file.vcf文件如下所示，包含兩個樣本、四個變異位點： 現(xiàn)在我想把數(shù)字基因型變成字母基因型，比如對于rs1 ，我希望0|0變成GG，1|0變成AG； 對于此需求，要用到c...
IP屬地：青海
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使用 PLINK 把 vcf 的0/0,0/1,1/1轉為字母格式的基因型(比如AA,AG,GG)
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全轉錄組關聯(lián)分析TWAS的原理與方法
作者：Resther審稿：童蒙編輯：angelica 什么是TWAS 對GWAS（genome-wide association study, 全基因組關聯(lián)分析）大家應該比較...
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「摸魚快報009」可能是迄今為止最全的R語言學習手冊了!big book of R摸魚快報是一檔致力于輕量化地收集優(yōu)質生物信息學及相關領域資料帶給大家的小欄目, 力求廢話不多, 干貨為王. 日常逛推, 發(fā)現(xiàn)有個關注了的大叔發(fā)了一個關于R的內容. 好奇點進去...
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「摸魚快報010」一個基于低覆蓋度的全基因組測序的群體遺傳學數(shù)據(jù)分析教程摸魚快報是一檔致力于輕量化地收集優(yōu)質生物信息學及相關領域資料帶給大家的小欄目, 力求廢話不多, 干貨為王. 項目地址:https://github.com/nt246/lcw...
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使用 KaKs Calculator 計算 KaKs 的衍生問題解答
1 是否需要去除 gaps 和終止密碼子 KaKs Calculator 的操作文檔寫著會去除 gaps 和終止密碼子： 當然，強迫癥的我還是用數(shù)據(jù)測試了一下，確認他們是否會...
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GATK4流程學習之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)GATK4流程學習之背景知識與前期準備 - 簡書[http://www.itdecent.cn/p/97e803755fa6]GATK4流程學習之DNA-Seq varia...
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基于單體型haplotypes的群體選擇信號的檢測——EHH & iHS
基于單體型haplotype的選擇信號的檢測。在selective sweeps選擇過程中，有些強烈受到選擇的位點variants由于LD的因素會連帶著其附近的位點varia...
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推薦一份系統(tǒng)發(fā)育分析的教程對應的github主頁 https://github.com/mmatschiner/tutorials[https://github.com/mmatschiner/tut...
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群體數(shù)據(jù)分析教程
https://popgen.nescent.org/2015-05-18-Dist-SNP.html[https://popgen.nescent.org/2015-05-...
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根據(jù)VCF構建進化樹VCF2Dis[https://github.com/BGI-shenzhen/VCF2Dis]，是一款計算根據(jù)vcf文件計算距離矩陣的小工具 1 安裝 下載后 2 示例文件...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
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circos 學習手冊（十六）link 和 relationships（一） 1. 基本 links 的繪制 circos 核心用途之一就是展示軸上位置之間的關系 許多控制連接 link 的參數(shù)直接繼承自...
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Shell 使用多線程提交任務-FIFO參考： 學習snakemake，三步輕松搭建生信流程![https://zhuanlan.zhihu.com/p/96115459]linux shell 多線程執(zhí)行程序[h...
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