首先非常感謝Cj大神開發(fā)出來的TBtools生信工具，為生信分析做圖帶來了極大的便利。作為生信小白，在做多物種間共線性分析時，嘗試了多種方法，苦于沒有計算機基礎(chǔ)，一直沒能完成...
IP屬地：福建
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零基礎(chǔ)多物種間共線性分析 -
TBtools | 批量計算蛋白分子量、等電點、不穩(wěn)定系數(shù)、脂溶指數(shù)和親水指數(shù)寫在前面 最近了解了一些與蛋白質(zhì)分析相關(guān)的文稿，有TBtools老鐵用戶提供了不少參考資料和分析建議。早晨，他突然提起了，一些蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析相關(guān)指標的計算，鼓搗起來還是麻...
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2.GWAS：流程與試驗設(shè)計GWAS流程 材料選擇 1.材料選擇的基本原則 遺傳變異和表型變異豐富； 群體結(jié)構(gòu)分化不能過于明顯，發(fā)生生殖隔離是不能做GWAS的，如亞種以上（亞種需單獨進行GWAS，粳稻和...
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1.GWAS：原理與目的全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-Wide Association Study， GWAS）是以連鎖不平衡（LD）為基礎(chǔ)，利用全基因組范圍內(nèi)群體中高密度的分子標記，鑒定與復(fù)雜性...
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WGCNA（6）：篩選 hub gene通過前期的分析，我們確定了感興趣的module，但是module中又含有幾十甚至上百的基因，下一步需要進一步篩選hub gene。 WGCNA（3）：基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識別重...
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錯亂_ ·
WGCNA的官方文檔里有這樣一句話：In the past, we called the module membership values kME.
然后，kME的定義是，kMEbrown(i) = cor(xi, MEbrown)
datKME=signedKME(datExpr, datME, outputColumnName="MM.")
而MM：geneModuleMembership = as.data.frame(cor(datExpr, MEs, use = "p"))
我比較過這兩個結(jié)果，發(fā)現(xiàn)是一模一樣的，所以它們應(yīng)該就是一個東西，只不過一個是用WGCNA內(nèi)置的函數(shù)signedKME()算出來的，一個用cor()算的。 -
WGCNA（3）：基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識別重要基因前面的文章中完成了數(shù)據(jù)導(dǎo)入和網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，下面是將基因模塊與性狀進行關(guān)聯(lián)，從而識別與表型相關(guān)的重要基因。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡書 (jianshu.co...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（十一）：WGCNA加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析——關(guān)聯(lián)基因模塊與表型本節(jié)概覽1. WGCNA基本概念：定義、關(guān)鍵術(shù)語、基本流程、一些注意事項2. WGCNA運行：?輸入數(shù)據(jù)準備①判斷數(shù)據(jù)質(zhì)量，繪制樣品的系統(tǒng)聚類樹②挑選最佳閾值power③ 構(gòu)...
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Graphpad Prism 繪制柱狀圖與散點圖共存圖本文參考https://docs.qq.com/doc/DZEFHalVWU3lQcVFR?from=singlemessage，僅供自學(xué)和分享，如有侵權(quán)立刪 此圖為一篇文獻...
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使用HMM進行基因家族鑒定？無人不能。寫在前面 很久很久以前，各種原因，我寫過一個帖子，《零基礎(chǔ)-完全重現(xiàn)某個基因家族分析文章（的分析部分）》 http://www.itdecent.cn/p/88075f6c...
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基因家族的鑒定-基于Windows系統(tǒng)上的HMMER基因組的序列提取，詳情請看我之前的教程：http://www.itdecent.cn/p/211a262aebc4 基因家族的鑒定-基于windows系統(tǒng)上的本地blast...
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跟著Nature學(xué)作圖：R語言ggplot2分組折線圖添加誤差線論文是 Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population 數(shù)據(jù)和代碼的github...
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CRISPR-Cas9 原理注：轉(zhuǎn)自一位師兄的個人網(wǎng)站（王進的個人網(wǎng)站），我覺得寫的挺好挺清楚的，所以直接引用了。（如有侵權(quán)，請聯(lián)系撤回） CRISPR/Cas技術(shù)是什么？ CRISPR/Cas系統(tǒng)是一...
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數(shù)據(jù)導(dǎo)入利器——rio包
筆記說明 在讀《Modern R with the tidyverse》一書時發(fā)現(xiàn)了這個非常好用的R包，做此筆記記錄。本筆記記錄rio包的數(shù)據(jù)導(dǎo)入功能。導(dǎo)出功能說明見：用ri...
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R語言 -- xlsx 包安裝 | 讀取/創(chuàng)建 Excel 的 xlsx/xls文件一、xlsx 包介紹 雖然平時處理的文件一般都是txt 、csv文件，但其可讀性不如xlsx文件，在給別人展示你的分析結(jié)果時，一般就會用到xlsx文件。 試了很多包，比如.....
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常用抗生素工作濃度及配置方法常用抗生素工作濃度及配置方法 氨芐青霉素 （100mg/ml）溶解1g氨芐青霉素鈉鹽于足量的水中，最后定容至10ml。分裝成小份于-20℃貯存。常以25ug/ml～50ug/...
