PS：如果你需要本教程的練習(xí)代碼和文檔，可以在公眾號(hào)回復(fù)“20220122”即可獲得。 前言： 今早看到一篇博文，提到了FPKM與TPM間轉(zhuǎn)化。我自己也系統(tǒng)的再次進(jìn)行整理一下...
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一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互間的轉(zhuǎn)化 | 收藏教程
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跟著Nat Commun學(xué)作圖 | Post-hoc圖（Extended error bar plot）跟著Nat Commun學(xué)作圖 | Post-hoc圖（Extended error bar plot） Ling N, Wang T, Kuzyakov Y. Rhizos...
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主成分分析（PCA）& 主坐標(biāo)分析（PCoA）——R包繪圖（2D/3D散點(diǎn)圖）導(dǎo)讀 主成分分析(Principal Components Analysis，PCA)，也稱主分量分析或主成分回歸分析法，是一種無監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法。PCA通過線性變換將原始...
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R語言繪圖包07--多集合可視化UpSetRR語言繪圖包系列： R語言繪圖包01--優(yōu)秀的拼圖包patchwork[http://www.itdecent.cn/p/e57555d48c91] R語言繪圖包02--熱...
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一起學(xué)畫圖：散點(diǎn)圖+邊緣分布統(tǒng)計(jì)圖形-密度圖-直方圖-箱型圖-小提琴圖Part 1 ：散點(diǎn)圖+變量邊緣分布圖形 原文點(diǎn)我，感謝支持[https://mp.weixin.qq.com/s/5tCPZIdhpEeHUDyJqM1tqw] 許多文章的...
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一起學(xué)畫圖：氣泡圖—常用于富集分析
公眾號(hào)原文點(diǎn)我[https://mp.weixin.qq.com/s/sVWseQoyxL5tEM5PDf-iuQ] Part 1 ：氣泡圖 氣泡圖是散點(diǎn)圖的一種變體，一般的...
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一文讀懂R語言corrplot相關(guān)熱圖分析及美化！?。。ǜ綀D詳解，建議收藏）
gzh原文點(diǎn)我，歡迎同時(shí)關(guān)注[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwODAxMzc5Mw==&mid=2247489477&idx=1&s...
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最近整理了幾類常用的繪圖代碼最近比較忙，所以有段時(shí)間沒有更新了，后面多多更新，再補(bǔ)過來! 之前整理了關(guān)于熱圖的繪圖代碼，包括常規(guī)熱圖，和個(gè)性化加標(biāo)簽的熱圖，剛好最近有小伙伴說能不能整理幾個(gè)常用的繪圖代碼...
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RNAfold預(yù)測RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! 在mirdeep軟件的分析結(jié)果中，會(huì)提供miRNA前體的二級(jí)結(jié)構(gòu)，這個(gè)結(jié)果實(shí)際上是通過調(diào)用RNAfold來實(shí)現(xiàn)的，該軟件是一個(gè)經(jīng)典的預(yù)測RNA二級(jí)...
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Lnc2Catlas:腫瘤相關(guān)的lncRNA數(shù)據(jù)庫
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! lnc2Catlas是一個(gè)腫瘤相關(guān)的lncRNA數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址如下 https://lnc2catlas.bioinfotech.org/home/...
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CIRCpedia:環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! CIRCpedia是一個(gè)綜合性的環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫，采用CIRCexplorer軟件分析了來自6個(gè)物種約180多個(gè)樣本的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，識(shí)別到了2627...
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circNet:人類環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! circNet是一個(gè)環(huán)狀RNA的數(shù)據(jù)庫，不僅收錄了cirRNA的基本信息，還提供了環(huán)狀RNA在不同組織中的表達(dá)譜數(shù)據(jù)以及circRNA-miRNA...
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MEME:motif分析的綜合性工具
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! MEME是一個(gè)motif分析的工具箱，提供了多種相關(guān)工具，網(wǎng)址如下 http://meme-suite.org/index.html 根據(jù)分析目的...
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color pathway 使用指南 : 在通路圖中標(biāo)記基因
對(duì)于通路分析結(jié)果的可視化而言，最常用的展現(xiàn)方式就是在通路中高亮顯示富集到的基因。kegg 提供了在Color Pathway 在線服務(wù)，可以方便的完成這一任務(wù)。 網(wǎng)址如下： ...
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基因功能富集方法和基因注釋數(shù)據(jù)庫介紹1. 兩種基因功能富集方法介紹 名詞解釋：1. 基因功能富集分析：包括過表達(dá)分析ORA、功能分類打分FCS、基于同路拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)PT和基于網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)NT和基因富集分析GSEA。...
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2021-03-03 基于lncRNA的功能富集分析——lncSEAGO，KEGG，GSEA等久負(fù)盛名的功能富集分析方法對(duì)于解析各種基因的調(diào)控功能和互作網(wǎng)絡(luò)起到非常重要的作用。但這些方法的一個(gè)很大的局限性就是只能針對(duì)蛋白質(zhì)編碼進(jìn)行進(jìn)行分析。因...
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GSEA結(jié)果解讀
上一篇GSEA可以做什么[http://www.itdecent.cn/p/1cc9f6c20ef6]之后，繼續(xù)進(jìn)行結(jié)果解讀 1 Enrichment score（ES） ...