二更~corrplot我覺得有一點(diǎn)不好就是改變不了圖的縱橫比，其他一流 1. 構(gòu)建相關(guān)系數(shù)矩陣 2. 構(gòu)建P值矩陣 3. corrplot繪制相關(guān)系數(shù)熱圖 最終結(jié)果
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：青海
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corrplot非對(duì)稱相關(guān)系數(shù)熱圖 -
TF-DEG網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建參考：http://www.itdecent.cn/p/3b9eee8c31cc[http://www.itdecent.cn/p/3b9eee8c31cc]優(yōu)雅R：「W...
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引物設(shè)計(jì)以ZFAND4為例：在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/]里選擇Gene，搜索ZFAND4...
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cytoscape就可以~
可變剪接文章套路（一）
PSI值：（再翻墻找一下答案） PSI ( Percent-spliced-in，拼接百分比)可以針對(duì)isoform, exon, ASE 進(jìn)行計(jì)算，對(duì)于ASE來說， PSI...
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RBP AS生信流程（N）cytoscape構(gòu)建RBP調(diào)控可變剪接網(wǎng)絡(luò)輸入文件：1.RBP與AS相關(guān)性文件allcorResult.txt： 2.節(jié)點(diǎn)屬性文件nodeType.txt（構(gòu)建方法在腳本提取節(jié)點(diǎn)名.R里）： 方法：將allcorRe...
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我用的是GSE46224這個(gè)數(shù)據(jù)集，readLength是101
RBP AS生信流程（ 四）rMATs
rMATs rMATs運(yùn)行： 在rMATstest這個(gè)文件夾里有官網(wǎng)下載好的2x2測(cè)試文件： 用samtools查看bam文件： 可以看到第三列為1，代表1號(hào)染色體（這里是1...
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感謝大佬~
說說R語言的轉(zhuǎn)置
在群里看到了一個(gè)問題，他用R語言的轉(zhuǎn)置函數(shù)t()對(duì)下面形式的數(shù)據(jù)進(jìn)行了轉(zhuǎn)置 轉(zhuǎn)置之后的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)如下 他發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)置之后多了一行，也就是有了geneid這一行，和他預(yù)期的不符合。按...
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實(shí)例講述bioMart包的用法
bioMart包是一個(gè)連接bioMart數(shù)據(jù)庫的R語言接口，能通過這個(gè)軟件包自由連接到bioMart數(shù)據(jù)庫這個(gè)·包可以做以下幾個(gè)工作1.查找某個(gè)基因在染色體上的位置。反之，給...
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RBP AS生信流程（附）課程AS事件整理從數(shù)據(jù)庫下載的文件為PSI_download_STAD.xlsx： 第一列是基因名字，第二列是數(shù)據(jù)庫給的id，第三列為可變剪接類型，后續(xù)把三列統(tǒng)一為一列。4-10列為基因可變...
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RBP AS生信流程（五）RBP定量和AS事件相關(guān)性featurecounts的輸出文件 查看featurecounts輸出文件： 第一行是運(yùn)行代碼，第一列為基因名，第七列為每個(gè)基因上的count數(shù)，現(xiàn)在要舍去第一行，并只保留...
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RBP AS生信流程（ 附）軟件安裝
samtools 嘗試了各種方法后，最后用conda install samtools安裝成功 Piranha 安裝參考http://smithlabresearch.org...
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RBP AS生信流程（三）定量RSEM軟件 會(huì)生成基于基因的定量結(jié)果_rsem.gene.results和基于轉(zhuǎn)錄本的定量結(jié)果_rsem.isoform.results，isoforms.results中...
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RBP AS生信流程（二）STAR比對(duì)STAR比對(duì) 比對(duì)原理參考生信媛的文章：http://www.itdecent.cn/p/16c938fd3bd6[http://www.itdecent.cn/p/16...