嗨嗨，好久不見，太久沒有更新啦。前幾天和老師討論實(shí)驗(yàn)的時(shí)候，他提到了這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)挺方便，之前只是聽說過，沒有研究過怎么用，回來之后我就仔細(xì)看了下，...
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都2020年了，我不允許你不會(huì)用phytozome數(shù)據(jù)庫(kù) -
鏈特異性測(cè)序的理解 小RNA鏈特異性1、鏈特異性測(cè)序的目的現(xiàn)在二代測(cè)序主要有PE和SE兩種策略，PE主要用于RNA-seq，SE主要用于小RNA測(cè)序（短片段文庫(kù)測(cè)序）。PE測(cè)序，我...
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位點(diǎn)頻譜(SFS)計(jì)算1. 什么是位點(diǎn)頻譜(site frequency spectrum)? 位點(diǎn)頻譜也叫等位基因頻譜(allele frequency spect...
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連鎖不平衡以及連鎖不平衡衰減[連鎖不平衡粗俗的說就是：這幾個(gè)基因耍流氓，喜歡抱團(tuán)遺傳，不再隨機(jī)。而連鎖不平衡衰減是指在基因組上，隨著物理距離的增大，兩個(gè)連鎖的的等位基因的連...
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Hi-C | 基礎(chǔ)介紹一、技術(shù)原理 基因組研究的維度可以分為很多種，例如下圖所示 其中Hi-C是研究三維結(jié)構(gòu)的一種方法。Hi-C技術(shù)源于染色體構(gòu)象捕獲（Chromos...
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IBD分析軟件germline安裝與使用
Identity by Descent (IBD) ：同源相同片段，是在兩個(gè)及以上個(gè)體存在來源于同一祖先的、未發(fā)生重組的、完全相同的DNA片段，...
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SNP過濾時(shí)常用參數(shù)的解析（群體遺傳）關(guān)于為何要進(jìn)行SNP的過濾： 第一，低質(zhì)量和無信息的SNP會(huì)影響后續(xù)群體結(jié)構(gòu)或GWAS的分析結(jié)果，甚至影響后續(xù)對(duì)生物學(xué)問題的解釋；第二，群體研究...
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轉(zhuǎn)座子（TE,散在重復(fù)）特征及其對(duì)基因組影響基因組中重復(fù)序列大體分為兩類：串聯(lián)重復(fù)（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可預(yù)測(cè)）散在重復(fù)（Disp...
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簡(jiǎn)化基因組群體分析1.stack尋找位點(diǎn)1)數(shù)據(jù)預(yù)處理數(shù)據(jù)下機(jī)經(jīng)過拆分去接頭獲得原始數(shù)據(jù) 由于拆分?jǐn)?shù)據(jù)用的引物街頭長(zhǎng)度不一，獲得的原始數(shù)據(jù)的長(zhǎng)度也有差異，這對(duì)后續(xù)...
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簡(jiǎn)化基因組的測(cè)序方法RAD-Seq(restriction site-associated DNA sequencing)最開始指的是2008年發(fā)表在PLOS ON...
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