算法可以從復(fù)雜的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中挖掘蛋白復(fù)合體或者相應(yīng)的功能模塊，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白復(fù)合體的算法...
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PPI網(wǎng)絡(luò)實(shí)戰(zhàn):String加Cytoscape聯(lián)手挖掘PPI網(wǎng)絡(luò)
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TCGA文章復(fù)現(xiàn)——LncRNA-CRC預(yù)后Title:An Integrated Three-Long Non-coding RNA Signature Predicts Prognosis in Colorecta...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘六：怎么隨機(jī)把數(shù)據(jù)分成兩部分
加載到表達(dá)矩陣，分組，生存情況 切割數(shù)據(jù)組 方法一：完全隨機(jī)切割 方法二：recipes包，切割數(shù)據(jù)，可以保證分組平衡（一般用這個(gè)方法比較好） 最后：進(jìn)行了lars回歸，把數(shù)...
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WGCNA文檔使用教程本文是對(duì)WGCNA英文說明文檔的翻譯，英文的請(qǐng)查看這里[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/...
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CIBERSORT 免疫浸潤(rùn)(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸潤(rùn)計(jì)算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介紹CIBERSORT。 1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT的介紹 Importantly...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時(shí)間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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TCGA_gdc_client terminal下載——>id 轉(zhuǎn)換TCGA官網(wǎng)[https://portal.gdc.cancer.gov/] 數(shù)據(jù)下載 從網(wǎng)頁選擇數(shù)據(jù)，下載manifest文件 下載表達(dá)數(shù)據(jù)expdata_manifest...
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【R語言】臨床特征分組，多分類轉(zhuǎn)換成二分類
前面我們講過腫瘤TNM分期[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4ODE0NTE3OA==&mid=2649200167&idx=1&sn...
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m6a-lncRNA week02
【LGG數(shù)據(jù)下載】 從CGGA數(shù)據(jù)官網(wǎng)下載RNA-seq數(shù)據(jù)，選擇其中包含325個(gè)樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)，下載表達(dá)矩陣和臨床信息表達(dá)矩陣：CGGA.mRNAseq_325.RSEM-...
