HDOCK是用來做蛋白和蛋白或分子之間對接的軟件,文章鏈接為:https://doi.org/10.1038/s41596-020-0312-x[https://doi.or...
在科研工作中,總是要找各種文獻(xiàn)來參考學(xué)習(xí),但是有些文章真的很離譜,看到這些文章,想用一下他們的數(shù)據(jù),不知道是故意的,還是水平不夠,他們的數(shù)據(jù)永遠(yuǎn)是用不了的,真的很氣憤。這里我...
文獻(xiàn) 2021 NatureCommunications Genome-wide detection of cytosine methylations in plant fr...
代碼有更新,若要使用筆者的代碼進(jìn)行分析建議使用更新后的代碼[http://www.itdecent.cn/p/836c3979f8cb] eggNOGmapper注釋結(jié)果 ...
在Biostars上找到了原因——https://www.biostars.org/p/129072/ 原來是坐標(biāo)數(shù)值太大(也可以說是基因組size太大),超過了536,87...
在網(wǎng)上隨意瀏覽的時候,無意間發(fā)現(xiàn)另一種可以構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的軟件,叫做GENIE3。這是一個R包,直接在R里運(yùn)行。這款R包基于你的表達(dá)矩陣來推測基因之間的調(diào)控關(guān)系。 雖然共表達(dá)網(wǎng)...
小編你到底是做什么工作的??
R語言書籍免費(fèi)送!??春節(jié)假期告一段,小編也已經(jīng)返工開始新的一年勞作,其實假期告罄應(yīng)該是上周的事情,但是由于小編偷了個懶沒有更貼。畢竟,在長輩的記憶里“過了元宵,這年才算真正的過完”,這樣美好...
寫的太好了,插科打諢,一掃報錯的陰霾
circRNA分析軟件CIRCexplorer2之初體驗日常瞎掰 ??時間過得有點快啊,不知不覺躺平了這么多天,內(nèi)心還是有些好不情愿的內(nèi)疚。不過,話說回來,說到躺平讓我想起來了不知道是誰說的一段非常有意思的話,與大家一起分享:“現(xiàn)...
日常瞎掰 ??時間過得有點快啊,不知不覺躺平了這么多天,內(nèi)心還是有些好不情愿的內(nèi)疚。不過,話說回來,說到躺平讓我想起來了不知道是誰說的一段非常有意思的話,與大家一起分享:“現(xiàn)...
日常瞎掰 ??五一放假了么???放了!好像又沒放。無所謂了,反正已經(jīng)禁足快五十天了,都已經(jīng)失去知覺了!有一種“不知天上宮闕,今夕是何年”的朦朦朧朧的恍惚!??《那年那兔那些事...
本文章將介紹 ①類blast軟件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比較 ②blast、mmseqs、diamond、hmmer的使用 ③用四種軟件的實踐操...
最近在比較樣本間TAD的差異,看到有個R包TADCompare可以做,學(xué)了一下,這個R包功能比較齊全,可以比較,還能直接出圖,很方便。接受很多格式的輸入。用法官網(wǎng)[https...
請問paml計算的kaks值和kakscalculator計算的有差別嗎
paml計算 KaKs值此前介紹利用Kaks_calculator計算ka/ks 值,本次對paml 進(jìn)行計算kaks做一簡單介紹。 軟件安裝 PAML 可實現(xiàn)系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建,祖先序列估計,進(jìn)化模...
基因組中重復(fù)序列大體分為兩類:串聯(lián)重復(fù)(Tandem repeats,Tandem Duplication) (TRF可預(yù)測)散在重復(fù)(Dispersed repeats),...
大家搜索三維基因多組學(xué)聯(lián)合分析的時候,會搜到 Hi-C,RNA-seq ,ChIP-seq,ATAC-seq,BS-seq,3C,4C,SV promoter,enhance...