寫在前面 基因組測序項(xiàng)目已然是幾乎所有課題組都可以負(fù)擔(dān)的水平。相比于幾年前火爆的通過轉(zhuǎn)錄組測序挖掘生物學(xué)問題策略,通過基因組,尤其是比較基因組分析,往往可以給我們帶來更多確定...
寫在前面 基因組測序項(xiàng)目已然是幾乎所有課題組都可以負(fù)擔(dān)的水平。相比于幾年前火爆的通過轉(zhuǎn)錄組測序挖掘生物學(xué)問題策略,通過基因組,尤其是比較基因組分析,往往可以給我們帶來更多確定...
OrthoFinder2算法解讀 1)基因樹的構(gòu)建, 尋找序列之間的同源關(guān)系(相似度的計(jì)算):diamond,blast,mmseq2 基因樹的推斷:DendroBLAST,...
參考文獻(xiàn):Yang Z. 2014. Molecular evolution: a statistical approach. Oxford(England): Oxford...
目錄 1. 標(biāo)準(zhǔn)化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
原文鏈接:Simulated-07-Membership.pdf (ucla.edu)[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/Coex...
鑒于大量的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),可能出現(xiàn)的一個(gè)問題是“如果A組和B組都進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組研究并報(bào)告了一些結(jié)果,這些結(jié)果的相容性如何?”目前基于轉(zhuǎn)錄組或芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行meta-analysis的...
WGCNA 分析確定重要模塊之后,如何找模塊內(nèi)的hubgene? 想找hubgene,必須先理解其概念:網(wǎng)絡(luò)中處于核心位置的點(diǎn)(基因)。在WGCNA中,由于進(jìn)行了無尺度化處理...
WGCNA有了相關(guān)性矩陣為什么還要計(jì)算拓?fù)渚仃??[https://www.sci666.com.cn/58128.html]把鄰接矩陣(Adjacency Matrix)變成...
我們的表達(dá)數(shù)據(jù), 多組格式的表達(dá)式數(shù)據(jù)(見checkSets)。一個(gè)列表的向量,每組一個(gè)。每個(gè)集合必須包含一個(gè)包含表達(dá)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù),行對應(yīng)于樣本,列對應(yīng)于基因或探針。 該檢查數(shù)...
下面的截圖來源于youtube上的一個(gè)小姐姐,對她的視頻感興趣可以看看。 link:https://www.youtube.com/watch?v=PvBf65Y8Cqk[h...
文章:Comparative Analyses of Gene Co-expression Networks: Implementations and Application...
作者:oct審稿:童蒙編輯:amethyst 一、基本概念 WGCNA( Weighted correlation network analysis)譯為加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分...
本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程,參考了最新的文檔。第一全的還在路上,會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實(shí)戰(zhàn)班上,歡迎點(diǎn)擊鏈接了解更多。 WGC...
WGCNA全稱weighted gene co-expression network analysis,即加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析。它是一種分析多個(gè)樣本基因表達(dá)模式的分析方法,...