怎么網(wǎng)上都是這一個帖子
基于orthofinder 結(jié)果構建物種樹串聯(lián)法 orthofinder 已經(jīng)生成好單拷貝基因串聯(lián)的序列，可以直接使用。找到orthofinder 已經(jīng)生成好單拷貝基因串聯(lián)的序列，SpeciesTreeAlignme...
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為什么我的沒有continue mapping
用cytoscape畫網(wǎng)絡圖
經(jīng)常看到文章中有那種好漂亮的網(wǎng)絡圖，偶也想自己畫一個呢，但是不會咋整呢？ 別急，今天本椒就分享一下用cytoscape畫互作網(wǎng)絡圖！ 看一遍就會啦。。。還不會！那就多看幾遍哈...
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正負相關怎么用線條顏色設置
用cytoscape畫網(wǎng)絡圖
經(jīng)?？吹轿恼轮杏心欠N好漂亮的網(wǎng)絡圖，偶也想自己畫一個呢，但是不會咋整呢？ 別急，今天本椒就分享一下用cytoscape畫互作網(wǎng)絡圖！ 看一遍就會啦。。。還不會！那就多看幾遍哈...
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非常詳細的一篇教程了
用cytoscape畫網(wǎng)絡圖
經(jīng)常看到文章中有那種好漂亮的網(wǎng)絡圖，偶也想自己畫一個呢，但是不會咋整呢？ 別急，今天本椒就分享一下用cytoscape畫互作網(wǎng)絡圖！ 看一遍就會啦。。。還不會！那就多看幾遍哈...
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@GPZ_Lab 我也想知道怎么導出結(jié)果
R使用筆記：相關系數(shù):cor.test();corr.test();rcorr()
本次筆記內(nèi)容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
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@小潤澤 啊…不是。我從數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)，它有contig scaffold complete水平。
為什么contig不組裝到complete水平。
是組裝不到，還是人沒有組裝基因組組裝和注釋理論
基因組組裝 1.k-mer 那么我們首先要看一下k-mer是什么。它的定義是：是指將一條序列分成包含k個堿基的子字符串，如果reads長度為L，k-mer長度設為k，則產(chǎn)生的...
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@小潤澤 為什么會有coting scaffold complete組裝水平，為什么不都組裝到complete.是人為沒有組裝到complete水平，還是它序列本身組裝到complete水平
基因組組裝和注釋理論
基因組組裝 1.k-mer 那么我們首先要看一下k-mer是什么。它的定義是：是指將一條序列分成包含k個堿基的子字符串，如果reads長度為L，k-mer長度設為k，則產(chǎn)生的...
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序列組裝水平，會影響注釋結(jié)果嗎？
宏基因組分箱（六）Prokka基因預測，注釋COG、EC、RNA
導讀 prokka注釋細菌基因組，獲得該基因組的CDS、Gene、RNA、EC、COG等注釋信息。 一、基本信息 文章：Prokka: rapid prokaryotic g...
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基因組裝水平會影響注釋結(jié)果嗎
「生信軟件」好用的細菌基因組組裝與注釋軟件
1. Spades[https://github.com/ablab/spades] 細菌基因組組裝最佳軟件(主觀感受)，可進行二代組裝，三代組裝以及二代三代混合組裝。 2...
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想問組裝水平會影響KEGG注釋結(jié)果呢
基因組組裝和注釋理論
基因組組裝 1.k-mer 那么我們首先要看一下k-mer是什么。它的定義是：是指將一條序列分成包含k個堿基的子字符串，如果reads長度為L，k-mer長度設為k，則產(chǎn)生的...
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救命??！為什么輸出了四個空文檔
零基礎快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...
寫在前面 早前已經(jīng)推過《新手eggNOG-Mapper詳細教程》，但仍然有很多人遇到使用問題。換句話，可能那個教程不能徹底解決大伙遇到的問題。于是我決定寫一個完美的教程，徹底...
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如果是要.faa格式的 是不是 -faa
autoprokka:使用prokka批量注釋
autoprokka.py這個Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進行注釋，自動按照輸入文件名去命名輸出文件，并且每個樣本單獨一個文件夾存放注釋后結(jié)果，.gff...
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