華中農(nóng)業(yè)大學(xué)<br>園藝植物生物學(xué)教育部重點實驗室
IP屬地：湖北
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SCAU課堂 | 「比較基因組分析」專用 Docker 鏡像寫在前面 沒想到，上個選修課，準備示例數(shù)據(jù)和鏡像上，竟然花了我三四天....主要原因還是，「網(wǎng)速太差」。搞七搞八，終于搞定。盡管整完之后，我其實擔(dān)心學(xué)生拿到這個使用文檔也不知...
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enrichplot||基因富集結(jié)果可視化解決方案enrichplot包實現(xiàn)了幾種可視化方法來幫助解釋富集結(jié)果。它支持從DOSE (Yu et al. 2015)、clusterProfiler (Yu et al. 201...
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BLAST數(shù)據(jù)庫構(gòu)建過程中sseqid無法關(guān)聯(lián)到staxids的問題blast本地數(shù)據(jù)庫構(gòu)建已經(jīng)是一個很繁瑣的事情了，比對NT或NR數(shù)據(jù)庫還是會遇到各種問題：廢話少說，先記錄一下本地構(gòu)建BLAST數(shù)據(jù)庫： 下載安裝BLAST+的過程，并添加環(huán)...
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PASA（2.4.1）使用記錄
文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用，有錯誤請指出，我立刻改正！ 官方說明：https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/wiki[http...
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如何對基因組序列進行注釋基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個問題，需要對基因組序列進行注釋。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
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「生信」基因組功能注釋后的基因篩選目錄寫在前面功能注釋數(shù)據(jù)庫介紹方法一: 以KEGG的注釋結(jié)果為主, 篩選出每個品種包含的特異通路及基因方法二: 利用pfam的注釋結(jié)果, 過濾掉每個品種具有相同結(jié)構(gòu)域的基因,...
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宏基因組功能注釋（以COG為例）Contigs/Scaffolds序列經(jīng)基因預(yù)測、ORF開放閱讀框識別（Open Reading fr ame）和蛋白翻譯之后，就可以進行功能注釋分析了。我們將基因/蛋白序列...
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