請(qǐng)一定看這里：寫下來(lái)只是為了記錄一些自己的實(shí)踐，當(dāng)然如果能對(duì)你有所幫助那就更好了，歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數(shù)據(jù) 2 標(biāo)準(zhǔn)化(normalization)：D...
IP屬地：寧夏
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋 -
生信 | circos文件準(zhǔn)備大全（以擬南芥為例）一、寫在前面 扣扣群：559758504（目前無(wú)需驗(yàn)證，一鍵即可加入） 如果你不想學(xué)，老板又催著要，你可以加群私聊我尋求幫助( $ _ $ )，但還是自己學(xué)，知識(shí)都是自己的。...
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「2022-01-04更新」HiC軟件安裝篇之Lachesis2022-01-04 update: 更新了一些錯(cuò)誤集錦 Lachesis是希臘神話眾神之一，負(fù)責(zé)決定生命之線的長(zhǎng)度。但是咱們這個(gè)lachesis是2013年發(fā)表在natur...
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你好，不好意思我不經(jīng)常看這個(gè)網(wǎng)站。①數(shù)據(jù)是否有殘留的接頭。因?yàn)楫?dāng)時(shí)的數(shù)據(jù)已經(jīng)交給別人重新分析了，我建議再使用trimmomatic或者fastp過(guò)濾一下。②local參數(shù)。bowtie2 end-to-end 和local模式里--very-sensitive 的參數(shù)都一樣，可以看下不同模式的詳細(xì)參數(shù)。③當(dāng)時(shí)我的重復(fù)應(yīng)該是有40%+。 希望能幫到你
水稻CUT&Tag數(shù)據(jù)分析流程
最近實(shí)驗(yàn)室的師兄做了幾個(gè)樣本的Cut&Tag數(shù)據(jù)，公司沒(méi)有分析流程，只能自己摸索著分析。 參考了網(wǎng)上的一個(gè)流程：https://yezhengstat.github.io/C...
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Linux Sort 按照某一列排序
轉(zhuǎn)載：https://segmentfault.com/a/1190000005713784sort是在Linux里非常常用的一個(gè)命令，管排序 sort將文件的每一行作為一個(gè)...
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Jalview使用方法（1）——多序列比對(duì)今天我們介紹一款全平臺(tái)可以使用的多序列比對(duì)工具，那就是Jalview，它的功能非常強(qiáng)大，但是我們今天講解最基本的多序列比對(duì)及結(jié)果輸出。 1. 導(dǎo)入序列 你可以導(dǎo)入你的fast...
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無(wú)參轉(zhuǎn)錄組序列組裝 — Trinity轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類： 有參比對(duì)—定量—差異分析—功能富集分析等 無(wú)參組裝—定量—差異分析—功能富集分析等image 無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組序列...
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--compression=6 這個(gè)參數(shù)是壓縮程度，可以改到9試試
使用fastp進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控
fastp是一款較新的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件，接觸這個(gè)軟件也是由于目前市場(chǎng)的軟件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接觸到一個(gè)RNAseq數(shù)據(jù)，質(zhì)量較差，需要去除接頭而且含N較多，序列...
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RNA-seq從入門到自閉（Trimmomatic和Fastp）抱歉拖了這么久，主要是最后分析出來(lái)的數(shù)據(jù)跟某平臺(tái)對(duì)比后發(fā)現(xiàn)差了很多。無(wú)法解釋這個(gè)結(jié)果。用了幾個(gè)軟件測(cè)試，最后的結(jié)果都跟之前平臺(tái)的Exp結(jié)果對(duì)不上。最后猜測(cè)可能還是這套數(shù)據(jù)有問(wèn)...
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clustalw對(duì)輸入序列有要求，不能有重復(fù)序列，我之前也遇到過(guò)這種問(wèn)題，然后我用了muscle做了比對(duì)。
基因家族分析保姆級(jí)教程（分子進(jìn)化）-生信小白自學(xué)之路（一）
一、基因家族基礎(chǔ)知識(shí)與研究思路介紹 1.基因家族簡(jiǎn)介 基因是染色體上一段可以發(fā)生轉(zhuǎn)錄的區(qū)域（內(nèi)含子外顯子啟動(dòng)子）。轉(zhuǎn)錄本才是基因的研究實(shí)體，轉(zhuǎn)錄本transcript（別名 ...
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R語(yǔ)言中EM算法估計(jì)高斯混合模型參數(shù)EM算法 leengsmile2016年9月24日 EM 算法 本文檔介紹如何在R語(yǔ)言中，通過(guò)EM算法，估計(jì)高斯混合模型的參數(shù)。首先通過(guò)簡(jiǎn)單的例子，用簡(jiǎn)單的程序描述EM算法估...
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從0開(kāi)始的RNA-seq教程
本次RNA-seq分析目標(biāo)明確，得到基因的表達(dá)矩陣即可，不涉及其他分析。 樣本：植物的葉和莖的轉(zhuǎn)錄組；測(cè)序方法：雙端測(cè)序；有參考基因組文件 1.數(shù)據(jù)質(zhì)控拿到測(cè)序數(shù)據(jù)，第一步進(jìn)...
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免疫學(xué)碩士一枚～<br>生信熱愛(ài)者但是小白一枚~<br>目前成就為0~<br>加油哦，一大波成就正在路上啦~<br>啾~豬莎要加油哦~
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轉(zhuǎn)錄組分析6——GO/KEGG富集分析莎莎寫于2020.5.2這是5月堅(jiān)持的第2天，要一直堅(jiān)持寫啊，加油! 差異基因的功能注釋和富集分析: ? GO和KEGG富集分析? 基因集富集分析? MsigDB數(shù)據(jù)庫(kù)? G...
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轉(zhuǎn)錄組分析5——差異表達(dá)分析差異表達(dá)分析內(nèi)容：? 基因表達(dá)量的標(biāo)準(zhǔn)化方法及可視化? counts，RPKM，F(xiàn)PKM，TPM? PCA圖、熱圖等? 差異表達(dá)分析及可視化? limma-voom，edge...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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尋找同源基因工具OrthoMCL與OrthoFinder的安裝與使用比較基因組學(xué) 簡(jiǎn)單介紹一下比較基因組學(xué)，Comparative genomics是基于基因組圖譜和測(cè)序技術(shù)，對(duì)已知的基因特征和基因組結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較以了解基因功能、表達(dá)機(jī)制和不同...
