一、ssDNA數(shù)據(jù)用samtools進(jìn)行markdup去重的時候，出現(xiàn)報錯信息。 腳本提交的時候在e文件中顯示：[markdup] error: no MC tag. [ma...
發(fā)簡信
IP屬地：湖南
-
day24ChIP-seq去重
-
復(fù)現(xiàn)一篇WGCNA文章（含代碼）（五）前面我們已經(jīng)拿到了差異表達(dá)基因以及WGCNA與腫瘤最相關(guān)的兩個模塊里的基因，下面我們就從這些基因中找到文章標(biāo)題中的那3個關(guān)鍵基因：AURKA, TOP2A and MELK；...
-
復(fù)現(xiàn)一篇WGCNA文章（含代碼）（四）接下來是對WGCNA分析的yellow模塊和turquoise模塊里的基因分別做GO和KEGG富集分析； 文章中是用R包clusterprofiler做的： 分別對最相關(guān)的...
-
復(fù)現(xiàn)一篇WGCNA文章（含代碼）（三）找完差異基因后，現(xiàn)在開始這篇文章的WGCNA分析，這個分析最主要的是要得到與表型相關(guān)的基因； 先看看文章中怎么做的： 首先對數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾：過濾后為5435個基因； 構(gòu)建基因共...
-
復(fù)現(xiàn)一篇WGCNA文章（含代碼）（二）前面我們處理了表達(dá)矩陣以及臨床信息，下面開始做差異分析； 首先，我們看一下文章里是怎么做的： 這里讓我比較疑惑的是取|logFC|>1的話，并不能得到文章中580個DEG的結(jié)...
-
復(fù)現(xiàn)一篇WGCNA文章（含代碼）（一）文章 AURKA, TOP2A and MELK are the key genes identified by WGCNA for the pathogenesis of ...
-
最詳細(xì)的HiC-Pro使用記錄及結(jié)果解讀Hi-C技術(shù)通過交聯(lián)等實驗步驟獲得空間上相連的DNA片段，即物理位置上較遠(yuǎn)的DNA片段之間的互作信息。根據(jù)染色體內(nèi)部的互作概率顯著高于染色體之間的互作概率將不同的contig...
-
結(jié)構(gòu)變異文獻(xiàn)列表
Structural variation in the human genome Nature Reviews Genetics volume 7, pages 85-97 ...
-
Phenotypic impact of genomic structural variation: insights from and for human disease
Corresponding author: Jan KorbelGROUP LEADER AND SENIOR SCIENTISTMolecular Medicine Par...
-
【Python生信編程筆記】讀取文件
在Python中，讀取文件分為三個步驟: 一、打開文件：open 文件句柄不是文件，而是對文件的說明。 二、讀取文件：有幾個方法來讀取文件。 read(n): 從文件中讀取n...
-
【Python生信編程筆記】if、for以及while語句小例子
前面我們學(xué)習(xí)了數(shù)據(jù)類型以及if、for和while語句，下面，我們用剛剛學(xué)到的知識來編程序: 一、估計蛋白質(zhì)的凈電荷 在固定的pH值下，可以計算出蛋白質(zhì)的凈電荷和其各個氨基酸...
-
【Python生信編程筆記】while循環(huán)
有一條指令使while條件為假是非常重要的，否則，我們就會進(jìn)入一個無限循環(huán)。 退出while循環(huán)的一種方法是使用break。 Break用于脫離循環(huán)結(jié)構(gòu)，它也可以在for下使...
-
【Python生信編程筆記】for循環(huán)
for控制結(jié)構(gòu)允許重復(fù)執(zhí)行代碼，同時保留一個具有可迭代對象值的變量。 要知道你正在迭代的可迭代對象的位置，enumerate方法將返回可迭代對象的索引和值。 迭代數(shù)字列表的方...
-
【Python生信編程筆記】if-else
If對表達(dá)式求值，如果表達(dá)式為真，則執(zhí)行If子句后面的代碼塊。否則，執(zhí)行else下的代碼塊。表達(dá)式必須是返回True或False。 簡單判斷 if-else的簡單作用 eli...
-
【Python生信編程筆記】集合
集合類似于列表，但有兩個明顯的區(qū)別:它的元素是無序的，且每個元素都是唯一的。集合最常見的用途是成員測試、重復(fù)刪除和數(shù)學(xué)運(yùn)算的應(yīng)用:交集、并集、差集和對稱差集。 一、創(chuàng)建集合 ...
-
【Python生信編程筆記】字典一、映射:通過名稱調(diào)用每個值 字典是一種特殊的數(shù)據(jù)類型，主要特征是它存儲任意索引的無序數(shù)據(jù)類型。 我們可以將一個字母的氨基酸代碼轉(zhuǎn)換成三個字母的代碼。每個元素由一對鍵：值組成...
-
【Python生信編程筆記】五、元祖
元組是有序?qū)ο蟮募希哂幸坏﹦?chuàng)建就不能修改的特性，元祖里面的元素用小括號括起來。 定義一個元祖 當(dāng)元組只有一個元素時，應(yīng)該在末尾使用逗號: 不允許在元組中添加或刪除元素: ...
-
【Python生信編程筆記】四、數(shù)據(jù)類型（二）列表
列表是Python中最通用的對象類型之一，是對象的有序集合。它由方括號括起來并且里面的元素通過逗號分隔。 創(chuàng)建一個列表 一個列表也可以包含另一個列表 創(chuàng)建空列表 空列表沒有任...
-
單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)：文獻(xiàn)復(fù)現(xiàn)（四）中anno_cell.csv文件
前段時間由于做了幾篇文章的數(shù)據(jù)挖掘工作，然后加上要畢業(yè)了事情太多，這期間很多朋友在問前面的單細(xì)胞文章復(fù)現(xiàn)中的anno_cell.csv文件，現(xiàn)在我把這個文件放到一個網(wǎng)盤中，有...
-
WGCNA分析 | 全流程分析代碼 | 代碼一注意：今天的教程比較長，請規(guī)劃好你的時間。本文是付費(fèi)內(nèi)容，在本文文末有本教程的全部的代碼和示例數(shù)據(jù)。 輸出結(jié)果 分析代碼 關(guān)于WGCNA分析，如果你的數(shù)據(jù)量較大，建議使用服務(wù)...