半路出家自學(xué)的生信,研一做過一年實(shí)驗(yàn),然后主要做數(shù)據(jù)分析。目前研究方向?yàn)楸碛^遺傳修飾。主要工作為分析轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)及相關(guān)二代高通量測序數(shù)據(jù)。學(xué)習(xí)新的東西是艱難的,但感覺是快樂的,加油,生信人!
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2022-03-26Cellphonedb 安裝記錄（Linux） 1.首先在conda base環(huán)境中安裝R:conda install R(mamba install R); 2.然后創(chuàng)建c...
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GEO數(shù)據(jù)分析中exprs提取表達(dá)矩陣，pData提取臨床信息
關(guān)于用getGEO下載數(shù)據(jù)后，會得到一個(gè)list，取出第一個(gè)列表中的元素后，再查看這第一個(gè)元素的數(shù)據(jù)類型后，發(fā)現(xiàn)他是一個(gè)對象（"ExpressionSet"），然后我們就會用...
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號<br><br>公眾號：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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那么使用dna_rm或dna_sm就無法比對到重復(fù)序列（repeat elements）是嗎？以前沒有注意過這個(gè)問題，都是在UCSC或GENECODE里面直接下載基因組文件去比對重復(fù)序列
橫看成嶺側(cè)成峰，基因組文件有啥不同？
劉小澤寫于19.12.28我又回來啦！在馬來西亞瘋狂放松一周，體驗(yàn)了當(dāng)?shù)氐娘L(fēng)土人情?；貋砝^續(xù)學(xué)習(xí)~感覺活力滿滿 這一篇的目的是：以果蠅為例，探索Ensembl數(shù)據(jù)庫關(guān)于物種基...
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單細(xì)胞分析軟件合集
下游分析軟件：https://github.com/ZilongZhang44/single-cell-downstream-analysis[https://github....
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Seurat的打分函數(shù)AddMouduleScore在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻(xiàn)的時(shí)候看到計(jì)算免疫細(xì)胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函數(shù)...
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單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)2: Seurat+SingleR--從矩陣到細(xì)胞類型注釋單細(xì)胞數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)分析Seurat流程： Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html[http...
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wget下載GEO數(shù)據(jù)
問題描述：使用wget下載GEO數(shù)據(jù)_weixin_43551076的博客-CSDN博客[https://blog.csdn.net/weixin_43551076/arti...
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單細(xì)胞上游分析從原始數(shù)據(jù)——得到文件夾filtered_gene_bc_matrices【其中包含barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz...
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努力努力再努力~<br>個(gè)人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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10x Genomics RNA-seq 原理詳解近期的一系列際遇都再次論證了我真的是一個(gè)靠運(yùn)氣闖蕩江湖的人，鬼使神差的混入了一個(gè)超棒的實(shí)驗(yàn)室，并且受到了同伴和室友在工作和生活上的無私的照顧。日子像夢一樣美好，我只想時(shí)間走的...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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生活不易 我用python 請?zhí)峤魂P(guān)于python 語言相關(guān)的內(nèi)容，本專題目前不再接受關(guān)于各種庫的安裝問題
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記錄下自己干了些什么
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歡迎R語言菜鳥。歡迎大神們?yōu)椴锁B解答問題！和我這個(gè)菜鳥一起努力吧
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歡迎大家投稿自己的biostar handbook學(xué)習(xí)筆記
