1. 什么是BLAST? BLAST的全稱是Basic Local Alignment Search Tool(基本的局部比對搜索工具),基于一種局部最優(yōu)的比對策略。 BLA...
本文轉(zhuǎn)載自http://blog.sina.com.cn/s/blog_5eb2fefb0101gny0.html 1.準備序列文件 準備fasta格式序列文件(fasta格...
----前不久拿到公司給的轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果,Gene ID是以ENMUST開頭,查了一下,ENST為EMBL 核酸數(shù)據(jù)庫中人類的轉(zhuǎn)錄本ID,ENMUST為鼠的轉(zhuǎn)錄本ID。一般我...
歡迎來到"bio生物信息"的世界 有很多的工具可以預測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),比如我之前寫過的三篇文章: 1)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)模型和功能預測:Swiss-model工具的使用:https://...
SMART 簡介----蛋白序列功能域分析 simple modular architecture research tool Smart官網(wǎng):http://smart.em...
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預測,只要有目的基因的氨基酸序列就可以做,不限物種,沒有太多要求,可為文章增色。windows版本的VMD軟件可在公眾號生信星球回復“VMD”獲得,且附帶軟件中...
[序列比對和序列特征分析總目錄](http://www.itdecent.cn/p/878f2b2495ae 蛋白質(zhì)是生命功能的執(zhí)行者,一切生命活動都與蛋白質(zhì)有關(guān)。我們知道...
生物數(shù)據(jù)庫 基本序列格式 1.FASTA格式:首行為描述行,以>為起始,其后為描述信息;第二行即為原始序列。2.FASTQ格式:FASTQ格式包括四部分信息:第一行為包含序列...
預測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)PyMOL 蛋白質(zhì)是生命活動的體現(xiàn)者,其結(jié)構(gòu)決定著功能。由線性氨基酸組成的蛋白質(zhì)需要折疊成特定的空間結(jié)構(gòu)才具有相應的生理活性和生物學功能。 解析蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)...
這幾天忙著寫一個前列腺癌蛋白標記相關(guān)的小報告,惡補前列腺癌相關(guān)的知識和這個蛋白特性,學找分析這個蛋白質(zhì)的特性(包括分子量、等電點、氨基酸組成、跨膜域、信號肽、疏水性和結(jié)構(gòu)功能...
核酸數(shù)據(jù)庫 NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]NCBI (National Center for Biotechnolo...
系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建 現(xiàn)有的方法 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建方法的優(yōu)劣 link 選擇:一般情況下,若有合適的分子進化模型可供選擇,用最大似然法構(gòu)樹獲得的結(jié)果較好;對于近緣物種序列,通常情況...