數(shù)據(jù)可視化是將數(shù)據(jù)直觀展示出來的一個必不可少的步驟。ggplot2是一個非常常見的繪圖R包，在文獻中，我們常常會看見用漂亮箱線圖來展示原始數(shù)據(jù)的分布。這里我們就用一個基因表達...
發(fā)簡信
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ggplot2：如何優(yōu)雅地繪制箱線圖 -
ANNOVAR結果說明-SNP/INDEL
一 結果文件說明 1 VCF (Variant Call Format)是儲存Variation結果的文件格式 該文件的#列為文件的詳細解讀信息 2 *.hg19_mul...
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「GATK 4」如何提高HaplotyperCaller的效率GATK的HaplotypeCaller 應該是目前最常用的變異檢測軟件，尤其是在人類基因組上。不過HaplotypeCaller的速度相對于其他軟件，例如bcftools,...
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ensembl_id轉換之兩種方法比較
一個基因在不同的數(shù)據(jù)庫有不同的名字：1.Entrez gene ID：我們一般說的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串數(shù)字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
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fasta/fastq序列長度分布統(tǒng)計首先得到每條序列的長度，在這里使用seqkit軟件。seqkit軟件是一個強大的序列處理工具，安裝方法參見官方網(wǎng)站.代碼如下： 結果如下所示： 將 Length.txt導入到...
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那令人困惑的比對工具選擇啊~
寫在前面的廢話 我可能不適合做科研，因為我總是對一些“沒有必要”的事斤斤計較~ 剛開始接觸二代測序時，是跟著Jimmy大神從RNA-seq開始入門的。那時候使用的比對工具是H...
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TCGA學習01：數(shù)據(jù)下載與整理TCGA學習01：數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡書 TCGA學習02：差異分析 - 簡書 TCGA學習03：生存分析 - 簡書 TCGA學習04：建模預測-cox回歸 - 簡書...
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求 bam文件單個位點堿基比例目的：給你一個bam 文件，如何查看一個位點的堿基情況，直接IGV 就ok,如果需要看多個點，就需要使用軟件了。(一般情況vcf DP4會告訴此位置ref base和非ref...
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