轉(zhuǎn)錄因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因組，與特定DNA序列結(jié)合 (TFBS/motif) ，調(diào)控DNA轉(zhuǎn)錄過(guò)程的一類蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄...
IP屬地：北京
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scRNA-Seq | SCENIC 推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞類型 -
SRA數(shù)據(jù)(2)------SRA數(shù)據(jù)處理
上次分享我們通過(guò)兩種方式下載得到了SRA數(shù)據(jù)，今天就開(kāi)始對(duì)SRA進(jìn)行處理（以SRR5489805為例）。SRA（Sequence ReadArchive）數(shù)據(jù)庫(kù)是用于存儲(chǔ)二代...
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MAC版: 保姆式SRA Toolkit下載原始數(shù)據(jù)
本期和大家分享科研菌在使用SRA Toolkit下載NCBI-SRA原始數(shù)據(jù)的一些Tips，時(shí)間寶貴，直接上干貨。 1.明確Project：SRP119720，打開(kāi)瀏覽器，輸...
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石蠟包埋組織DNA如何提取
BIOG操作步驟： 1. 請(qǐng)自行準(zhǔn)備：無(wú)水乙醇、生理鹽水、二甲苯及1.5mL離心管。 2. 取出析出液和洗滌液，按以下操作：a) 析出液：4.5mL加入25.5mL無(wú)水乙醇，...
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單細(xì)胞測(cè)序揭示成纖維細(xì)胞（fibroblast ）異質(zhì)性隨著單細(xì)胞數(shù)據(jù)的不斷積累和轉(zhuǎn)化，拿一個(gè)組織畫(huà)個(gè)圖譜的草莽時(shí)代已經(jīng)基本一去不復(fù)返了。往深了做的一個(gè)方面就是做某個(gè)細(xì)胞類型的圖譜。特別是對(duì)那些異質(zhì)性較高的細(xì)胞類型。 例如，我們熟...
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繪圖操作之ggstatsplot（高級(jí)繪圖，基礎(chǔ)知識(shí)）
最近年中總結(jié)，我們來(lái)分享一些繪圖的操作，基礎(chǔ)知識(shí)，多多學(xué)習(xí) 今天我們分享的是R包ggstatsplot，非常完美的一個(gè)繪圖R包，我們來(lái)看看這個(gè)包的繪圖能力。 1. R包的安裝...
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AUCell：計(jì)算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個(gè)細(xì)胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識(shí)別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞。AUCell使用曲線下面積來(lái)計(jì)算輸入基因集的一個(gè)關(guān)鍵子集是...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總
hello，大家好，今天周一，做一個(gè)簡(jiǎn)單的匯總，主要針對(duì)基因集打分，無(wú)論是單細(xì)胞還是空間，基因集打分都很普遍，方法也很多，我們來(lái)總結(jié)一下。 研究背景 在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中，整...
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GSEA和GSVA，再也不用去下載gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的書(shū)里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個(gè)叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R語(yǔ)言化了。那么以后想做G...
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免疫學(xué)碩士一枚～<br>生信熱愛(ài)者但是小白一枚~<br>目前成就為0~<br>加油哦，一大波成就正在路上啦~<br>啾~豬莎要加油哦~
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一個(gè)GSE有兩個(gè)GPL該怎么辦莎莎寫(xiě)于2020.5.7?今天上午10點(diǎn)鐘準(zhǔn)時(shí)就醒了，然后和室友磨嘰半天去實(shí)驗(yàn)室打掃衛(wèi)生，然后簽了字就偷偷溜了??然后回到中校區(qū)買了超級(jí)甜的哈密瓜??還有火龍果，沃柑，一共是30...
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單細(xì)胞之富集分析-4：分組水平GSVA單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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Bioinfo修煉中~<br>公眾號(hào) “生信OOP” ，歡迎關(guān)注！
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biomaRt: 用R愉快檢索BioMart數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)速慢的原因找到了 R 與 BioMart 數(shù)據(jù)庫(kù)的語(yǔ)言接口 (interface) Durinck S, Spellman P, Birney E, Huber W (20...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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醫(yī)學(xué)博士，新藥研發(fā)
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STEP6:WGCNA相關(guān)性分析因?yàn)闃颖緮?shù)量比較可觀，所以可以進(jìn)行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來(lái)做WGCNA分析，挑選的標(biāo)準(zhǔn)可以是top變異程度大的基因集合，或者顯著差異表達(dá)的基因集合等等。...
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msigdbr 包提供多個(gè)物種的MSigDB數(shù)據(jù)
富集分析是一種大家常用分析方法；msigdb數(shù)據(jù)庫(kù)中有定義好的基因集，但其中絕大多數(shù)數(shù)據(jù)都是人類的；老鼠和其它物種的基因集有的，但是比較少，無(wú)法滿足大眾的需求。msigdbr...
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用 vlookup 命令在excel中實(shí)現(xiàn)將長(zhǎng)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為寬數(shù)據(jù)近期接了一個(gè)小任務(wù)，對(duì)本單位學(xué)生的每學(xué)期的成績(jī)進(jìn)行重新估算。獲得的數(shù)據(jù)是長(zhǎng)數(shù)據(jù)，為了處理方便，需要將其轉(zhuǎn)化成寬數(shù)據(jù)。 在此之前，需要根據(jù)研究目的對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行清理。拿到的原始數(shù)據(jù)...
