寫在前面 small RNA測序之后，會得到很多不同類型的小RNA數(shù)據(jù)，其中包括我們常常并不感興趣的RNA類型，比如rRNA區(qū)間產(chǎn)生的小RNA。有必要準(zhǔn)備一個(gè)數(shù)據(jù)庫，用于過濾...
發(fā)簡信
IP屬地：湖南
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制備用于smallRNA分析的RNA過濾庫
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WGCNA（6）：篩選 hub gene通過前期的分析，我們確定了感興趣的module，但是module中又含有幾十甚至上百的基因，下一步需要進(jìn)一步篩選hub gene。 WGCNA（3）：基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識別重...
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2022.12.24文獻(xiàn)分享｜早期分化的輪藻基因組揭示植物陸地化過程本次分享的文獻(xiàn)是發(fā)表在Nature plant上的一篇文獻(xiàn)，題目是 "Genomes of early-diverging streptophyte algae shed l...
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請問TSS region可以設(shè)置-2000 0嗎？
chipseeker包的一些參數(shù)上的理解
關(guān)于tssRegion參數(shù)： 理解：1、TSS是： 轉(zhuǎn)錄時(shí)，mRNA鏈第一個(gè)核苷酸相對應(yīng)DNA鏈上的堿基它的上游是promoter它的下游就是相應(yīng)的基因 2、做注釋的時(shí)候，需...
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測序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對應(yīng)關(guān)系，以及基因與G...
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每天持續(xù)更新，感謝你的的關(guān)注和點(diǎn)贊分享Python、數(shù)據(jù)分析、可視化、Excel、爬蟲。<br>本人B站視頻號：Python與數(shù)據(jù)分析_青青<br><br><br>關(guān)注我 <br> ↓
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Orthofinder 2.3Homolog是同源基因。 Orthologs,Orthologues 直系同源，是指不同物種之間的基因，起源于共同的祖先，基因功能可能一樣，但又因?yàn)檫M(jìn)化的關(guān)系，使得功能有...
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系統(tǒng)發(fā)育（Phylogeny）簡介重建系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系=分子數(shù)據(jù)建樹？ 一提到phylogeny，我們的第一反應(yīng)就是分子數(shù)據(jù)建樹。這種理解是片面的，但也反映了一些它的分類學(xué)的區(qū)別： 首先，分類學(xué)在根據(jù)charac...
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中科院遺傳發(fā)育所在讀博士，研究水稻。關(guān)注植物免疫和群體遺傳進(jìn)化，經(jīng)常摸魚學(xué)生信。同名CSDN分享代碼，歡迎圍觀~
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個(gè)人向ggplot2箱線圖總結(jié)主要從如何看圖、用圖與作圖三個(gè)方面來對箱線圖進(jìn)行理解和總結(jié)。 1、看圖 如圖所示，箱線圖是將一組數(shù)據(jù)按照大小順序排列后進(jìn)行繪制的，包含6個(gè)數(shù)據(jù)節(jié)點(diǎn)，分別表示出數(shù)據(jù)的上邊緣、上...
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