主成分分析（Principal component analysis，PCA）是將多個(gè)存在相關(guān)關(guān)系的變量，降維為幾個(gè)互不相關(guān)的指標(biāo)，也就是主成分。我的數(shù)據(jù)相對(duì)來說，有點(diǎn)復(fù)雜，...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
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3.表型數(shù)據(jù)：主成分分析 -
全基因組選擇的模型匯總（轉(zhuǎn)載）本文轉(zhuǎn)載自：Bionifarmer[https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/14375487.html]。個(gè)人感覺非常好。如有侵權(quán)，請(qǐng)聯(lián)系我。...
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3 - BLUP的基本特性及求解方法回顧上一次的一個(gè)OLS, GLS，SI, MME的發(fā)展示意圖： MME是Henderson將混合模型的轉(zhuǎn)換得到 1 MME的起源 Henderson提出，其想法是結(jié)合OLS與...
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使用 docker 搭建 linux blast 環(huán)境，進(jìn)行本地 blast 分析
啟動(dòng) docker（啟動(dòng)前肯定是先進(jìn)行 docker 安裝和 liunux 環(huán)境的下載，如需本步，下次進(jìn)行介紹） 創(chuàng)建鏡像并創(chuàng)建新用戶 安裝必要基礎(chǔ)軟件 安裝 blast 并...
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用文字，紀(jì)錄人生的暖，釋懷歲月的涼，品味世間的醇。<br>風(fēng)雨不懼，心懷熱愛！
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有錢不置半年閑
從前，有個(gè)頭腦靈活的財(cái)主，將自己的財(cái)產(chǎn)托付給三位信得過的仆人保管和運(yùn)用。 他把財(cái)產(chǎn)分成8份，給了第一位仆人5份，第二位仆人2份，第三位仆人1份。 財(cái)主告訴這三位仆卜，要好好珍...
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從 0 到 1
可以說這是一本創(chuàng)業(yè)指導(dǎo)書，提供了創(chuàng)業(yè)前需要思考的幾個(gè)問題： 具體細(xì)節(jié)： 1. 未來的挑戰(zhàn) 2. 像 1999 年那樣狂歡-4 點(diǎn)經(jīng)驗(yàn) 3. 所有成功的企業(yè)都是不同的 4. 競(jìng)...
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linux添加中文字體linux系統(tǒng)中默認(rèn)沒有中文字體，進(jìn)行網(wǎng)頁(yè)設(shè)計(jì)或者報(bào)告設(shè)計(jì)時(shí)需要對(duì)字體進(jìn)行設(shè)置，這時(shí)很多時(shí)候需要添加中文字體 首先，可以使用fc-list查看現(xiàn)在的字體image.png 如...
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perl 安裝包工具cpanm及l(fā)ib路徑設(shè)置
使用cpanm進(jìn)行安裝cpanm本身是個(gè)文件，地址：https://raw.githubusercontent.com/miyagawa/cpanminus/master/c...
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RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體，又如R包c(diǎn)hromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在線工具Idiographica，雖然能繪制直的...
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使用RIdeogram繪制染色體圖譜參考文章：http://www.itdecent.cn/p/07ae1fe18071需求描述：我想繪制差異表達(dá)基因在染色體上的分布，或開放染色質(zhì)在染色體上的分布或CTCF在...
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karyoploteR: 畫一個(gè)測(cè)序深度分布圖??測(cè)序深度的分布圖是很常見的一類圖，可用于發(fā)現(xiàn)染色體片段或整條染色體的缺失或是重復(fù)。如果是缺失，測(cè)序時(shí)捕獲的概率就小，最終比對(duì)呈現(xiàn)出來的就是有一段區(qū)域深度明顯偏低；如果是重...
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SNP在染色體上的密度分布圖有兩種方法，先看比較簡(jiǎn)單的一種： 結(jié)果： 第二種方法就比較復(fù)雜了，需要準(zhǔn)備兩個(gè)文件：一個(gè)是包含染色體長(zhǎng)度的文件chr_length.txt，格式如下： 一個(gè)是包含各個(gè)基...
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把基因畫在染色體上之前有一次，我導(dǎo)說“能不能把這些基因按順序畫在果蠅的染色體上”，因此，我尋找了一些實(shí)現(xiàn)這個(gè)需求的方法。經(jīng)過一番奇奇怪怪的操作之后，最終用ggplot2畫了。。。其它方法簡(jiǎn)單地...
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linux創(chuàng)建賬戶
創(chuàng)建組 創(chuàng)建用戶 -u 1006 指定id 適用于已經(jīng)創(chuàng)建過用戶,再是系統(tǒng)重裝等原因造成的需要重新創(chuàng)建賬號(hào),保持與原始的記錄一致 -d 指定目錄結(jié)構(gòu) -g 指定歸屬組 最后設(shè)...
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linux間免密登錄
生成公鑰 ssh-keygen -t rsa 不改名字 生成 注意:.ssh目錄的權(quán)限必須是700.ssh/authorized_keys文件權(quán)限必須是600上述操作必須在兩...
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Genome-wide association mapping reveals a rich genetic architecture of complex traits in Oryza sativa
11年的NC 的文章群體進(jìn)化-GWAS分析
群體進(jìn)化-gwas分析 群體進(jìn)化基礎(chǔ)分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法，是一種使用最廣泛的數(shù)據(jù)...
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你好，咱這個(gè)劃 bin 的代碼有文獻(xiàn)可引用或者基于那篇文章來的呢？
binmap-123
原網(wǎng)址：1）http://www.jintiankansha.me/t/etiz287dU8 2）http://www.jintiankansha.me/t/i81Con4f...
個(gè)人介紹
畢業(yè)于山東大學(xué)，具有6年生物信息分析工作經(jīng)驗(yàn)，一直從事動(dòng)植物及人的重測(cè)序方向。擅長(zhǎng)群體重測(cè)序及GWAS分析；進(jìn)行過NIPT，CNV，腫瘤ctDNA，遺傳腫瘤等人類健康方向相關(guān)的分析；使用linux，perl，R，git等