genes19.bed genesX.bed 想問(wèn)如何得到一個(gè)非模式物種的bed文件，而且，為什么這里要分成兩個(gè)呢？另外在提取非模式物種bed文件的時(shí)候，要考慮正負(fù)鏈問(wèn)題嗎？
使用deeptools生成ChIP-seq信號(hào)熱圖與譜圖整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具。本文只對(duì)使用的工具用法進(jìn)行簡(jiǎn)單介紹。 deeptools 提供了computeMatrix命令以計(jì)算特定基因組...
首先是方法的選擇?；诰嚯x的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolution，最小進(jìn)化法）和NJ（Neighbor-Joining，鄰接法）等。其他的幾種方法包括M...
問(wèn)題：在主機(jī)IP、用戶(hù)名、密碼沒(méi)有輸入錯(cuò)誤的前提下，X-shell登陸服務(wù)器失敗報(bào)錯(cuò)：Connection failed解決（如果使用的是動(dòng)態(tài)IP，極有可能就是這個(gè)原因了）：...
從基因組注釋中提取轉(zhuǎn)錄因子 字符串find使用+異常值處理 今天又寫(xiě)了一個(gè)小腳本，從基因組的注釋文件中篩選所有可能的轉(zhuǎn)錄因子，方法是以DNA binding的GO號(hào)及關(guān)鍵詞'...
和Mr. Tan約的這兩天要聊一下課題的，但是他太忙了，其實(shí)我也沒(méi)有準(zhǔn)備好，分析數(shù)據(jù)，總是有點(diǎn)著急，需要反復(fù)折騰。最近聽(tīng)開(kāi)言英語(yǔ)，有個(gè)主題倒是吸引了我“Are you bus...
疑案1 更新了R版本到3.6.0后，使用了一下發(fā)現(xiàn)有些包用不了，就刪除了。重新使用R-3.4.3，就總會(huì)有這樣的報(bào)錯(cuò)，雖然能夠運(yùn)行成功，但總是出現(xiàn)這個(gè)（刷屏的那種出現(xiàn)），也不...
Linux 由于服務(wù)器上已經(jīng)安裝有Blast+，所以就沒(méi)有安裝的步驟啦！目的：將候選基因的ID轉(zhuǎn)換成另一參考基因組的ID準(zhǔn)備文件：候選基因氨基酸序列--target.fast...
由于 xuzhougeng 最近更新了clusterProfiler中的擬南芥注釋信息，這個(gè)包又確實(shí)好用，所以想辦法安裝，期間遇到了很多問(wèn)題，現(xiàn)在也算是順利安裝上了，記錄一下...
在R-3.4.3版本中，這次重新安裝總是報(bào)錯(cuò)： 其實(shí)之前是真的已經(jīng)載入了的，目前也不知道什么原因。 由于get了新技能，發(fā)現(xiàn)Rstudio中可以切換新舊版本，切換版本后要退出...
常見(jiàn)報(bào)錯(cuò)-1 解決方案：盡管R這樣提示，但是不影響這個(gè)包的使用。因此是可以繼續(xù)用的，只是它會(huì)有這樣的提示而已。出現(xiàn)這種警告的原因是自己電腦上的R版本不是最新的了，需要更新。如...
原文來(lái)源：Conesa A, Madrigal P, Tarazona S, et al. A survey of best practices for RNA-seq da...
