方法一：基于hmm模型的鑒定方法 1.準(zhǔn)備數(shù)據(jù)①下載擬南芥基因組fasta文件、注釋文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
IP屬地：山東
-
基因家族分析 | 基因家族成員鑒定(hmm模型＆同源blast) -
基因家族專題(3)：基因家族成員的鑒定
Data preparation 繼續(xù)上次的內(nèi)容，下載好數(shù)據(jù)后就可以正式開始鑒定了。首先回顧一下，下載好的數(shù)據(jù)。 基因組序列信息，存儲基因組序列信息的.fasta文件。還有其...
-
情景l(fā)inux--如何得出一個文件的第二列？
情景 曾經(jīng)有一同事問我，在linux下如何輸出一個文本文件的第二列，文本內(nèi)容不限。我不假思索地說用awk啊。她追問只有這一種方式么？于是我仔細(xì)想了想，…… 分析 既然內(nèi)容不限...
-
qsub任務(wù)提交系統(tǒng)
qsub系統(tǒng)適用于服務(wù)器集群的任務(wù)提交參考地址 qsub提交系統(tǒng)使用說明 運行命令 qsub run.s PBS的walltime于qsub -a 的時間格式是不一樣的 #P...
-
生成用于circos的基因密度文件的python腳本
最近在做circos圖，由于我的重復(fù)序列的gff文件不是標(biāo)準(zhǔn)格式，無法用軟件生成，只好自己寫一個python腳本，本腳本可處理各種類似gff格式的文件，轉(zhuǎn)化為適用于circo...
-
轉(zhuǎn)錄組流程（Hisat2（略）+StringTie+ballgown）我這里只是用了4個數(shù)據(jù)進(jìn)行測試，分成兩組（隨意寫的，僅供測試，在ballgown可以看到）；hisat2比對后，samtools sort生成sort.bam，用于strin...
-
sam和bam格式文件的shell小練習(xí)前期準(zhǔn)備: 統(tǒng)計共多少條reads(pair-end reads這里算一條)參與了比對參考基因組 統(tǒng)計共有多少種比對的類型(即第二列數(shù)值有多少種)及其分布。 3）篩選出比對失...
-
如何向NCBI的SRA上傳數(shù)據(jù)首先訪問SRA的提交界面，https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/，在沒有登陸NCBI時，網(wǎng)頁內(nèi)容如下所示 點擊Log in, 會進(jìn)...
-
使用PBS作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)提交python腳本以及python調(diào)用R的方法
首先說下如何指定各種腳本的工作路徑（shell, python, R） qsub可以通過-d指定作業(yè)腳本運行目錄 R, python腳本：上一級調(diào)用時在命令行參數(shù)里指明運行路...
-
轉(zhuǎn)錄組入門（5）： 序列比對歡迎來GitHub上fork，一起進(jìn)步： https://github.com/xuzhougeng 比對軟件很多，首先大家去收集一下，因為我們是帶大家入門，請統(tǒng)一用hisa...
-
RNA-seq(5):序列比對：Hisat2比對軟件很多，首先大家去收集一下，因為我們是帶大家入門，請統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
-
RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析一、安裝軟件 1、HISAT2 將reads比對到基因組上 2、StringTie 將比對好的reads進(jìn)行拼裝并預(yù)計表達(dá)水平 3、SAM tools 課上已經(jīng)用sudo a...
-
數(shù)量生態(tài)學(xué)筆記||冗余分析（RDA）概述冗余分析（redundancy analysis，RDA）是一種回歸分析結(jié)合主成分分析的排序方法，也是多響應(yīng)變量（multiresponse）回歸分析的拓展。從概念上講，RD...
-
記錄學(xué)習(xí)生信的點滴
