在進行組裝和比對過程中，要將測序ID替換成物種學名，一個一個替換太慢了，發(fā)現(xiàn)seqkit有這個功能。 seqkit replace --ignore-case --kv-fi...
發(fā)簡信
IP屬地：貴州
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使用seqkit批量替換序列ID
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感謝老師分享，請問在計算系統(tǒng)發(fā)育信號的部分，Pagel‘s lambda得到最佳模型是BM之后，請問如何知道lambda的具體數(shù)值呢？得到calculate AIC weights之后該怎么進一步計算呢？非常感謝！
系統(tǒng)發(fā)育比較分析—R
系統(tǒng)發(fā)育樹是研究物種進化歷史必不可少的信息，我們可以利用它得到一些重要歷史線索，如： 生物多樣性（物種形成或滅絕）； 物種性狀進化與多樣化（Character evoluti...
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您好，請問您運行成功了么，這里pileus and substrate.txt文件格式是怎樣的呀，我用我的文件運行時一直提示“incorrect number of dimensions”。??????
phytools祖先狀態(tài)重建
最近做了一個祖先狀態(tài)重建的工作，還是蠻有意思的。PS：需要說一下的是，RASP的祖先狀態(tài)重建主要是分布區(qū)重建，用RASP的模型去做性狀重建會出現(xiàn)非常奇怪的結(jié)果，顧換成R語言來...
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感謝分享，請問pileus and substrate.txt文件格式是怎樣的呀，我的文件大概是Aster_a L
Erigeron_a L
Lagenophora_s F
Monoptilon_b L …………運行時一直提示“incorrect number of dimensions”??????phytools祖先狀態(tài)重建
最近做了一個祖先狀態(tài)重建的工作，還是蠻有意思的。PS：需要說一下的是，RASP的祖先狀態(tài)重建主要是分布區(qū)重建，用RASP的模型去做性狀重建會出現(xiàn)非常奇怪的結(jié)果，顧換成R語言來...
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請問沒有參考基因組的情況該怎么統(tǒng)計呢？
如何獲取測序數(shù)據(jù)的average insert size
在學習用SOAPdenovo2組裝基因組的過程中，發(fā)現(xiàn)配置文件需要填average insert size這一項。建庫過程我是沒有參與的，所以就不知道insert size到...
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@土雕藝術家 謝謝您，我昨天換了1.8也成功運行了
BBMap/BBTools安裝 2023-02-17
BBMap/BBTools官網(wǎng)下載通道https://jgi.doe.gov/data-and-tools/software-tools/bbtools/bb-tools-u...
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您好，請問下您使用的java是什么版本呀？我使用的是openjdk version "1.7.0_75"，按照安裝流程安裝之后運行時一直報錯，請問您了解是什么原因么？非常感謝！
報錯如下：
Creating merged reference file ref/genome/1/merged_ref_13990193281371715.fa.gz
Exception in thread "main" java.lang.NoSuchMethodError: java.lang.Process.isAlive()Z
at dna.Data.testExecute(Data.java:1829)
at dna.Data.BGZIP(Data.java:1517)
at fileIO.ReadWrite.getGZipOutputStream(ReadWrite.java:533)
at fileIO.ReadWrite.getOutputStream(ReadWrite.java:382)
at fileIO.TextStreamWriter.<init>(TextStreamWriter.java:55)
at fileIO.TextStreamWriter.<init>(TextStreamWriter.java:32)
at fileIO.TextStreamWriter.<init>(TextStreamWriter.java:28)
at align2.BBSplitter.mergeReferences(BBSplitter.java:410)
at align2.BBSplitter.processArgs(BBSplitter.java:176)
at align2.BBSplitter.main(BBSplitter.java:42)BBMap/BBTools安裝 2023-02-17
BBMap/BBTools官網(wǎng)下載通道https://jgi.doe.gov/data-and-tools/software-tools/bbtools/bb-tools-u...
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請問您后來怎么解決的呀，我手動安裝和用conda安裝都報這個錯
BBtools的安裝和簡單使用
[TOC] 安裝環(huán)境 Ubuntu18.10BBMap_38.31 安裝過程 from the terminal window/linux shell: Extract th...
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非root權限下安裝vcftools并使用vcf-query
使用https://github.com/vcftools/vcftools下載的安裝包安裝時需要root權限，這時可以使用sourceforge中已編譯的包。 具體方法如下...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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平凡的生信之路<br>HUBU<br>UCAS<br>NUS<br>PKU
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收集一些生物信息學的分析流程的文章。感謝這些簡友整理的生信分析流程！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強的專題中了。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時候請點擊“最新收錄”然后進行查看。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預后標志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學分析 ?? 全基因組關聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個文章走下來的流程 ?? ?? ??
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我們一起學習轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
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