方法一 ID轉(zhuǎn)換，ENTREZID是進(jìn)行GO分析最好的ID類型（針對clusterProfiler）ID轉(zhuǎn)換用到的是bitr()函數(shù)，但我的SYMBOL 轉(zhuǎn) ENTREZID...
IP屬地：江蘇
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多種方法實(shí)現(xiàn)基因ID SYMBOL 與 ENTREZID轉(zhuǎn)換 -
結(jié)合Seurat批量去除環(huán)境RNA污染（SoupX）2022-05-19相似關(guān)鍵詞 背景RNA，環(huán)境RNA，RNA污染，游離RNAbackground mRNAs, ambient RNA, RNA contamination, cell fr...
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使用scVelo進(jìn)行RNA velocity分析-01scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析之十（RCTD）hello,上一篇文章中，10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之空間注釋（解卷積，STdeconvolve）[http://www.itdecent.cn/p/d213c53ef003...
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CIBERSORT：反卷積推測bulk中的細(xì)胞類型五一學(xué)了一個新的分析方法-CIBERSORT，這個包其實(shí)很早就想學(xué)的，因?yàn)楝F(xiàn)在一般的單細(xì)胞文章的套路，很難不用到它，那么它能干什么呢？它能夠推測出bulk RNA每一個樣本中...
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KOBAS網(wǎng)站，登錄不進(jìn)去啦~??
GO、KEGG富集分析——DAVID與KOBAS在線分析工具
在進(jìn)行差異基因表達(dá)分析時，得到顯著差異基因后，接下來就需要分析這些基因參與了哪些功能，常見的就是GO功能注釋和KEGG通路富集分析，今天為大家介紹在線分析工具的使用——DAV...
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組間差異檢驗(yàn)，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗(yàn)？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗(yàn)，應(yīng)用統(tǒng)計學(xué)上的假設(shè)檢驗(yàn)方法，檢驗(yàn)組間是否有差異及其差異程度。坦率地講，所有的差異檢驗(yàn)都基于一個假設(shè)：組間沒有差異，變量之...
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R-SCENIC 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析文章接受，終于有空再發(fā)點(diǎn)筆記了?? SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...
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TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)數(shù)據(jù)庫分析腫瘤組織中免疫細(xì)胞的浸潤情況TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)數(shù)據(jù)庫也是用高通量測序(RNA-Seq表達(dá)譜)數(shù)據(jù)分析腫瘤組織中免疫細(xì)胞的浸潤情況，主要提供B...
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在linux中對gencode的gtf注釋文件grch38.gtf.gz進(jìn)行以下操作就可以得到含有ensembl_id和symbol 相對應(yīng)的文件了，
之后可以參照樓主的步驟進(jìn)行id轉(zhuǎn)化，即可完美進(jìn)行ensembl_id轉(zhuǎn)化為symbol~~~
zcat grch38.gtf.gz >38.txt
awk -F 'gene_id \"' '{print $2}' 38.txt|awk -F '\"' '{print $1}' >gene_id.txt
awk -F 'gene_name \"' '{print $2}' 38.txt|awk -F '\"' '{print $1}' >gene_name.txt
paste gene_id.txt gene_name.txt >e2s_grch38.txt
uniq e2s_grch38.txt >e2s_grch38_gencode.txt -
RNA-seq完整分析過程linux基本命令 第六章 Linux文件與目錄管理 極客學(xué)院服務(wù)器 高通量相關(guān)基礎(chǔ)知識 生信一百講 1、 Anaconda Anaconda是一個Python下和Canop...
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@pudding815 建議先學(xué)習(xí)下Seurat的標(biāo)準(zhǔn)處理流程吧
適用于scRNA-seq的細(xì)胞通訊工具-1：CellphoneDB
先記錄一下，我安裝過程的慘痛經(jīng)歷??，希望小伙伴們避免像我一樣入坑。起初每一次安裝，不論是使用conda還是pip工具，發(fā)現(xiàn)安裝好的CellphoneDB（4.0.0）在she...
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注釋好細(xì)胞后，提取count和metadata，再使用SingleCellExperiment函數(shù)構(gòu)建
適用于scRNA-seq的細(xì)胞通訊工具-1：CellphoneDB
先記錄一下，我安裝過程的慘痛經(jīng)歷??，希望小伙伴們避免像我一樣入坑。起初每一次安裝，不論是使用conda還是pip工具，發(fā)現(xiàn)安裝好的CellphoneDB（4.0.0）在she...
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@pudding815 OKOK，解決啦，感謝??
cellphoneDB嘔心瀝血下載安裝教程
我安裝了一天之后快哭了，然后去100塊買了個老師指導(dǎo)生信自學(xué)要么哭要么花錢，就是我這個垃圾1、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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博士生指南 | 讀博路上那些忠告，獻(xiàn)給你們！
我們讀過所有的書都不會白讀，它總會在未來的某個場合，幫我們表現(xiàn)得更出色。 一、學(xué)術(shù)篇 01 不要對自己的潛力做太大指望 一開始你會覺得你獲得諾獎級別成果，后來你想著能發(fā) Na...
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適用于scRNA-seq的細(xì)胞通訊工具-3：NicheNet
今天再學(xué)習(xí)一下第三個適用于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的細(xì)胞通訊工具:NicheNet，與其他常見細(xì)胞通訊分析軟件（CellphoneDB，cellchat等工具）相比而言，NicheN...
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適用于scRNA-seq的細(xì)胞通訊工具-2：CellChat現(xiàn)在開始學(xué)習(xí)第二個適用于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的細(xì)胞通訊工具:Cellchat,也是比較常用的。相較于CellphoneDB的數(shù)據(jù)庫(配體-受體+多聚體),CellChat在模擬細(xì)...
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適用于scRNA-seq的細(xì)胞通訊工具-1：CellphoneDB先記錄一下，我安裝過程的慘痛經(jīng)歷??，希望小伙伴們避免像我一樣入坑。起初每一次安裝，不論是使用conda還是pip工具，發(fā)現(xiàn)安裝好的CellphoneDB（4.0.0）在she...
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cellphoneDB嘔心瀝血下載安裝教程
我安裝了一天之后快哭了，然后去100塊買了個老師指導(dǎo)生信自學(xué)要么哭要么花錢，就是我這個垃圾1、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
ERROR: Failed building wheel for scikit-learn
Failed to build scikit-learn
ERROR: Could not build wheels for scikit-learn, which is required to install pyproject.toml-based projects
你好，博主，今天在安裝時，一直出現(xiàn)這個錯誤，查了下好像是版本不兼容問題，但是我安裝了多個版本依舊是這個問題。不知道，博主有沒有遇到過這個問題？????cellphoneDB嘔心瀝血下載安裝教程
我安裝了一天之后快哭了，然后去100塊買了個老師指導(dǎo)生信自學(xué)要么哭要么花錢，就是我這個垃圾1、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...