首先，標準化的英文是Standardization，歸一化的英文是Normalization，正則化的英文是Regularization。標準化是特征縮放的一種方式，需要注意...
發(fā)簡信
IP屬地：西藏
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正則化，歸一化，標準化的區(qū)別與聯(lián)系 -
[R構(gòu)建函數(shù)基礎(chǔ)篇] 計算多樣性指數(shù)及繪圖本節(jié)來介紹如何R來自定義構(gòu)建函數(shù)來進行多樣性指數(shù)計算及繪圖 加載R包 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 定義函數(shù)計算多樣性指數(shù) 導(dǎo)出指數(shù)計算結(jié)果 整理繪圖文件 在此選取我們需要的數(shù)據(jù)來進行展示 定義...
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三代測序數(shù)據(jù)組裝三代數(shù)據(jù)組裝 Pacbio CLR & Nanopore: 50X~100X，最低不能低于30XPacbio HiFi : 25X 以上 三代讀長的優(yōu)勢 推薦軟件 canu ...
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三代測序數(shù)據(jù)組裝（補充）nextdenovo nextdenovo 最初開發(fā)用于nanopore 數(shù)據(jù)拼接，也支持pacbio CLR 和HiFi 數(shù)據(jù)做輸入。軟件運行速度較快。 下載地址：http...
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利用minimap2和samtools簡化目標基因組拼接
最近打算測一些干燥材料和標本材料的淺層基因組，有些材料降解嚴重，拼接的過程可能會比較困難。由于我們的目標主要是轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)，所以試試看能不能在拼接之前將與轉(zhuǎn)錄組無關(guān)的序列直接...
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windows 下的blast+安裝以及使用
blast+的安裝 1.程序下載：訪問blast本地軟件包鏈接 blast_latest下載適合自己系統(tǒng)的blast版本。2.安裝流程：下載完畢后，雙擊安裝到C:\Blast...
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理解并操作BAM文件經(jīng)過了第四節(jié)的長文，我想大家基本上已經(jīng)知道了一個WGS流程該如何構(gòu)建起來了吧。但在那一節(jié)中限于篇幅有兩個很重要的文件我沒能展開來講，分別是：BAM和VCF文件。這篇我們先說B...
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基因組瀏覽器、BAM文件可視化工具（1）--- Tablet在高通量測序數(shù)據(jù)的處理中（例如，在重測序研究、組裝結(jié)果的re-mapping校正中），我們經(jīng)常會將測序reads與參考序列進行比對（常見的如BWA、Bowtie等工具），并將...
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從bam/sam 生成可視化 IGV .tdf 文件；Generating .tdf from bam/sam for IGV
Chinese version: 寫在前面：半吊子生信人，一路摸摸索索各種查，為了避免忘記，還是做個記錄吧 （所以參數(shù)如何改之類還是建議查官網(wǎng)） 老板給我sam文件，問能不能...
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2019-08-01 VCF格式的學(xué)習及對VCF文件的統(tǒng)計
文章來源 http://www.itdecent.cn/p/38f734ae47f5 天秤座的機器狗關(guān)注 0.92018.08.03 14:52*字數(shù) 2060閱讀 213...
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連雨不知春去，一晴方覺夏深
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可能會用到的R語言包~5
1 ggpmisc 添加回歸曲線 2 ComplexUpset 維恩圖 3 colorfindr 提取圖片中的配色 4 flextable 統(tǒng)計模型快速出表格 參考微信公眾號...
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miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA，到表達矩陣【二】該教程分為2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA，到表達矩陣【一】 到此時，原始...
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miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA，到表達矩陣【一】該教程分為2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA，到表達矩陣【二】 因為之前碰到...
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無生物學(xué)重復(fù)RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biol...無生物學(xué)重復(fù)RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data wit...
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2020-03-20 人心臟發(fā)育過程中全器官的基因表達和細胞圖譜一句話總結(jié)：利用空間轉(zhuǎn)錄方法在單細胞分辨率下探索人類心臟發(fā)育的基因表達圖景，以構(gòu)建一個3D器官范圍的圖譜。 Highlights Profiled spatiotempora...
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R package：RIdeogram （一）染色體數(shù)據(jù)可視化
安裝所需要的包 RIdeogram可視化需要3個文件： 1、染色體核型文件 如,這個包帶的human_karyotype數(shù)據(jù)集: 2、染色體基因密度文 如,這個包帶的gene...
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如何在MAC M1芯片上安裝R的Bioconductor包蘋果的m1芯片已經(jīng)出到了第二代的m1pro/max版本了，不少同學(xué)也是用上了新的macbook，m1芯片的優(yōu)點我們已經(jīng)有目共睹。雖然新版本的R的新版本和cran上的標準包如g...
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R-ggplot2-箱圖系列（2） 注釋P值與組間比較R-ggplot2-箱圖系列（1） basic - 簡書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/bafbd08b28ef]R-ggp...
