問題：使用VScode中通過“終端”->“新建終端”后手動(dòng)啟動(dòng)的radian中，繪圖結(jié)果無法顯示，View()函數(shù)報(bào)錯(cuò)，不能彈出數(shù)據(jù)框，且左側(cè)的workspace為空。如下圖...
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VScode中R不能顯示圖片，View函數(shù)報(bào)錯(cuò)，R的workspace為空的解決 -
揭開{ggplot2}中stat_圖層的神秘面紗分析一個(gè)ggplot2數(shù)據(jù)可視化的案例，各位觀眾老爺請細(xì)細(xì)品味；喜歡的小伙伴可以關(guān)注我的公眾號R語言數(shù)據(jù)分析指南，在此先行拜謝了！！原文鏈接：https://mp.weixi...
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ggpubr、nloptr包安裝失敗的解決方案——升級cmake至3版本
問題 在服務(wù)器的R中安裝ggpubr包失敗，查看報(bào)錯(cuò)日志發(fā)現(xiàn)，依賴的nloptr包安裝失敗。但單獨(dú)安裝nloptr仍然失敗。 解決過程 1. 在服務(wù)器上安裝nlopt（注意不...
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WH780——175 讀魏書生老師《好父母，好家教》有感（七）
WH780——175 2022年6月8日 星期三 晴 讀魏書生老師《好父母，好家教》有感（七） 1、摘錄P18： 因?yàn)橐蠛⒆有⒕锤改福环矫媸菫榱烁改?，更?..
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WH780——165 讀魏書生老師《好父母，好家教》有感（二）
WH780——165 2022年5月30日 星期日 晴有雨 讀魏書生老師《好父母，好家教》有感（二） 1、摘抄第1章第1面： 寬容中成長的孩子學(xué)會(huì)忍讓，鼓勵(lì)...
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BWA和Bowtie2默認(rèn)參數(shù)比對結(jié)果一直認(rèn)為bwa和bowtie2比對差異比較大，比對一組數(shù)據(jù)時(shí)均使用默認(rèn)參數(shù)如下BWA Bowtie2 看下bowtie2的比對結(jié)果 比對率為15.2%~52.4%，除去未比對...
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討厭又迷人的reads去重復(fù)在NGS分析入門階段，我們不需要考慮太多的細(xì)節(jié)，只用知道一個(gè)分析的大致流程并完整跑下來即可。太多的細(xì)節(jié)，只會(huì)讓我們對于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼，因此一些“無關(guān)緊要“細(xì)節(jié)就被我們刻...
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測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控：你需要Trimmomatic！原文鏈接： 測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控：你需要Trimmomatic！ 通過前兩期文章二代測序原理詳細(xì)解析和測序數(shù)據(jù)質(zhì)量解析的介紹，我們可以推出二代測序數(shù)據(jù)的特點(diǎn)：大量的短序列（150-...
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NGS 數(shù)據(jù)過濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過濾對后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是...
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環(huán)狀DNA的復(fù)制環(huán)狀DNA有兩種復(fù)制方式，一種是從復(fù)制起點(diǎn)開始雙向復(fù)制，生成兩個(gè)DNA雙鏈，然后分開，符合半保留復(fù)制的機(jī)制，細(xì)菌的基因組就是采用這種復(fù)制方式。另一種是滾環(huán)狀復(fù)制，以雙鏈DNA...
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基于short reads的結(jié)構(gòu)變異鑒定工具的綜合評價(jià)本文的部分內(nèi)容來源于“Comprehensive evaluation and characterisation of short read general-purpose ...
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菜雞
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比對及變異檢測工具的選擇，基因組變異
1.序列比對 2.DNA-seq&RNA-seq 3.幾款比對工具的比較 4.基因組變異 5.變異檢測工具的選擇 6.參考 序列比對 目前的生物信息分析流程離不開序列比對，基...
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SGE作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)的簡單理解
Sun網(wǎng)格引擎（Sun Grid, SGE）是一種來自于 SUN Microsystem的分布式資源管理和調(diào)度系統(tǒng)，它用來在基于UNIX的計(jì)算環(huán)境中優(yōu)化軟件和硬件資源的使用。...
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人類基因組的Phasing原理是什么？什么是Phasing？ Phasing，或者說Genotype Phasing，它的中文名有很多：基因定相、基因分型、單倍體分型、單倍體構(gòu)建等在不同的語境下都有人說過。但不管...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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@九只獬豸羊 早期的測序讀長較短，對插入片段測不通。但這種reads也有用處，例如GBS簡化基因組測序，很多插入片段都超過300bp，所以在PE300平臺上測不通。但是GBS已經(jīng)有很多應(yīng)用了，為了節(jié)省測序成本，大基因組或無參物種都能用GBS。
雙端測序中read1和read2的關(guān)系
??在跟著健明老師學(xué)習(xí)生物信息學(xué)的過程中，少走了很多彎路，躲過了很多坑，在指導(dǎo)下淺嘗過一些。但是自己常?？墼?，又雙叒叕落坑，百思不得其解。以下是之前遇到的問題，今天整理帶大...
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斯坦福極簡經(jīng)濟(jì)學(xué)-微觀篇
斯坦福最受歡迎的經(jīng)濟(jì)學(xué)教授，用36個(gè)經(jīng)濟(jì)法則關(guān)鍵詞，從微觀和宏觀兩個(gè)層面介紹了經(jīng)濟(jì)學(xué)的一些基本原理，我剛讀完微觀經(jīng)濟(jì)學(xué)部分，覺得很有收獲，一些概念和理論很有趣，開闊了思維，寫...
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謝謝樓主，有個(gè)問題，legend_labels不是圖例的標(biāo)題吧，是vector of labels for the legend_breaks，也就是斷點(diǎn)的標(biāo)簽。標(biāo)題的英文是title。pheatmap好像沒有直接參數(shù)給圖例加標(biāo)題。
使用R語言繪制熱圖：R包pheatmap的全參數(shù)詳細(xì)介紹
pheatmap參數(shù)： 網(wǎng)上有針對熱圖繪制的粗略講解，但是都是參數(shù)不完整，可能不能滿足所有人需求，于是手動(dòng)整理了熱圖的全參數(shù)介紹。 mat 數(shù)組矩陣（要繪制熱圖的數(shù)據(jù)源，保證...
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【整理·非原創(chuàng)】理解矩陣
本文整理自 孟巖《理解矩陣》，除了添加了少部分個(gè)人理解的文字以及對文章邏輯結(jié)構(gòu)的整理外，文章主體基本與原文一致 本文同步發(fā)表于 Github 和 Github Homepge...
