本次文章和大家討論一個(gè)大家可能胡遇到很常見(jiàn)的一個(gè)問(wèn)題，在測(cè)序中我們很難避免引入一些微生物污染或者人類(lèi)的污染，例如，我想測(cè)序擬南芥，其中由于實(shí)驗(yàn)員的操作不夠干凈，很容易引入一些...
IP屬地：廣西
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如何處理NGS數(shù)據(jù)中的污染？
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分享一個(gè)鑒定同源lncRNA基因的方法
文章鏈接為：《Computational prediction and experimentalvalidation identify functionally conser...
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R數(shù)據(jù)分組且合并重復(fù)的列
在用R語(yǔ)言做數(shù)據(jù)處理時(shí)，通常使用的數(shù)據(jù)類(lèi)型是數(shù)據(jù)框（可類(lèi)比于excel表格，這樣腦海中會(huì)有一個(gè)直觀的印象）。那么數(shù)據(jù)清理過(guò)程中就會(huì)需要做各種變化和統(tǒng)計(jì)，比如按某些變量來(lái)分組并...
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2023-09-21 PSMC可以評(píng)估有效群體大小的原因
介紹這個(gè)軟件的概念前，我需要先解釋一個(gè)概念最近共同祖先時(shí)間（the time since the most recent common ancestor，TMRCA）。當(dāng)我們...
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跟著Nature Ecology&Evolution學(xué)作圖:R語(yǔ)言ggmsa包展示多序列比對(duì)結(jié)果論文 https://www.nature.com/articles/s41559-022-01771-6#code-availability[https://www.nat...
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可視化系列【六】：跟著Nature?Communications學(xué)畫(huà)圖：棒棒糖圖不積跬步，無(wú)以至千里 本期我們嘗試復(fù)現(xiàn)2023年7月7日發(fā)表在Nature Communications上的Molecular profiling of aromatase ...
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線粒體基因組的組裝和注釋?zhuān)∕itoFinder ）
之前有過(guò)用二代測(cè)序的數(shù)據(jù)組裝植物葉綠體基因組昆蟲(chóng)線粒體的經(jīng)歷，用的是單位的超算（Linux系統(tǒng)）。 這里的二代測(cè)序數(shù)據(jù)是全基因組的淺層測(cè)序數(shù)據(jù)，因?yàn)槿~綠體和線粒體是多拷貝的，...
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一條小咸魚(yú)
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學(xué)做NAR圖表：ggraph做網(wǎng)絡(luò)圖最近在NAR上看到一篇文章： 原文網(wǎng)絡(luò)圖如下： 我們借此機(jī)會(huì)，通過(guò)ggraph作圖解析相關(guān)參數(shù)。詳細(xì)注釋代碼和參數(shù)已上傳QQ群文件！我做的圖如下，有一點(diǎn)問(wèn)題，但不影響我們對(duì)這...
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復(fù)現(xiàn)NC文章華夫圖(方塊圖)-華麗展示實(shí)驗(yàn)樣本構(gòu)成樣本構(gòu)成是實(shí)驗(yàn)的開(kāi)端，也是后續(xù)分析的基礎(chǔ)，所以樣本信息在論文中需要詳細(xì)展示，涉及到你實(shí)驗(yàn)的真實(shí)性和可重復(fù)性。一般樣本構(gòu)成可以使用AI做示例圖，有些臨床采樣，可以使用柱狀體的方...
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命運(yùn)把你帶到那里，那你就大大方方的去
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱(chēng)之為史上最全基因流（也稱(chēng)基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成。通過(guò)基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個(gè)非常重要的來(lái)源，...
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跟著Nature學(xué)作圖：R語(yǔ)言ggtree給進(jìn)化樹(shù)的節(jié)點(diǎn)添加餅狀圖論文 Galeaspid anatomy and the origin of vertebrate paired appendages https://www.nature....
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日常搬磚
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單拷貝直系同源基因構(gòu)建物種進(jìn)化樹(shù)最近用Orthofinder做物種進(jìn)化樹(shù)，最后出來(lái)的物種樹(shù)的結(jié)構(gòu)跟已發(fā)表研究的結(jié)果差距較大，在我的印象里Orthofinder軟件是用單拷貝直系同源基因進(jìn)行建樹(shù)的，然后跟老師...
