基本分析內(nèi)容 ? 基因家族概念? 數(shù)據(jù)庫檢索與成員鑒定? 蛋白成員基本特性和基因結(jié)構(gòu)分析? 多序列比對和進(jìn)化樹分析? 保守結(jié)構(gòu)域和模體分析（motif注釋...
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基因家族分析1 || 基本概念及數(shù)據(jù)下載 -
linux || sed（2）
調(diào)用sed有三種方式： 在命令行鍵入命令； 將sed命令插入腳本文件，然后調(diào)用sed； 將sed命令插入腳本文件，并使sed腳本可執(zhí)行。 1.使用sed命令行格式為：sed ...
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Dfam-轉(zhuǎn)座元件TEs數(shù)據(jù)庫
昨天安裝RepeatMasker(http://www.repeatmasker.org/RepeatMasker/)這個軟件時，官網(wǎng)上提到了兩個數(shù)據(jù)庫，一個是Dfam，一個...
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植物形態(tài)鑒定網(wǎng)站
1.中國植物志 FRPS 網(wǎng)址：http://frps.iplant.cn/ 2.中國自然標(biāo)本館 CFH 網(wǎng)址：http://www.cfh.ac.cn/ 3.中...
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基因結(jié)構(gòu)&mRNA結(jié)構(gòu)真核生物的基因結(jié)構(gòu)包括編碼區(qū)和非編碼區(qū)。 編碼區(qū) 編碼區(qū)其實(shí)是斷裂基因結(jié)構(gòu)，也就是不連續(xù)基因。具有蛋白編碼功能的不連續(xù) DNA 序列稱為外顯子，外顯子之間的非編碼序列為內(nèi)含子...
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幾種繪制基因組共線圖的方法
1.MCscanMCscan繪制共線圖MCscan需要準(zhǔn)備cds.fasta和.gff注釋文件cds.fasta文件可以從基因組序列中提取 配置layout文件 y：調(diào)整染色...
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【康華同學(xué)】:優(yōu)秀生物信息學(xué)博客 專注收集優(yōu)秀的生物信息學(xué)博客，歡迎廣大博客主投稿！
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從fasta文件中批量提取特定序列
如題，目的是從fasta文件中批量提取特定的基因序列.實(shí)現(xiàn)辦法有幾種： perl腳本：CSDN博主「little^raccoon」的原創(chuàng)文章perl實(shí)現(xiàn)根據(jù)序列ID從提取fa...
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「 bedtools 」提取上游+gene+下游序列
1、bed文件格式介紹 BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列必選;另外還可以添加額外的9列可選，這些列的順序是固定的(之前一直以為時第...
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用clusterProfile進(jìn)行非模式物種且沒有參考基因組的GO和KEGG富集分析
新組裝的基因組并沒有上傳和生成RefSeq基因組信息。而且一系列需要or.db或者構(gòu)建or.db的步驟嘗試構(gòu)建數(shù)據(jù)庫都不成功，要么缺乏物種信息，要么缺乏gene symbol...
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基因組估算軟件：Genomescope
網(wǎng)頁版的Genomescope貌似崩了，一直在運(yùn)算中，不出結(jié)果，因而只好本地安裝了 經(jīng)查閱，應(yīng)該是conda-forge和default沖突導(dǎo)致的，只使用conda-forg...
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中科院碩博生一枚，用簡書來記錄自己精讀paper和學(xué)習(xí)生信的過程。
