Phytozome 作為專門收錄植物基因組的網(wǎng)站,在基因組數(shù)據(jù)的下載、查詢、可視化瀏覽等方面做的都很不錯。為了下載整個Phytozome數(shù)據(jù)庫，我先后使用了requests庫...
發(fā)簡信
IP屬地：福建
-
使用Python3下載Phytozome數(shù)據(jù)庫
-
外顯子、內(nèi)含子、mRNA,CDS區(qū)別關(guān)于基因理論知識補充：外顯子、內(nèi)含子、mRNA,CDS區(qū)別 1、DNA復(fù)制：以DNA為模板，在DNA聚合酶的催化作用下，將四種游離的dNTP按照堿基互補配對原則合成新鏈DNA...
-
[轉(zhuǎn)載]清晰易懂的NGS原理和流程
1 測序技術(shù)2FASTA和FASTQ3數(shù)據(jù)質(zhì)控4構(gòu)建WGS主流程理解并操作BAM文件 GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實踐（上）GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實踐（下） 癌...
-
我的生信自學(xué)心得分享
這是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 從2016年，我開始自學(xué)生物信息，那個時候，為了加深自己學(xué)習(xí)，所以就不間斷的在網(wǎng)上分享我的學(xué)習(xí)筆記。 我有一個自己的博客，xu...
-
AWK基礎(chǔ)教程前言 之前針對WorkerHub小程序做的數(shù)據(jù)分析文章 互聯(lián)網(wǎng)卷王花落誰家？[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2Mjc0ODk1Ng=...
-
#! /bin/bashbackground 你可能經(jīng)常會在一個shell script file(.sh文件)，或者一個寫滿shell scirpt的text文件的開頭看到這樣一行代碼： 為什么要...
-
通過blast在基因組中找相似序列人類基因組中存在大量的重復(fù)區(qū)域，給定一段序列，如何知道這段序列在基因組中是否具有唯一比對，或者具有多個比對？ 一種方法是通過bwa，通過AS和XS 標簽判斷是否有次優(yōu)比對；但...
-
GFF文件和基因組文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,轉(zhuǎn)錄本序列 接下來我們利用組合工具來提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列，要加-s 參數(shù)（能區(qū)分正反鏈...
-
CRISPR-Cas9基因編輯技術(shù)簡介CRISPR-Cas9是繼ZFN、TALENs等基因編輯技術(shù)推出后的第三代基因編輯技術(shù)，短短幾年內(nèi),CRISPR-Cas9技術(shù)風(fēng)靡全球, 成為現(xiàn)有基因編輯和基因修飾里面效率最...
-
如何輕松構(gòu)建物種系統(tǒng)發(fā)育樹在常規(guī)的基因組分析中，當我們對某一物種的基因組進行從頭組裝與注釋獲得其的基本信息后，通常會想知道該物種與一些其他近源物種之間的進化關(guān)系，此時就需要構(gòu)建不同物種之間的系統(tǒng)發(fā)育樹...
-
-
【動植物研究動態(tài)】2022年1-3月MP發(fā)表的油菜變異數(shù)據(jù)庫、大白菜突變體數(shù)據(jù)庫、GWAS新方法和GS4.0
MP作為國內(nèi)植物領(lǐng)域神刊，發(fā)展非常之快。開年之際，國人就已發(fā)表好幾項卓越成果。這里摘取幾項跟分子育種相關(guān)的研究，涉及工具、方法和數(shù)據(jù)庫等資源。 Mol Plant | 華中農(nóng)...
-
GWAS分析-說人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析前言 來到這里，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計這輩子我也沒有想到，我把我最厭惡的東西寫出來， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼，大神請...
-
生信學(xué)習(xí)筆記：使用SNP data做基因滲入分析 (1)
最近想用自己有的數(shù)據(jù)做一下基因滲入的分析。由于之前沒有了解過太多這方面的知識，于是從github上找到了一份不錯的教程，借此機會與大家一起學(xué)習(xí)一下。 該教程的總結(jié) 隨機測序生...
-
群體遺傳分析—LD連鎖不平衡本文轉(zhuǎn)載于百邁克云(https://www.sohu.com/a/234594093_761120) 在群體遺傳學(xué)研究中，LD連鎖不平衡分析是最常見的分析內(nèi)容，也是關(guān)聯(lián)分析的...
-
Call變異？就是召喚啦！劉小澤寫于18.8.10，補充于18.8.14-15這之間經(jīng)歷了第一期授課結(jié)課，（回中山辦購房手續(xù)）遙墻機場讀了100多頁生信書籍，飛往珠海機場被臺風(fēng)滯留（差點回不了中山的家...
