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@eedfcdf92db1 單個基因集啥意思？
【R>>ssGSEA】制作GSEA需要的gmt文件
GSEA文件有8類基因集，基本上可以解決80%-90%用到的問題，當(dāng)然，我們都還有個性化需求，這個時候就需要我們自己動手啦。先來觀察下GSEA需要的gmt文件格式(h.all...
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【R>>ggplot2】去掉legend在ggplot2畫圖過程中，有時候需要去掉legend，這個時候怎么辦呢？這個情況需要在theme()中找legend.position函數(shù)來幫忙。當(dāng)設(shè)置legend.pos...
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GSEA軟件的二次作圖我們知道，用GSEA的java軟件分析的結(jié)果之后，默認(rèn)的圖是png，而且只有72 dpi，比如下面這樣的 其實顏值也還好，但是很模糊，這是很不方便用于發(fā)文章的，那么有沒有一些...
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使用log2FC排序的基因集進行GSEA分析目前做GSEA主要有兩種辦法，一種是使用GSEA的java軟件，另一種是使用R語言包，當(dāng)時還有在線的工具做GSEA的數(shù)據(jù)也有兩種，一種是有基因表達矩陣和分組，另一種是使用兩列...
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@DrZzzzz 沒
免疫01：預(yù)后模型+肺癌（7.36分）
免疫分析一直是腫瘤研究的熱點，下面就來看一篇中規(guī)中矩的免疫基因加預(yù)后分析的文章。題目：Clinical significance and inflammatory lands...
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Q：非腫瘤>>IC/BPS間質(zhì)性膀胱炎？無意中看到一篇關(guān)于IC/BPS的非腫瘤文章，還有臨床驗證，非常值得模仿。 Title: Bruton tyrosine kinase (BTK) may be a poten...
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首次揭示 SLC22A12 可能是抑制 ccRCC 進展的診斷和預(yù)后生物標(biāo)志物Low Expression Levels of SLC22A12 Indicates a Poor Prognosis and Progresses Clear Cell ...
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Seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)1、標(biāo)準(zhǔn)流程里面的過濾三步驟，也可以用 SCTransform 代替 Seurat基本教程[Seurat%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%95%99%E7%A8%8...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（一）：上游數(shù)據(jù)下載、格式轉(zhuǎn)化和質(zhì)控清洗本節(jié)概覽：1.在文章中找到 GEO accession number, 從NCBI獲取數(shù)據(jù)SRR號2.在linux中使用prefetch命令根據(jù)SRR號下載SRA文件3.使用...
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R語言~高級PCA分析主成分分析，不只需要找到幾個虛擬但不知具體為何物的主成分因子，還需要知道我們提供的變量在各個主成分因子上的載荷（有正有負(fù)）和貢獻度，以及具體保留多少個主成分因子才能既盡量保留...
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【R>>scRNA】單細胞交響樂2-從實驗到下游分析workflow一直在路上，人生才會充滿無限可能。 先定個小目標(biāo)，系統(tǒng)的學(xué)習(xí)完劉小澤老師的《單細胞交響樂1-31》[http://www.itdecent.cn/p/70b45492d29...
