說在前面: 早在 2009 年,韓斌團(tuán)隊(duì)(第一作者是黃學(xué)輝)就在 Genome Res 上發(fā)了一篇文章 High-throughput genotyping by whole...
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言簡意賅
一套比較簡便的基因組組裝流程這套流程主要特點(diǎn)是消耗資源比較少,1G以內(nèi)的基因組,內(nèi)存不要低于128G,最好能搞到256G,但是再多對(duì)這套流程用不上,更大的基因組沒有測(cè)試過。 測(cè)序數(shù)據(jù)為100x以上的Pa...
大家好,我是小劉歌。介紹一個(gè)使用Pandas合并多個(gè)表格的程序。廢話不多說,直接上代碼。 使用 mamba install -n base -c conda-forge pa...
好久沒寫博文了,分享一個(gè)為TASSEL結(jié)果繪制曼哈頓圖的代碼: 結(jié)果如下: QQ 圖的結(jié)果有點(diǎn)異常,請(qǐng)忽略。 歡迎大家大家關(guān)注「小劉哥」公眾號(hào),進(jìn)行交流。
@wanghaolin 就是你關(guān)聯(lián)分析的結(jié)果
繪制 SNP 密度圖一般使用 CMplot 繪制SNP密度圖:包鏈接:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要繪制 SNP 密度圖,僅僅需要三列即可:a. 第...
@小梁學(xué)生信 還沒寫哦
一步一步學(xué)會(huì)撰寫SNP Calling 流程(二)3.1 DNASeq 數(shù)據(jù)分析SNP/Indel 策略 策略一: BWA + Samtools /Picard + GATK 1) BWA 比對(duì)及 Samtools 轉(zhuǎn)化為 ...
@Vivian冉 就是標(biāo)記的染色體及物理位置。只需要示例數(shù)據(jù)中的前三列即可。
繪制 SNP 密度圖一般使用 CMplot 繪制SNP密度圖:包鏈接:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要繪制 SNP 密度圖,僅僅需要三列即可:a. 第...
@Alexander_Le 多看看小駱駝書
實(shí)用便捷小程序--由從gff文件提取exon/intron坐標(biāo)信息自己動(dòng)手,豐衣足食??床欢?的留言,討論!
@shwzhao 是根據(jù)exon提取的,可以設(shè)置的
實(shí)用便捷小程序--由從gff文件提取exon/intron坐標(biāo)信息自己動(dòng)手,豐衣足食。看不懂 的留言,討論!
@shwzhao 是的,gffread好的很
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