Phytozome 作為專門收錄植物基因組的網(wǎng)站,在基因組數(shù)據(jù)的下載、查詢、可視化瀏覽等方面做的都很不錯(cuò)。為了下載整個(gè)Phytozome數(shù)據(jù)庫，我先后使用了requests庫...
發(fā)簡信
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使用Python3下載Phytozome數(shù)據(jù)庫
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外顯子、內(nèi)含子、mRNA,CDS區(qū)別關(guān)于基因理論知識補(bǔ)充：外顯子、內(nèi)含子、mRNA,CDS區(qū)別 1、DNA復(fù)制：以DNA為模板，在DNA聚合酶的催化作用下，將四種游離的dNTP按照堿基互補(bǔ)配對原則合成新鏈DNA...
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[轉(zhuǎn)載]清晰易懂的NGS原理和流程
1 測序技術(shù)2FASTA和FASTQ3數(shù)據(jù)質(zhì)控4構(gòu)建WGS主流程理解并操作BAM文件 GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（上）GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（下） 癌...
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我的生信自學(xué)心得分享
這是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 從2016年，我開始自學(xué)生物信息，那個(gè)時(shí)候，為了加深自己學(xué)習(xí)，所以就不間斷的在網(wǎng)上分享我的學(xué)習(xí)筆記。 我有一個(gè)自己的博客，xu...
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AWK基礎(chǔ)教程前言 之前針對WorkerHub小程序做的數(shù)據(jù)分析文章 互聯(lián)網(wǎng)卷王花落誰家？[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2Mjc0ODk1Ng=...
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#! /bin/bashbackground 你可能經(jīng)常會(huì)在一個(gè)shell script file(.sh文件)，或者一個(gè)寫滿shell scirpt的text文件的開頭看到這樣一行代碼： 為什么要...
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通過blast在基因組中找相似序列人類基因組中存在大量的重復(fù)區(qū)域，給定一段序列，如何知道這段序列在基因組中是否具有唯一比對，或者具有多個(gè)比對？ 一種方法是通過bwa，通過AS和XS 標(biāo)簽判斷是否有次優(yōu)比對；但...
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GFF文件和基因組文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,轉(zhuǎn)錄本序列 接下來我們利用組合工具來提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列，要加-s 參數(shù)（能區(qū)分正反鏈...
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CRISPR-Cas9基因編輯技術(shù)簡介CRISPR-Cas9是繼ZFN、TALENs等基因編輯技術(shù)推出后的第三代基因編輯技術(shù)，短短幾年內(nèi),CRISPR-Cas9技術(shù)風(fēng)靡全球, 成為現(xiàn)有基因編輯和基因修飾里面效率最...
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如何輕松構(gòu)建物種系統(tǒng)發(fā)育樹在常規(guī)的基因組分析中，當(dāng)我們對某一物種的基因組進(jìn)行從頭組裝與注釋獲得其的基本信息后，通常會(huì)想知道該物種與一些其他近源物種之間的進(jìn)化關(guān)系，此時(shí)就需要構(gòu)建不同物種之間的系統(tǒng)發(fā)育樹...
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【動(dòng)植物研究動(dòng)態(tài)】2022年1-3月MP發(fā)表的油菜變異數(shù)據(jù)庫、大白菜突變體數(shù)據(jù)庫、GWAS新方法和GS4.0
MP作為國內(nèi)植物領(lǐng)域神刊，發(fā)展非常之快。開年之際，國人就已發(fā)表好幾項(xiàng)卓越成果。這里摘取幾項(xiàng)跟分子育種相關(guān)的研究，涉及工具、方法和數(shù)據(jù)庫等資源。 Mol Plant | 華中農(nóng)...
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GWAS分析-說人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析前言 來到這里，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計(jì)這輩子我也沒有想到，我把我最厭惡的東西寫出來， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼，大神請...
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生信學(xué)習(xí)筆記：使用SNP data做基因滲入分析 (1)
最近想用自己有的數(shù)據(jù)做一下基因滲入的分析。由于之前沒有了解過太多這方面的知識，于是從github上找到了一份不錯(cuò)的教程，借此機(jī)會(huì)與大家一起學(xué)習(xí)一下。 該教程的總結(jié) 隨機(jī)測序生...
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群體遺傳分析—LD連鎖不平衡本文轉(zhuǎn)載于百邁克云(https://www.sohu.com/a/234594093_761120) 在群體遺傳學(xué)研究中，LD連鎖不平衡分析是最常見的分析內(nèi)容，也是關(guān)聯(lián)分析的...
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Call變異？就是召喚啦！劉小澤寫于18.8.10，補(bǔ)充于18.8.14-15這之間經(jīng)歷了第一期授課結(jié)課，（回中山辦購房手續(xù)）遙墻機(jī)場讀了100多頁生信書籍，飛往珠海機(jī)場被臺風(fēng)滯留（差點(diǎn)回不了中山的家...
