方法一：基于hmm模型的鑒定方法 1.準(zhǔn)備數(shù)據(jù)①下載擬南芥基因組fasta文件、注釋文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
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基因家族分析 | 基因家族成員鑒定(hmm模型＆同源blast) -
基因家族專題(3)：基因家族成員的鑒定
Data preparation 繼續(xù)上次的內(nèi)容，下載好數(shù)據(jù)后就可以正式開(kāi)始鑒定了。首先回顧一下，下載好的數(shù)據(jù)。 基因組序列信息，存儲(chǔ)基因組序列信息的.fasta文件。還有其...
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情景l(fā)inux--如何得出一個(gè)文件的第二列？
情景 曾經(jīng)有一同事問(wèn)我，在linux下如何輸出一個(gè)文本文件的第二列，文本內(nèi)容不限。我不假思索地說(shuō)用awk啊。她追問(wèn)只有這一種方式么？于是我仔細(xì)想了想，…… 分析 既然內(nèi)容不限...
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qsub任務(wù)提交系統(tǒng)
qsub系統(tǒng)適用于服務(wù)器集群的任務(wù)提交參考地址 qsub提交系統(tǒng)使用說(shuō)明 運(yùn)行命令 qsub run.s PBS的walltime于qsub -a 的時(shí)間格式是不一樣的 #P...
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生成用于circos的基因密度文件的python腳本
最近在做circos圖，由于我的重復(fù)序列的gff文件不是標(biāo)準(zhǔn)格式，無(wú)法用軟件生成，只好自己寫一個(gè)python腳本，本腳本可處理各種類似gff格式的文件，轉(zhuǎn)化為適用于circo...
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轉(zhuǎn)錄組流程（Hisat2（略）+StringTie+ballgown）我這里只是用了4個(gè)數(shù)據(jù)進(jìn)行測(cè)試，分成兩組（隨意寫的，僅供測(cè)試，在ballgown可以看到）；hisat2比對(duì)后，samtools sort生成sort.bam，用于strin...
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sam和bam格式文件的shell小練習(xí)前期準(zhǔn)備: 統(tǒng)計(jì)共多少條reads(pair-end reads這里算一條)參與了比對(duì)參考基因組 統(tǒng)計(jì)共有多少種比對(duì)的類型(即第二列數(shù)值有多少種)及其分布。 3）篩選出比對(duì)失...
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如何向NCBI的SRA上傳數(shù)據(jù)首先訪問(wèn)SRA的提交界面，https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/，在沒(méi)有登陸NCBI時(shí)，網(wǎng)頁(yè)內(nèi)容如下所示 點(diǎn)擊Log in, 會(huì)進(jìn)...
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使用PBS作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)提交python腳本以及python調(diào)用R的方法
首先說(shuō)下如何指定各種腳本的工作路徑（shell, python, R） qsub可以通過(guò)-d指定作業(yè)腳本運(yùn)行目錄 R, python腳本：上一級(jí)調(diào)用時(shí)在命令行參數(shù)里指明運(yùn)行路...
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轉(zhuǎn)錄組入門（5）： 序列比對(duì)歡迎來(lái)GitHub上fork，一起進(jìn)步： https://github.com/xuzhougeng 比對(duì)軟件很多，首先大家去收集一下，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T，請(qǐng)統(tǒng)一用hisa...
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RNA-seq(5):序列比對(duì)：Hisat2比對(duì)軟件很多，首先大家去收集一下，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T，請(qǐng)統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析一、安裝軟件 1、HISAT2 將reads比對(duì)到基因組上 2、StringTie 將比對(duì)好的reads進(jìn)行拼裝并預(yù)計(jì)表達(dá)水平 3、SAM tools 課上已經(jīng)用sudo a...
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數(shù)量生態(tài)學(xué)筆記||冗余分析（RDA）概述冗余分析（redundancy analysis，RDA）是一種回歸分析結(jié)合主成分分析的排序方法，也是多響應(yīng)變量（multiresponse）回歸分析的拓展。從概念上講，RD...
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記錄學(xué)習(xí)生信的點(diǎn)滴
