HDOCK是用來做蛋白和蛋白或分子之間對接的軟件，文章鏈接為：https://doi.org/10.1038/s41596-020-0312-x[https://doi.or...
發(fā)簡信
IP屬地：遼寧
-
盤點那些數(shù)據(jù)有問題的文章（持續(xù)更新）……
在科研工作中，總是要找各種文獻(xiàn)來參考學(xué)習(xí)，但是有些文章真的很離譜，看到這些文章，想用一下他們的數(shù)據(jù)，不知道是故意的，還是水平不夠，他們的數(shù)據(jù)永遠(yuǎn)是用不了的，真的很氣憤。這里我...
-
文獻(xiàn)分享21：利用深度學(xué)習(xí)基于Nanopore數(shù)據(jù)檢測DNA甲基化文獻(xiàn) 2021 NatureCommunications Genome-wide detection of cytosine methylations in plant fr...
-
eggNOGmapper注釋結(jié)果快速分析及kegg通路可視化代碼有更新，若要使用筆者的代碼進(jìn)行分析建議使用更新后的代碼[http://www.itdecent.cn/p/836c3979f8cb] eggNOGmapper注釋結(jié)果 ...
-
bedtools的一個報錯：Received illegal bin number xxxxx from getBin call
在Biostars上找到了原因——https://www.biostars.org/p/129072/ 原來是坐標(biāo)數(shù)值太大（也可以說是基因組size太大），超過了536,87...
-
GENIE3——一款預(yù)測基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的R包
在網(wǎng)上隨意瀏覽的時候，無意間發(fā)現(xiàn)另一種可以構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的軟件，叫做GENIE3。這是一個R包，直接在R里運(yùn)行。這款R包基于你的表達(dá)矩陣來推測基因之間的調(diào)控關(guān)系。 雖然共表達(dá)網(wǎng)...
-
小編你到底是做什么工作的??
R語言書籍免費(fèi)送！
??春節(jié)假期告一段，小編也已經(jīng)返工開始新的一年勞作，其實假期告罄應(yīng)該是上周的事情，但是由于小編偷了個懶沒有更貼。畢竟，在長輩的記憶里“過了元宵，這年才算真正的過完”，這樣美好...
-
寫的太好了，插科打諢，一掃報錯的陰霾
circRNA分析軟件CIRCexplorer2之初體驗
日常瞎掰 ??時間過得有點快啊，不知不覺躺平了這么多天，內(nèi)心還是有些好不情愿的內(nèi)疚。不過，話說回來，說到躺平讓我想起來了不知道是誰說的一段非常有意思的話，與大家一起分享：“現(xiàn)...
-
circRNA分析軟件CIRCexplorer2之初體驗日常瞎掰 ??時間過得有點快啊，不知不覺躺平了這么多天，內(nèi)心還是有些好不情愿的內(nèi)疚。不過，話說回來，說到躺平讓我想起來了不知道是誰說的一段非常有意思的話，與大家一起分享：“現(xiàn)...
-
一起玩轉(zhuǎn)HiC格式轉(zhuǎn)換日常瞎掰 ??五一放假了么？??放了！好像又沒放。無所謂了，反正已經(jīng)禁足快五十天了，都已經(jīng)失去知覺了！有一種“不知天上宮闕，今夕是何年”的朦朦朧朧的恍惚！??《那年那兔那些事...
-
基因家族鑒定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白本文章將介紹 ①類blast軟件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比較 ②blast、mmseqs、diamond、hmmer的使用 ③用四種軟件的實踐操...
-
TADCompare的安裝與使用
最近在比較樣本間TAD的差異，看到有個R包TADCompare可以做，學(xué)了一下，這個R包功能比較齊全，可以比較，還能直接出圖，很方便。接受很多格式的輸入。用法官網(wǎng)[https...
-
請問paml計算的kaks值和kakscalculator計算的有差別嗎
paml計算 KaKs值
此前介紹利用Kaks_calculator計算ka/ks 值，本次對paml 進(jìn)行計算kaks做一簡單介紹。 軟件安裝 PAML 可實現(xiàn)系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建，祖先序列估計,進(jìn)化模...
-
轉(zhuǎn)座子（TE,散在重復(fù)）特征及其對基因組影響基因組中重復(fù)序列大體分為兩類：串聯(lián)重復(fù)（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可預(yù)測）散在重復(fù)（Dispersed repeats），...
-
【三維基因組】淺談三維基因組多組學(xué)聯(lián)合-part1大家搜索三維基因多組學(xué)聯(lián)合分析的時候，會搜到 Hi-C，RNA-seq ,ChIP-seq,ATAC-seq,BS-seq,3C,4C，SV promoter，enhance...
-
