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小澤看文獻(xiàn) | 用BatchBench比較scRNA批次矯正方法劉小澤寫于2020.5.29這篇文章做了一件事，就是幫助我們區(qū)分不同的批次矯正方法，然后比較了一下優(yōu)劣 文章題目：Flexible comparison of batch c...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組WGCNA到底應(yīng)該怎么做？在做單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的時(shí)候，獲得分群后我們希望知道每個(gè)群的marker基因是什么以此來描述細(xì)胞群的特征。其技術(shù)本質(zhì)就是利用某種規(guī)則獲得樣本（高変基因）或者每個(gè)亞群（差異基...
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Rstudio 運(yùn)行作圖后不顯示圖片怎么破
plot(1:5,1:5)理論上，左邊輸命令，右邊出圖片，完美。實(shí)際上，plot，plot，plot，右邊無動(dòng)于衷。哦好吧。生活就是這么奇葩。運(yùn)行一下這兩行應(yīng)該會(huì)可以。我的解...
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R數(shù)據(jù)可視化5:熱圖Heatmap最近休息了幾天。沒有來得及更新。今天我們來講一講熱圖怎么繪制 什么是熱圖(Heatmap) 熱圖是一個(gè)以顏色變化來顯示數(shù)據(jù)的矩陣。Toussaint Loua在1873年就曾...
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【R>>RColorBrewer】神仙函數(shù)colorRampPalette首先聲明下面整理的內(nèi)容都來自于網(wǎng)絡(luò)，并在文末注明了引用的出處，本內(nèi)容僅用于學(xué)習(xí)交流，禁止用于商業(yè)用途，如有侵權(quán)，請(qǐng)聯(lián)系刪除。目前自己常用的調(diào)色R包有： ggsci[http:...
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CIBERSORT 免疫浸潤(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸潤計(jì)算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介紹CIBERSORT。 1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT的介紹 Importantly...
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當(dāng)小白遇到：參考基因組和基因組注釋1、啥是參考基因組和參考基因注釋？ 俗話說“大道至簡”，咱生物界表示：這我熟呀！君不見，我只用ATCG 四個(gè)堿基就能上天入地，外加海底兩萬里。嗯，沒毛病??！自從 1990 啟...
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WGCNA（2a）：一步法完成網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測在上一篇帖子上完成了表達(dá)量數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)的整理，這篇文章將進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測。 WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡書 (jianshu.com)[https...
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WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗WGCNA：加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析，簡而言之，就是將基因劃分為若干個(gè)模塊，探究與表型數(shù)據(jù)與基因模塊之間的相關(guān)關(guān)系，并找到模塊中的核心基因。 適用于復(fù)雜的數(shù)據(jù)模式，推薦5組(或...
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找不到某些GEO數(shù)據(jù)的表達(dá)矩陣腫么辦舉個(gè)栗子，GSE99410和GSE78200。 代碼看起來沒有問題，怎么就畫不了圖？ 因?yàn)樗强諗?shù)據(jù)啊。 有兩種情況 第一類，不是芯片數(shù)據(jù)，用于后續(xù)分析的文件以其他形式存儲(chǔ)了...
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已經(jīng)下架的R包和R版本太低安裝不了的包怎么安裝
1 如何安裝CRAN已經(jīng)下架的包 以前有個(gè)叫export的神包，因?yàn)榭梢园裄語言的圖片甚至是表格，導(dǎo)出為ppt等各種格式，所以很有影響力。Y叔的公眾號(hào)曾力推過，見我不會(huì)用il...
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WGCNA 挑選軟閾值我們今天就搞清楚這兩個(gè)問題：1.什么是無尺度分布2.手工計(jì)算軟閾值 無尺度分布 假如我問大家，如果你想認(rèn)識(shí)世界上的任何一個(gè)人，需要通過幾個(gè)人來聯(lián)系？ 6個(gè)。 這個(gè)就是6度分隔...
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WGCNA原理簡介網(wǎng)絡(luò)圖 在傳統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)圖里面，一般分為非權(quán)重網(wǎng)絡(luò)和權(quán)重網(wǎng)絡(luò)對(duì)于非權(quán)重網(wǎng)絡(luò)： 非權(quán)重網(wǎng)絡(luò)的特點(diǎn)是只能表示兩個(gè)點(diǎn)之間是否有關(guān)系，單純的“一刀切”，即只有“有關(guān)系”和“無關(guān)系”這兩種...
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使用tibble實(shí)現(xiàn)簡單數(shù)據(jù)框
tibble 是一種簡單數(shù)據(jù)框，相對(duì)于傳統(tǒng)的data.frame做出了一些修改。tibble 包是tidyverse 的核心 R 包，其所提供的簡單數(shù)據(jù)框更易于 在 tidy...
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什么是RESTful風(fēng)格的APIREST (REpresentational State Transfer)，直譯：表現(xiàn)層狀態(tài)轉(zhuǎn)移。這個(gè)中文直譯經(jīng)常出現(xiàn)在很多文章中。尼瑪，誰聽得懂“表現(xiàn)層狀態(tài)轉(zhuǎn)移”，這是人...
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ssGSEA算法原理及應(yīng)用TCGA數(shù)據(jù)zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及應(yīng)用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
