最近在處理小鼠全腦的單細(xì)胞數(shù)據(jù)，歸納總結(jié)下細(xì)胞類(lèi)型鑒定的過(guò)程吧。我用的算法是Seurat label transfer function[https://satijalab....
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小鼠全腦單細(xì)胞數(shù)據(jù)細(xì)胞類(lèi)型鑒定 -
單細(xì)胞Day6-marker基因和注釋1.加載數(shù)據(jù) 直接加載之前的obj.Rdata 2.計(jì)算makergene 和差異基因里面的上調(diào)基因有點(diǎn)類(lèi)似，某個(gè)基因在某一簇細(xì)胞里表達(dá)量都很高，在其他簇表達(dá)量很低，那么這個(gè)...
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RepeatMasker基因組重復(fù)序列檢測(cè)工具安裝及使用一.RepeatMasker簡(jiǎn)介: 基因組組裝完成后，進(jìn)行基因預(yù)測(cè)和注釋。由于基因組中存在重復(fù)序列結(jié)構(gòu)區(qū)，特別是高等真核生物，重復(fù)序列占了相當(dāng)大的比例，會(huì)影響基因預(yù)測(cè)的質(zhì)量，...
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生信軟件安裝神器 Mamba [conda加速器~]簡(jiǎn)介[#toc_0] Mamba是在c++中對(duì)conda的重新實(shí)現(xiàn),可以認(rèn)為是更高級(jí)的conda。有以下特點(diǎn)使用多線程并行下載數(shù)據(jù)和package，實(shí)現(xiàn)更高效的安裝libso...
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我也沒(méi)有解決，你們呢？？？
使用liftover創(chuàng)建注釋Chain文件（基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換）
問(wèn)題情形： 在自己組裝出一個(gè)基因組之后，會(huì)想要看自己的序列的組裝情況和染色體朝向，或者是想根據(jù)已有的基因組注釋文件創(chuàng)建自己的基因組的注釋文件。這個(gè)時(shí)候需要的是一個(gè)chain ...
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人鼠基因名同源轉(zhuǎn)換首先可以直接大小寫(xiě)轉(zhuǎn)換： 但是這樣還是存在很多例如 TP53 和 小鼠的Trp53直接轉(zhuǎn)換后不對(duì)應(yīng)的問(wèn)題。于是考慮到要同源轉(zhuǎn)換。但是看了很多教程，看完了還是干著急不能用...
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跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當(dāng)我們進(jìn)行跨物種比較分析時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)基因名對(duì)不上，或者找不到基因，這時(shí)候就需要進(jìn)行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外還查到NCB...
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快速實(shí)現(xiàn)人和小鼠之間的同源基因轉(zhuǎn)換
我們知道小鼠是一個(gè)研究很多的模式生物，有很多生物學(xué)研究，以及一些臨床研究都是在小鼠上做的。那么小鼠里面研究的這個(gè)基因在人里面有沒(méi)有，對(duì)應(yīng)的具體又是一個(gè)什么基因，這是我們經(jīng)常需...
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遺傳學(xué) 博士
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對(duì)peak進(jìn)行功能注釋的GREATGREAT是一款peak區(qū)間進(jìn)行基因注釋的工具，除了給出peak對(duì)應(yīng)的基因外，還集成了多種基因的功能分析，網(wǎng)址如下 http://great.stanford.edu/pub...
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Hi-C分析練習(xí)（從fastq文件到contact矩陣）最近紐約復(fù)工，因?yàn)槊刻煲鰧?shí)驗(yàn)（還得全程戴口罩，非常悶得慌），比不了之前每天都在家可以為所欲為的自學(xué)生信，所以更新也少了很多~ Hi-C的技術(shù)相關(guān)背景學(xué)習(xí)筆記我在之前有寫(xiě)過(guò)（...
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Hi-C文庫(kù)數(shù)據(jù)質(zhì)控及解讀
來(lái)源： 三維基因組Magic [三維基因組Magic](javascript:void(0);) 2017-11-29 Hi-C文庫(kù)數(shù)據(jù)質(zhì)控及解讀 數(shù)據(jù)自身的質(zhì)量在很大程度上...
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HZAU植科院農(nóng)學(xué)本科畢業(yè)生<br>HZAU信息學(xué)院生信專(zhuān)業(yè)碩士畢業(yè)生<br>目前就職于國(guó)內(nèi)某知名藥企數(shù)據(jù)分析崗位<br>主要擅長(zhǎng)SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>對(duì)爬蟲(chóng)、網(wǎng)站搭建感興趣<br><br>歡迎一起討論呀~<br>簡(jiǎn)書(shū)不定時(shí)查看，有需要?dú)g迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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山一大在讀博，立足當(dāng)下、熱愛(ài)生活、終身學(xué)習(xí)。
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HiC數(shù)據(jù)分析之-HiC-Pro軟件安裝： 主要是編輯系統(tǒng)文件： PREFIX =/gpfs02/home/jingjing/software/HiC-Pro-master BOWTIE2_PATH =/g...
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【三維基因組】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step1Juicer Tools 簡(jiǎn)介以及前期處理 Juicer 軟件分析流程以及幾大模塊,如下圖所示： JUICER主要分為三個(gè)模塊 JUICER Tools，JUICEBOX，S...
