寫在前面 基因組測序項(xiàng)目已然是幾乎所有課題組都可以負(fù)擔(dān)的水平。相比于幾年前火爆的通過轉(zhuǎn)錄組測序挖掘生物學(xué)問題策略，通過基因組，尤其是比較基因組分析，往往可以給我們帶來更多確定...
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教程 | 規(guī)?；锓N同源基因分析 - orthofinder [上篇] -
偶爾更新，需要沉淀
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OrthoFinder2：直系同源基因的尋找以及Orthogroup構(gòu)建
OrthoFinder2算法解讀 1）基因樹的構(gòu)建， 尋找序列之間的同源關(guān)系（相似度的計(jì)算）：diamond，blast，mmseq2 基因樹的推斷：DendroBLAST，...
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溯祖理論(coalescent theory)：Fisher-Wright模型以及中性溯祖參考文獻(xiàn)：Yang Z. 2014. Molecular evolution: a statistical approach. Oxford(England): Oxford...
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北京基因組所研究生<br><br>Focus on Bioinformatics and Machine-Learning<br><br>Follow me on Github: <a href="https://github.com/Ming-Lian" rel="nofollow" target="_blank">https://github.com/Ming-Lian</a><br><br>跳出局部最優(yōu)，搜索全局最優(yōu)
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計(jì)學(xué)問題（二）FPKM/RPKM之外的那些標(biāo)準(zhǔn)化方法目錄 1. 標(biāo)準(zhǔn)化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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WGCNA:使用模擬數(shù)據(jù)來評估不同的模塊檢測方法和基因篩選方法原文鏈接：Simulated-07-Membership.pdf (ucla.edu)[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/Coex...
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使用WGCNA進(jìn)行meta-analysis
鑒于大量的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，可能出現(xiàn)的一個(gè)問題是“如果A組和B組都進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組研究并報(bào)告了一些結(jié)果，這些結(jié)果的相容性如何？”目前基于轉(zhuǎn)錄組或芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行meta-analysis的...
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2021-08-19WGCNA確定目標(biāo)模塊后如何找模塊內(nèi)的hubgene
WGCNA 分析確定重要模塊之后，如何找模塊內(nèi)的hubgene？ 想找hubgene,必須先理解其概念：網(wǎng)絡(luò)中處于核心位置的點(diǎn)（基因）。在WGCNA中，由于進(jìn)行了無尺度化處理...
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WGCNA知識點(diǎn)資料搜集WGCNA有了相關(guān)性矩陣為什么還要計(jì)算拓?fù)渚仃?？[https://www.sci666.com.cn/58128.html]把鄰接矩陣（Adjacency Matrix）變成...
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部分WGCNA的blockwiseModules參數(shù)解釋
我們的表達(dá)數(shù)據(jù)， 多組格式的表達(dá)式數(shù)據(jù)（見checkSets）。一個(gè)列表的向量，每組一個(gè)。每個(gè)集合必須包含一個(gè)包含表達(dá)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)，行對應(yīng)于樣本，列對應(yīng)于基因或探針。 該檢查數(shù)...
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基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)理論知識下面的截圖來源于youtube上的一個(gè)小姐姐，對她的視頻感興趣可以看看。 link：https://www.youtube.com/watch?v=PvBf65Y8Cqk[h...
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基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的分析比較文章：Comparative Analyses of Gene Co-expression Networks: Implementations and Application...
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一個(gè)跨物種研究關(guān)聯(lián)基因表達(dá)模式的好方法
作者：oct審稿：童蒙編輯：amethyst 一、基本概念 WGCNA（ Weighted correlation network analysis）譯為加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分...
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WGCNA分析，簡單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實(shí)戰(zhàn)班上，歡迎點(diǎn)擊鏈接了解更多。 WGC...
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WGCNA原理和分析流程WGCNA全稱weighted gene co-expression network analysis，即加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析。它是一種分析多個(gè)樣本基因表達(dá)模式的分析方法，...
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