@eedfcdf92db1 單個基因集啥意思?
【R>>ssGSEA】制作GSEA需要的gmt文件GSEA文件有8類基因集,基本上可以解決80%-90%用到的問題,當(dāng)然,我們都還有個性化需求,這個時候就需要我們自己動手啦。先來觀察下GSEA需要的gmt文件格式(h.all...
在ggplot2畫圖過程中,有時候需要去掉legend,這個時候怎么辦呢?這個情況需要在theme()中找legend.position函數(shù)來幫忙。當(dāng)設(shè)置legend.pos...
我們知道,用GSEA的java軟件分析的結(jié)果之后,默認(rèn)的圖是png,而且只有72 dpi,比如下面這樣的 其實顏值也還好,但是很模糊,這是很不方便用于發(fā)文章的,那么有沒有一些...
目前做GSEA主要有兩種辦法,一種是使用GSEA的java軟件,另一種是使用R語言包,當(dāng)時還有在線的工具做GSEA的數(shù)據(jù)也有兩種,一種是有基因表達矩陣和分組,另一種是使用兩列...
@DrZzzzz 沒
免疫01:預(yù)后模型+肺癌(7.36分)免疫分析一直是腫瘤研究的熱點,下面就來看一篇中規(guī)中矩的免疫基因加預(yù)后分析的文章。題目:Clinical significance and inflammatory lands...
無意中看到一篇關(guān)于IC/BPS的非腫瘤文章,還有臨床驗證,非常值得模仿。 Title: Bruton tyrosine kinase (BTK) may be a poten...
Low Expression Levels of SLC22A12 Indicates a Poor Prognosis and Progresses Clear Cell ...
1、標(biāo)準(zhǔn)流程里面的過濾三步驟,也可以用 SCTransform 代替 Seurat基本教程[Seurat%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%95%99%E7%A8%8...
本節(jié)概覽:1.在文章中找到 GEO accession number, 從NCBI獲取數(shù)據(jù)SRR號2.在linux中使用prefetch命令根據(jù)SRR號下載SRA文件3.使用...
主成分分析,不只需要找到幾個虛擬但不知具體為何物的主成分因子,還需要知道我們提供的變量在各個主成分因子上的載荷(有正有負(fù))和貢獻度,以及具體保留多少個主成分因子才能既盡量保留...
一直在路上,人生才會充滿無限可能。 先定個小目標(biāo),系統(tǒng)的學(xué)習(xí)完劉小澤老師的《單細胞交響樂1-31》[http://www.itdecent.cn/p/70b45492d29...