前言 只有光頭才能變強 這個學期開了Linux的課程了，授課的老師也是比較負責任的一位。總的來說也算是比較系統(tǒng)地學習了一下Linux了~~~ 本文章主要是總結(jié)Linux的基礎...
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看完這篇Linux基本的操作就會了
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ggplot2添加p值和顯著性數(shù)據(jù)可視化分析中我們經(jīng)常需要進行數(shù)據(jù)間的統(tǒng)計分析，并進行顯著性標記，雖然ggpur包被大佬吐槽制造混亂，但在進行顯著性標記標記方面也是有其可取之處。 下面主要展示ggpubr...
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根據(jù)基因間相關性系數(shù)R進行GSEA富集分析
根據(jù)rawdata算出來FPKM，然后進行單個基因與其他基因之間相關性的計算 轉(zhuǎn)置后文件內(nèi)容為：縱坐標是樣本名稱，橫坐標是不同基因的Ensembl 這樣就算好了基因間的相關性...
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WGCNA（5）：模塊導出至其他可視化軟件
這篇文章是WGCNA系列的最后一篇，其余見鏈接：WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導入清洗 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn...
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WGCNA得到模塊之后如何篩選模塊里面的hub基因
WGCNA得到模塊之后如何篩選模塊里面的hub基因 原創(chuàng) 生信技能樹 我在生信技能樹多次寫教程分享WGCNA的實戰(zhàn)細節(jié)，見： 一文看懂WGCNA 分析(2019更新版)[ht...
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小鬼的WGCNA圖文詳解(一)--軟閾值最近有很多人在給他們做完了WGCNA分析之后，跑過來問結(jié)果中各種圖片的意思。我就整理一下WGCNA分析結(jié)果中常見圖片的含義吧，如有理解錯誤，還請各位大神批評指正！ 首先，當然...
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如何查找“鐵代謝”相關的基因？
鐵（iron）是人體必需的微量元素，存在于所有細胞中。除紅細胞生成外，鐵還參與各種生理和病理過程，例如氧氣運輸和儲存、線粒體功能和免疫系統(tǒng)（Crielaard等，2017）。...
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12.4?使用dplyr管道操作處理數(shù)據(jù)框關于數(shù)據(jù)操作的另一個流行的包是dplyr，它發(fā)明了一種數(shù)據(jù)操作語法。dplyr擴展包并沒有使用構(gòu)建子集函數(shù)（[ ]），而是定義了一系列基礎的變形函數(shù)作為數(shù)據(jù)操作模塊，并且引入...
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“GSEA簡易分析工具”和” GSEA結(jié)果可視化工具”為了解決四個難題我們設計開發(fā)了“GSEA簡易分析工具”和” GSEA結(jié)果可視化工具” 01—研究背景 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分...
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生物信息學
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生信數(shù)據(jù)庫1: cBioportal數(shù)據(jù)庫(突變分析與可視化)cBioPortal數(shù)據(jù)庫是一個包含TCGA和ICGC等大型的腫瘤研究項目，并整合癌癥基因數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)的國際公共數(shù)據(jù)庫，其整合的基因組數(shù)據(jù)類型包括體細胞突變、DNA 拷貝數(shù)...
