轉(zhuǎn)錄因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因組,與特定DNA序列結(jié)合 (TFBS/motif) ,調(diào)控DNA轉(zhuǎn)錄過(guò)程的一類蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄...
轉(zhuǎn)錄因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因組,與特定DNA序列結(jié)合 (TFBS/motif) ,調(diào)控DNA轉(zhuǎn)錄過(guò)程的一類蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄...
上次分享我們通過(guò)兩種方式下載得到了SRA數(shù)據(jù),今天就開(kāi)始對(duì)SRA進(jìn)行處理(以SRR5489805為例)。SRA(Sequence ReadArchive)數(shù)據(jù)庫(kù)是用于存儲(chǔ)二代...
本期和大家分享科研菌在使用SRA Toolkit下載NCBI-SRA原始數(shù)據(jù)的一些Tips,時(shí)間寶貴,直接上干貨。 1.明確Project:SRP119720,打開(kāi)瀏覽器,輸...
BIOG操作步驟: 1. 請(qǐng)自行準(zhǔn)備:無(wú)水乙醇、生理鹽水、二甲苯及1.5mL離心管。 2. 取出析出液和洗滌液,按以下操作:a) 析出液:4.5mL加入25.5mL無(wú)水乙醇,...
隨著單細(xì)胞數(shù)據(jù)的不斷積累和轉(zhuǎn)化,拿一個(gè)組織畫(huà)個(gè)圖譜的草莽時(shí)代已經(jīng)基本一去不復(fù)返了。往深了做的一個(gè)方面就是做某個(gè)細(xì)胞類型的圖譜。特別是對(duì)那些異質(zhì)性較高的細(xì)胞類型。 例如,我們熟...
最近年中總結(jié),我們來(lái)分享一些繪圖的操作,基礎(chǔ)知識(shí),多多學(xué)習(xí) 今天我們分享的是R包ggstatsplot,非常完美的一個(gè)繪圖R包,我們來(lái)看看這個(gè)包的繪圖能力。 1. R包的安裝...
AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識(shí)別具有活性基因集(如gene signature,gene module)的細(xì)胞。AUCell使用曲線下面積來(lái)計(jì)算輸入基因集的一個(gè)關(guān)鍵子集是...
hello,大家好,今天周一,做一個(gè)簡(jiǎn)單的匯總,主要針對(duì)基因集打分,無(wú)論是單細(xì)胞還是空間,基因集打分都很普遍,方法也很多,我們來(lái)總結(jié)一下。 研究背景 在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中,整...
前言 我是在y蜀黍的書(shū)里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個(gè)叫msigdbr的包,就是把MsigDB的那些基因集合都R語(yǔ)言化了。那么以后想做G...
莎莎寫(xiě)于2020.5.7?今天上午10點(diǎn)鐘準(zhǔn)時(shí)就醒了,然后和室友磨嘰半天去實(shí)驗(yàn)室打掃衛(wèi)生,然后簽了字就偷偷溜了??然后回到中校區(qū)買了超級(jí)甜的哈密瓜??還有火龍果,沃柑,一共是30...
單細(xì)胞富集分析系列: 單細(xì)胞之富集分析-1:?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2:批量...
網(wǎng)速慢的原因找到了 R 與 BioMart 數(shù)據(jù)庫(kù)的語(yǔ)言接口 (interface) Durinck S, Spellman P, Birney E, Huber W (20...
1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后,矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣,如果不加設(shè)置,后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
因?yàn)闃颖緮?shù)量比較可觀,所以可以進(jìn)行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來(lái)做WGCNA分析,挑選的標(biāo)準(zhǔn)可以是top變異程度大的基因集合,或者顯著差異表達(dá)的基因集合等等。...
富集分析是一種大家常用分析方法;msigdb數(shù)據(jù)庫(kù)中有定義好的基因集,但其中絕大多數(shù)數(shù)據(jù)都是人類的;老鼠和其它物種的基因集有的,但是比較少,無(wú)法滿足大眾的需求。msigdbr...
近期接了一個(gè)小任務(wù),對(duì)本單位學(xué)生的每學(xué)期的成績(jī)進(jìn)行重新估算。獲得的數(shù)據(jù)是長(zhǎng)數(shù)據(jù),為了處理方便,需要將其轉(zhuǎn)化成寬數(shù)據(jù)。 在此之前,需要根據(jù)研究目的對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行清理。拿到的原始數(shù)據(jù)...