普通的家用顯卡行不行？目前有4060ti
GPU加速二代測(cè)序比對(duì)（Deepvariant + GLnexus）使用原有的BWA+GATK進(jìn)行SNP calling存在嚴(yán)重的時(shí)長(zhǎng)慢問(wèn)題；無(wú)論是比對(duì)，還是gvcf calling，還是joint calling 都是嚴(yán)重的限速步驟。 可以...
發(fā)簡(jiǎn)信
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@xizzy 您好，感謝您的回答。我的研究目的是做普通轉(zhuǎn)錄組的上游分析，將人源的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)從fastq格式原始數(shù)據(jù)處理到獲得表達(dá)矩陣，應(yīng)該較為適合使用parabricks。通過(guò)文章看到您的A30顯卡顯存為24 GB，分析人源轉(zhuǎn)錄組會(huì)不會(huì)出現(xiàn)顯存不夠的情況？我計(jì)劃購(gòu)買4060ti 16GB版用于數(shù)據(jù)處理，可以忍受速度慢一點(diǎn)，不知是否會(huì)因?yàn)轱@存不夠而根本無(wú)法進(jìn)行數(shù)據(jù)處理，您有什么建議么？??????
GATK太慢？利用GPU加速讓W(xué)GS/WES分析按分鐘交付
目前，隨著測(cè)序成本的降低，越來(lái)越多的WGS/WES項(xiàng)目開始普及，也更多的課題組擁有自己的服務(wù)器，但是大數(shù)據(jù)帶來(lái)的計(jì)算緩慢問(wèn)題也越發(fā)凸顯。這里和大家分享基于英偉達(dá)GPU的 Cl...
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愿同你一起分享在生信分析和精品咖啡上的點(diǎn)滴！
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想問(wèn)一下 Clara Parabricks需要付費(fèi)么？
GATK太慢？利用GPU加速讓W(xué)GS/WES分析按分鐘交付
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最近不常登陸簡(jiǎn)書，若評(píng)論問(wèn)題沒有及時(shí)回復(fù)，可以發(fā)郵件交流 bioinfortime@163.com
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轉(zhuǎn)錄組入門（5）： 序列比對(duì)歡迎來(lái)GitHub上fork，一起進(jìn)步： https://github.com/xuzhougeng 比對(duì)軟件很多，首先大家去收集一下，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T，請(qǐng)統(tǒng)一用hisa...
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分子模擬和基因組學(xué)大雜燴，我們是生物信息愛好者，開源，共享盡在生信雜談~ 請(qǐng)關(guān)注微信公眾號(hào)生信雜談（xiaoddrz）獲取更多原創(chuàng)精彩內(nèi)容！<br>若您只是做基因的可以通過(guò)右側(cè)文集篩選文章
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R語(yǔ)言批量爬取NCBI基因注釋數(shù)據(jù)網(wǎng)絡(luò)爬蟲（web crawler），也叫網(wǎng)絡(luò)蜘蛛（spider），是一種用來(lái)自動(dòng)瀏覽萬(wàn)維網(wǎng)的網(wǎng)絡(luò)機(jī)器人。其目的一般為編纂網(wǎng)絡(luò)索引。各大搜索引擎都可以被看做爬蟲，根據(jù)爬取的內(nèi)容...
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分享必備技能，學(xué)習(xí)路線，資料，科研八卦
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這個(gè)專題紀(jì)錄我在學(xué)習(xí)生物信息學(xué)的過(guò)程中的一些收獲
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個(gè)人學(xué)習(xí)生信的一點(diǎn)心得 歡迎討論指摘
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生物信息學(xué)
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生物信息學(xué)軟件，perl、python、R、shell腳本交流分享
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生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號(hào)：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客，需要你的參與。 ……………………………… 歡迎在簡(jiǎn)書創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者、愛好者以及相關(guān)編程人員加入本專題，貢獻(xiàn)你的文字，無(wú)論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你，將本專題打造為生信知識(shí)寶庫(kù)、交流平臺(tái)。 內(nèi)容可以是對(duì)生物信息學(xué)與算法知識(shí)相關(guān)資源的收集、整理，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計(jì) * 計(jì)算生物學(xué) * 各類算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)
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歡迎關(guān)注公眾號(hào)簡(jiǎn)寶玉( 公眾號(hào)ID : jianshu4321 )后臺(tái)回復(fù)“指南”獲取玩轉(zhuǎn)簡(jiǎn)書絕密珍貴資料匯總；有問(wèn)題，找寶玉。簡(jiǎn)寶玉同志會(huì)專程為你答疑解惑關(guān)于簡(jiǎn)書的一切。 有思想、有深度、有分享、有見解的熱點(diǎn)交流平臺(tái)，在這里你能尋找到全球最快最新最熱的熱點(diǎn)文章，在這里，放飛你的激情，透過(guò)心靈，尋找另一個(gè)自己。 專題主編：零露_清揚(yáng)婉兮 http://www.itdecent.cn/u/e22026e54f34 投稿須知：http://www.itdecent.cn/p/675e55af0bf1
