****pySCENIC全部往期精彩系列:1、[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid=2247485979...
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敏感性與特異性敏感性和特異性雖然與查準(zhǔn)率和查全率相似,但并不相同。其定義如下:在癌癥示例中,敏感性和特異性指: 敏感性:在患有癌癥的所有人中,診斷正確的人有多少? 特異性:在...
簡(jiǎn)寫 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千個(gè)堿基的轉(zhuǎn)錄每百萬(wàn)映射讀取的rea...
假設(shè)我們有一些來(lái)自微陣列實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù) 如果你不熟悉微陣列,這里有解釋: 微陣列測(cè)量樣本中基因的活性。 他們通過(guò)測(cè)量不同顏色的光的強(qiáng)度來(lái)做到這一點(diǎn)。 如果你在一個(gè)實(shí)驗(yàn)中有一個(gè)更好...
安裝加載相應(yīng)的包 If you don't have velocyto's example mouse bone marrow dataset, download with ...
測(cè)序上游分析系列: mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣:上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline:從raw r...
簡(jiǎn)介:風(fēng)險(xiǎn)因子關(guān)聯(lián)圖常見(jiàn)于cox風(fēng)險(xiǎn)比例模型,常見(jiàn)于下圖這種三圖聯(lián)合的展示形式,展示的是由cox風(fēng)險(xiǎn)模型區(qū)分出的高風(fēng)險(xiǎn)和低風(fēng)險(xiǎn)人群在人群比例、生存時(shí)間(生/死)和關(guān)注的基因表...
前言——主要內(nèi)容 這篇筆記是StatQuest系列筆記的第63節(jié),這篇筆記跳過(guò)59節(jié),60節(jié),61節(jié)主要是因?yàn)榈?3節(jié)的內(nèi)容是講RPKM,F(xiàn)PKM和TPM這幾個(gè)概念的區(qū)別,在...
軌跡分析系列: 單細(xì)胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2:mono...
今天我們來(lái)分享10X單細(xì)胞和TCR聯(lián)合分析的代碼部分,之前的基礎(chǔ)知識(shí),大家要掌握,代碼已經(jīng)是最后一步了。當(dāng)然,前面自己進(jìn)行安裝,示例數(shù)據(jù)在https://www.dropbo...
Seurat官網(wǎng):https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
無(wú)論是單細(xì)胞、空間組還是ATAC的數(shù)據(jù),有時(shí)由于下游分析的需求或可視化的需求,同時(shí)由于python的運(yùn)算速度的優(yōu)勢(shì),目前越來(lái)越多單細(xì)胞分析的工具開(kāi)始在python環(huán)境下開(kāi)發(fā)(...
hello,大家好,隨著我們分析的深入,單細(xì)胞TCR和BCR的分析也要大量進(jìn)入我們的視野了,之前也分享了一些有關(guān)TCR的文章,以后我們慢慢豐富這塊的內(nèi)容。關(guān)于TCR(BCR)...
好了,我們今天要繼續(xù)這個(gè)專題的分享,內(nèi)容很多,好好深入學(xué)習(xí)的話,估計(jì)需要一輩子??。 第一點(diǎn),TCR(BCR的聚類方式)Clustering by V-gene, J-gene...
導(dǎo)讀 在腫瘤相關(guān)研究中,一張精美的生存分析圖,已經(jīng)成了腫瘤研究高分文章的標(biāo)配。好的臨床預(yù)后效果,往往在一定程度上決定了文章發(fā)表的層次。然而對(duì)剛剛拿到一個(gè)新基因的新手來(lái)說(shuō),生存...
單細(xì)胞繪圖系列: Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
0.輸入文件和R包 文件有兩個(gè),一個(gè)是差異分析結(jié)果;一個(gè)是msigdb數(shù)據(jù)庫(kù)下載的gmt文件。 gsea要求的輸入數(shù)據(jù)格式是排序后的logFC值,數(shù)據(jù)類型為向量,向量名字是e...
hello,周四了,這是第399篇文章,不知不覺(jué)中,已經(jīng)寫了很多了,但是前進(jìn)的腳步是不能停止的,感覺(jué)自己要進(jìn)入下一個(gè)階段了,因?yàn)椴荒軆H僅局限于分享別人的內(nèi)容,要提升自己,就需...
今天我們來(lái)學(xué)習(xí)一個(gè)簡(jiǎn)單的數(shù)學(xué)內(nèi)容,NMF NMF算法簡(jiǎn)介 NMF是什么? 非負(fù)矩陣分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)本質(zhì)上說(shuō)...
enrichplot包實(shí)現(xiàn)了幾種可視化方法來(lái)幫助解釋富集結(jié)果。它支持從DOSE (Yu et al. 2015)、clusterProfiler (Yu et al. 201...