前段時間在生信技能樹單細胞學習小分隊分享單細胞文章復現(xiàn)，一不小心就踩了一個坑……記錄在這兒和大家一起分享。 背景 主要是想復現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
IP屬地：重慶
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單細胞分析踩坑實錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay? -
基于R語言繪制坐標軸截斷圖畫圖時經(jīng)常遇到不同組的數(shù)據(jù)大小相差很大，大數(shù)據(jù)就會掩蓋小數(shù)據(jù)的變化規(guī)律，這時候可以對Y軸進行截斷，從而可以在不同層面（大數(shù)據(jù)和小數(shù)據(jù)層面）全面反映數(shù)據(jù)變化情況，如下圖所示。 ...
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ggplot2圖例調(diào)成一列，終于找到了解決辦法
有時圖例較多，用ggplot2畫圖時候會出現(xiàn)圖例占據(jù)圖的半壁江山，想讓圖例排成一列，解決方法如下： guides(fill = guide_legend( ncol = 1,...
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你考慮過computeMatrix的工作原理么?寫在前面的話 你既然點進來了，說明你多半用過這個軟件。但我猜，大多數(shù)人早期使用這個軟件的時候，一定是趕鴨子上架：因為要畫圖，所以必須會。 但你真的懂了么？ 太長不看系列 對于...
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【ChIP-seq 實戰(zhàn)】一、數(shù)據(jù)分析流程組學分析之ChIP-Seq，蛋白質(zhì)修飾。這里是佳奧，我們進入新一篇章的學習！ 首先根據(jù)生信技能樹的課程思維導圖簡要列出實戰(zhàn)分析的流程： sra-tools：下載測序數(shù)據(jù) fa...
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【ChIP-seq 實戰(zhàn)】二、軟件安裝和公共數(shù)據(jù)下載這里是佳奧！ 到了數(shù)據(jù)下載這一步，之前我都是在NCBI上直接用瀏覽器下載，不過有的數(shù)據(jù)尋找鏈接比較耗時，這一次開始我就使用sratoolkit來下載處理原始數(shù)據(jù)。 1 軟件安...
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pheatmap行標簽順序大調(diào)整在科學論文中，我們經(jīng)常要用到熱圖。我們在熱圖在單細胞數(shù)據(jù)分析中的應用比較系統(tǒng)地介紹了熱圖的一般規(guī)則。但是在實際操作中還是會遇到一些細節(jié)問題，如標簽順序。 我們知道一個好的熱圖...
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謝謝分享！
?RSS指數(shù)及regulon細胞類型特異性
RSS特異性指數(shù) ??繼前一篇帖子[網(wǎng)絡CSI評估基因關聯(lián)性及regulon聚類模塊化[https://mp.weixin.qq.com/s/p5c0ZcjmqCfLEUNP...
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RSS指數(shù)及regulon細胞類型特異性RSS特異性指數(shù) ??繼前一篇帖子[網(wǎng)絡CSI評估基因關聯(lián)性及regulon聚類模塊化[https://mp.weixin.qq.com/s/p5c0ZcjmqCfLEUNP...
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pyscenic | 單細胞轉(zhuǎn)錄因子分析，原理圖文詳解pyscenic做為scenic的python版本，相比R版本實現(xiàn)了分析速度上的巨大提升，尤其是最耗時的共表達網(wǎng)絡構建步驟。實測時間如下，數(shù)據(jù)集1 (4257 cell x ...
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單細胞 | pySCENIC·轉(zhuǎn)錄因子分析（一）SCENIC (Single-Cell rRegulatory Network Inference and Clustering）是一種能夠從單細胞 RNA-seq 數(shù)據(jù)（S...
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R語言可視化11: (sc)RNAseq 數(shù)據(jù)可視化 - dittoSeqdittoSeq 是一款對單細胞和批量 RNA 測序數(shù)據(jù)進行分析和可視化的工具，提供了多種可視化效果，并且允許自定義。對于單細胞數(shù)據(jù)，dittoSeq 直接處理在其他軟件包（...
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method='gsva'，方法還是用的gsva，沒有用到ssgsea呀
TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）
測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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關于limma包contract martix上誰比誰的問題在進行數(shù)據(jù)分析時,limma作為一個功能十分強大的存在,而且3步（1.ImFit; 2.eBayes; 3.topTable）就能完成差異分析。但是在做差異分析的時候limm...
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seurat-AverageExpression()源碼解析前段時間，一個單細胞分析同行提問，發(fā)現(xiàn)AverageExpression()和通過aggregate計算得到的基因表達均值，兩者的結果是不一樣的，疑惑問題出在哪里。 這個問題...
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熱圖去掉聚類樹但是保留聚類
看到這個問題，你可能搜了好多答案，比如 熱圖如何去掉聚類樹的同時保留聚類的順序？ - 簡書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/e...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組GSVA分析更新及可視化很久以前，我們在寫單細胞分析的時候，就寫過GSVA分析了，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis，能夠分析基因集/通路的活性程度，具體的原...
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蜂群圖，讓組間基因表達值的比較更優(yōu)雅（R教程）
在文獻中，我們經(jīng)常能夠看到這樣的散點圖。例如，通過RNA-seq或qPCR比較特定基因在不同分組樣本中的整體表達水平。 與其稱它們?yōu)樯Ⅻc圖，其實它們是有獨自名字的—蜂群圖。當...
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DoHeatmap的優(yōu)化+ComplexHeatmap繪制帶特定基因的單細胞熱圖單細胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...