前一篇推送已經(jīng)與大家分享了這篇發(fā)表在Nature Plants上的關(guān)于小麥再生的文章。涉及的生信分析非常豐富，其比較重要的是關(guān)于轉(zhuǎn)錄因子的分析。所以這次推送就其中重要的幾項轉(zhuǎn)...
發(fā)簡信
IP屬地：河北
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生信分析：轉(zhuǎn)錄因子分析-NP-小麥再生 -
差異共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)-Co-expression networks寫在前面，這篇文章主要整理自于Gene co-expression analysis for functional classification and gene–disea...
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第9篇：差異peaks分析——DiffBind學(xué)習(xí)目標(biāo) 學(xué)習(xí)用DiffBind流程評估兩個樣本間的差異結(jié)合區(qū)域 用PCA評估樣本間的關(guān)系 評估不同工具得到的差異peaks的一致性 評估差異peaks富集的工具 ATAC-...
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利用HOMER預(yù)測目標(biāo)序列的motif（從運行程序到結(jié)果解讀，以及注意事項）關(guān)于查找motif，目前有很多種軟件可以進(jìn)行預(yù)測。我所在的實驗室通常使用FIMO（MEME套件里的一個），但是有很多文獻(xiàn)里也提到了HOMER這個軟件，并且不乏一些影響因子很高...
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ATAC-seq分析實操生信技能樹健明教程放在最前面的參考鏈接：給學(xué)徒的ATAC-seq數(shù)據(jù)實戰(zhàn)（附上收費視頻) 數(shù)據(jù)來源的文章： The landscape of accessible chromatin in m...
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使用R包ChIPseeker實現(xiàn)對ChIP-seq peaks的注釋ChIP-seq試驗普遍用于探究蛋白質(zhì)與核酸的結(jié)合作用。例如最常見的，期望獲得某個轉(zhuǎn)錄因子的功能，查看它結(jié)合到哪些基因啟動子區(qū)域并調(diào)控它們的轉(zhuǎn)錄，以及更高級的分析識別該轉(zhuǎn)錄因...
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ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關(guān)的背景知識。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組范圍內(nèi)推測可能的開放染色質(zhì)位點...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下圖所示。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)，結(jié)合的緊密程度是動態(tài)變化的。當(dāng) DNA 需要復(fù)制或轉(zhuǎn)錄時，結(jié)合變得松散讓 DNA 暴露。暴露的 ...
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GENIE3——一款預(yù)測基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的R包
在網(wǎng)上隨意瀏覽的時候，無意間發(fā)現(xiàn)另一種可以構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的軟件，叫做GENIE3。這是一個R包，直接在R里運行。這款R包基于你的表達(dá)矩陣來推測基因之間的調(diào)控關(guān)系。 雖然共表達(dá)網(wǎng)...
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使用HINT-ATAC進(jìn)行ATAC-Seq的footprinting分析關(guān)于ATAC-seq分析，在網(wǎng)上看到兩篇關(guān)于同一片綜述的翻譯，寫的很好：ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦（Genome Biology綜述）ATAC-seq生信分析綜...
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Linux中pong 的安裝和使用引言 pong可用于admixture結(jié)果可視化 官方網(wǎng)址：GitHub - ramachandran-lab/pong: Fast analysis and visuali...
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ggplot2 - 柱狀圖簡介 柱狀圖一般用于，當(dāng)我們都有一組分類變量以及每個類別的定量值，而我們關(guān)注的主要重點是定量值的大小時。 應(yīng)該在柱狀圖背景保留橫網(wǎng)格線，便于比較我們關(guān)注的值。 當(dāng)分類labe...
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R packages|ggcorrplot : 相關(guān)矩陣的可視化(熱圖)在R中可視化相關(guān)矩陣(correlation matrix)的最簡單方法是使用corrplot包。另一種方法是在ggally包中使用函數(shù)ggcorr()。 但是，ggally...
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snp數(shù)據(jù)構(gòu)建NJtree（phylip軟件）參考鏈接 SNP數(shù)據(jù)構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹 - 簡書[http://www.itdecent.cn/p/57599b6a71e8]http://www.itdecent.cn/p...
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連鎖不平衡以及連鎖不平衡衰減[連鎖不平衡粗俗的說就是：這幾個基因耍流氓，喜歡抱團(tuán)遺傳，不再隨機(jī)。而連鎖不平衡衰減是指在基因組上，隨著物理距離的增大，兩個連鎖的的等位基因的連鎖程度不斷減小。] LD衰減圖...
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群體遺傳學(xué)之個體間遺傳距離及其計算方法
01-Definition Genetic Distance Genetic distance is the degree of genetic difference (ge...
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