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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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請(qǐng)問LTR插入時(shí)間這張圖要怎么理解呢，是最高峰靠前的sg進(jìn)入多倍體時(shí)間較晚嗎
【SubPhaser-多倍體亞基因組分型流程解讀】
寫本篇文章，主要目的是從tmp文件和軟件運(yùn)行信息解讀亞基因組分型分析。 進(jìn)入tmp文件夾之后，其實(shí)就可以看到對(duì)應(yīng)的文件： 如何查看什么步驟產(chǎn)生了怎么樣的結(jié)果文件？ 上述在進(jìn)行...
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您好，我想請(qǐng)問 如果計(jì)算得到的power很大，比如28，那是應(yīng)該按照計(jì)算的結(jié)果還是按照推薦的power值呢？謝謝~
WGCNA 挑選軟閾值
我們今天就搞清楚這兩個(gè)問題：1.什么是無尺度分布2.手工計(jì)算軟閾值 無尺度分布 假如我問大家，如果你想認(rèn)識(shí)世界上的任何一個(gè)人，需要通過幾個(gè)人來聯(lián)系？ 6個(gè)。 這個(gè)就是6度分隔...
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請(qǐng)問yml文件中的weight和description_score_bit_score_weight 兩個(gè)數(shù)值需要怎么確定呢？感謝樓主！
AHRD-對(duì)基因進(jìn)行注釋
AHRD (Automated Assignment of Human Readable Descriptions ), 對(duì)基因進(jìn)行注釋，包括GO。 githup直戳這里 安...
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請(qǐng)問篩選新轉(zhuǎn)錄本的條件應(yīng)該怎么確定呢，請(qǐng)問您參考的文獻(xiàn)是哪幾篇。 謝謝！
gffcompare的使用說明
參考文獻(xiàn)：Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie ...
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請(qǐng)問如果是回帖轉(zhuǎn)錄組到基因組上的話 -f最好選哪個(gè)呢
如何使用GMAP/GSNAP進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組序列比對(duì)
GMAP最早用于講EST/cDNA序列比對(duì)到參考基因組上，可以用于基因組結(jié)構(gòu)注釋。后來高通量測序時(shí)代，又開發(fā)了GSNAP支持高通量數(shù)據(jù)比對(duì)，這篇文章主要介紹GMAP，畢竟高通...
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請(qǐng)問注釋時(shí)使用的bed文件應(yīng)該是什么格式呢，將gff轉(zhuǎn)換成bed文件然后在readTranscriptFeatures這一步一直報(bào)錯(cuò)
MethylKit 使用手冊(cè)
methylKit是一個(gè)用于分析DNA甲基化測序數(shù)據(jù)的R包，其核心功能是差異甲基化分析和差異甲基化位點(diǎn)/區(qū)域的注釋。 1. 加載原始數(shù)據(jù) DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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請(qǐng)問要怎么找病毒基因組數(shù)據(jù)庫？
如何處理NGS數(shù)據(jù)中的污染？
本次文章和大家討論一個(gè)大家可能胡遇到很常見的一個(gè)問題，在測序中我們很難避免引入一些微生物污染或者人類的污染，例如，我想測序擬南芥，其中由于實(shí)驗(yàn)員的操作不夠干凈，很容易引入一些...
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請(qǐng)問bsmap中使用methratio.py輸出的文件中，最后兩列是95%置信區(qū)間，直接用這個(gè)區(qū)間判斷可以嗎
植物甲基化位點(diǎn)狀態(tài)的判定（bismark之后，call DMR之前，二項(xiàng)分布與FDR校正）
狂躁的兩天，什么都不想干。寫點(diǎn)東西吧。 甲基化原始數(shù)據(jù)在質(zhì)控和mapping之后，需要進(jìn)行狀態(tài)的判定，也就是說extract出的這些位點(diǎn)發(fā)生甲基化可信度有多高，有沒有需要過濾...
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請(qǐng)問在運(yùn)行時(shí)出現(xiàn) [blastall] ERROR: genome_3_202288: BioseqFindFunc: couldn't uncache 是因?yàn)槭裁?，前三步的結(jié)果已經(jīng)生成了
「基因組注釋」MITE-Hunter鑒別基因組的MITE序列
背景篇 MITE屬于II類非自主轉(zhuǎn)座因子，并且在真核生物中存在大量的拷貝。 MITE長度大約是500bp，并且擴(kuò)增速度非?？臁?013年一篇發(fā)表在NAR的文章"P-MITE:...
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請(qǐng)問用repeatmasker得到的gff文件可以使用嗎，如果染色體是1-1，1-2，2-1，2-2這種的話要怎么修改呢？謝謝！
生成用于circos的基因密度文件的python腳本
最近在做circos圖，由于我的重復(fù)序列的gff文件不是標(biāo)準(zhǔn)格式，無法用軟件生成，只好自己寫一個(gè)python腳本，本腳本可處理各種類似gff格式的文件，轉(zhuǎn)化為適用于circo...
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請(qǐng)問是只考慮CpG嗎，可以加上CHH和CHG嗎
識(shí)別差異甲基化區(qū)域的軟件 — DMRfinder
翻譯DMRfinder官方說明文檔。 Introduction DMRfinder 是一款用于WGBS的C位點(diǎn)提取、鑒定以及DMR分析的軟件，具體過程是：Bismark 軟件...
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請(qǐng)問使用bismark2bedGraph --CX得到的CHG和CHH 的cov文件和bismark_methylation_extractor 得到的CG.cov三個(gè)文件是可以直接匯總?cè)缓笥肈SS分析嗎，還是在bismark_methylation_extractor使用--CX可以直接得到一個(gè)完整的cov文件？
WGBS，bismark，DSS包與植物
吐槽達(dá)人再次上線！最近在分析WGBS，跳了很多坑！為什么很多的比對(duì)軟件默認(rèn)只對(duì)CpG排序？我們大植物領(lǐng)域CHG和CHH同樣重要！好嗎？好的！今天就我在分析甲基化過程中遇到的一...
