劉小澤寫(xiě)于2020.5.29這篇文章做了一件事,就是幫助我們區(qū)分不同的批次矯正方法,然后比較了一下優(yōu)劣 文章題目:Flexible comparison of batch c...
在做單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的時(shí)候,獲得分群后我們希望知道每個(gè)群的marker基因是什么以此來(lái)描述細(xì)胞群的特征。其技術(shù)本質(zhì)就是利用某種規(guī)則獲得樣本(高変基因)或者每個(gè)亞群(差異基...
plot(1:5,1:5)理論上,左邊輸命令,右邊出圖片,完美。實(shí)際上,plot,plot,plot,右邊無(wú)動(dòng)于衷。哦好吧。生活就是這么奇葩。運(yùn)行一下這兩行應(yīng)該會(huì)可以。我的解...
最近休息了幾天。沒(méi)有來(lái)得及更新。今天我們來(lái)講一講熱圖怎么繪制 什么是熱圖(Heatmap) 熱圖是一個(gè)以顏色變化來(lái)顯示數(shù)據(jù)的矩陣。Toussaint Loua在1873年就曾...
首先聲明下面整理的內(nèi)容都來(lái)自于網(wǎng)絡(luò),并在文末注明了引用的出處,本內(nèi)容僅用于學(xué)習(xí)交流,禁止用于商業(yè)用途,如有侵權(quán),請(qǐng)聯(lián)系刪除。目前自己常用的調(diào)色R包有: ggsci[http:...
目前主流的免疫浸潤(rùn)計(jì)算方法是CIBERSORT和ssgsea,今天介紹CIBERSORT。 1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT的介紹 Importantly...
1、啥是參考基因組和參考基因注釋? 俗話說(shuō)“大道至簡(jiǎn)”,咱生物界表示:這我熟呀!君不見(jiàn),我只用ATCG 四個(gè)堿基就能上天入地,外加海底兩萬(wàn)里。嗯,沒(méi)毛?。?!自從 1990 啟...
在上一篇帖子上完成了表達(dá)量數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)的整理,這篇文章將進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測(cè)。 WGCNA(1):R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[https...
WGCNA:加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析,簡(jiǎn)而言之,就是將基因劃分為若干個(gè)模塊,探究與表型數(shù)據(jù)與基因模塊之間的相關(guān)關(guān)系,并找到模塊中的核心基因。 適用于復(fù)雜的數(shù)據(jù)模式,推薦5組(或...
舉個(gè)栗子,GSE99410和GSE78200。 代碼看起來(lái)沒(méi)有問(wèn)題,怎么就畫(huà)不了圖? 因?yàn)樗强諗?shù)據(jù)啊。 有兩種情況 第一類,不是芯片數(shù)據(jù),用于后續(xù)分析的文件以其他形式存儲(chǔ)了...
1 如何安裝CRAN已經(jīng)下架的包 以前有個(gè)叫export的神包,因?yàn)榭梢园裄語(yǔ)言的圖片甚至是表格,導(dǎo)出為ppt等各種格式,所以很有影響力。Y叔的公眾號(hào)曾力推過(guò),見(jiàn)我不會(huì)用il...
我們今天就搞清楚這兩個(gè)問(wèn)題:1.什么是無(wú)尺度分布2.手工計(jì)算軟閾值 無(wú)尺度分布 假如我問(wèn)大家,如果你想認(rèn)識(shí)世界上的任何一個(gè)人,需要通過(guò)幾個(gè)人來(lái)聯(lián)系? 6個(gè)。 這個(gè)就是6度分隔...
網(wǎng)絡(luò)圖 在傳統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)圖里面,一般分為非權(quán)重網(wǎng)絡(luò)和權(quán)重網(wǎng)絡(luò)對(duì)于非權(quán)重網(wǎng)絡(luò): 非權(quán)重網(wǎng)絡(luò)的特點(diǎn)是只能表示兩個(gè)點(diǎn)之間是否有關(guān)系,單純的“一刀切”,即只有“有關(guān)系”和“無(wú)關(guān)系”這兩種...
tibble 是一種簡(jiǎn)單數(shù)據(jù)框,相對(duì)于傳統(tǒng)的data.frame做出了一些修改。tibble 包是tidyverse 的核心 R 包,其所提供的簡(jiǎn)單數(shù)據(jù)框更易于 在 tidy...
REST (REpresentational State Transfer),直譯:表現(xiàn)層狀態(tài)轉(zhuǎn)移。這個(gè)中文直譯經(jīng)常出現(xiàn)在很多文章中。尼瑪,誰(shuí)聽(tīng)得懂“表現(xiàn)層狀態(tài)轉(zhuǎn)移”,這是人...
zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及應(yīng)用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...