1、軟件安裝 單獨為leaf cutter創(chuàng)建一個環(huán)境 R版本為3.4.1(筆者操作系統(tǒng)為linux red hat,嘗試了很多安裝版本和方法，唯一可行的是：) https:...
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2024-02-22leafcutter可變剪接
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配對樣本基因表達趨勢：優(yōu)化前后的散點連線圖+拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第三個實例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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蛋白質組學數(shù)據(jù)的歸一化/標準化處理1.前言 目的：調整由于技術，如處理、上樣、預分、儀器等造成的樣本間誤差。這實際上是一種數(shù)據(jù)縮放的方法。一般在一個表達矩陣中，會涉及到多個樣本，其表達量差異比較大，不能直接進...
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基因功能富集方法和基因注釋數(shù)據(jù)庫介紹1. 兩種基因功能富集方法介紹 名詞解釋：1. 基因功能富集分析：包括過表達分析ORA、功能分類打分FCS、基于同路拓撲結構PT和基于網(wǎng)絡拓撲結構NT和基因富集分析GSEA。...
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使用clusterProfiler進行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包，看過了它的繪圖就會使人沉迷于其顏值無法自拔。本文很多內容直接翻譯自官方文檔，加上了我的測試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）。 一、...
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@Lala77 可以
【RNA-seq自學09】數(shù)據(jù)分析之差異基因分析DEseq2、可視化
1、在R中安裝DESeq2軟件包 官方網(wǎng)站 2、運行 準備工作 DESeq2 進行差異分析 可視化展示 畫火山圖 差異基因的提取 根據(jù)第1列是Geneid，第7,8，9，10...
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文獻閱讀筆記：CUT&RUN這篇文獻閱讀筆記比較長，屬于CUT&RUN比較早的一篇綜述了。是2017年發(fā)表在eLife上的。這篇文章通過把CUT&RUN與ChIP等方法從各個方面進行了比較，詳細的說明了...
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DESeq2差異分析十全大補使用筆記寫在前面：新手老菜鳥，個人心得，不足之處歡迎交流指正；寫作不易，轉載前請聯(lián)系我征得同意，謝謝。 1.基本原理 1.1 概述 全稱：DESeq2 package for dif...
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相關性熱圖關于相關性，表示數(shù)據(jù)之間的相互依賴關系。但需要注意，數(shù)據(jù)具有相關性不一定意味著具有因果關系。 相關性在組學數(shù)據(jù)挖掘中應用非常廣，如樣本的重復檢驗、基因的共表達分析、微生物群落...
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轉錄組學習七（差異基因分析）
轉錄組學習一（軟件安裝） 轉錄組學習二（數(shù)據(jù)下載） 轉錄組學習三（數(shù)據(jù)質控） 轉錄組學習四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉錄組學習五（reads的比對與samtoo...
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把基因畫在染色體上之前有一次，我導說“能不能把這些基因按順序畫在果蠅的染色體上”，因此，我尋找了一些實現(xiàn)這個需求的方法。經(jīng)過一番奇奇怪怪的操作之后，最終用ggplot2畫了。。。其它方法簡單地...
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RNA-seq練習 第三部分（DEseq2篩選差異表達基因,可視化）DEseq2篩選差異表達基因并注釋(bioMart) DESeq2對于輸入數(shù)據(jù)的要求1.DEseq2要求輸入數(shù)據(jù)是由整數(shù)組成的矩陣。2.DESeq2要求矩陣是沒有標準化的。D...
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GO注釋結果整理對于非模式生物或者無參考基因組的項目，經(jīng)常需要進行基因的功能注釋，而GO注釋是基因功能注釋的重要部分。有很多軟件能夠獲得GO注釋的信息，例如interproscan、eggn...
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interpro 注釋結果簡單分析及可視化Interpro數(shù)據(jù)庫 Interpro是集成了蛋白質家族、結構域和功能位點的非冗余蛋白質特征序列數(shù)據(jù)庫， Interpro數(shù)據(jù)庫成員包括Coils 、Gene3D、Pfam...
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RNA-seq分析：從fastq到差異表達基因
RNA-seq的數(shù)據(jù)分析是比較簡單基礎的分析，大概流程就是處理下機的fastq數(shù)據(jù)（trimmomatic），比對到人類基因組（hisat2）然后統(tǒng)計每個基因上出現(xiàn)的coun...
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conda簡單運用(此推送獻給我的師弟師妹們）
簡介 作為剛入門的生信人來說，在Linux上安裝軟件時件很頭疼的事情，如果你學會利用conda去安裝的話，事情將會簡單很多！照例，文章的一開頭，肯定是要介紹一下conda是什...