軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操 -
單細(xì)胞之軌跡分析-3：monocle3軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程目錄：1. 原理介紹2. 操作演示3. 關(guān)于Harmony操作是否會(huì)對(duì)差異分析產(chǎn)生影響 1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomic...
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單細(xì)胞分析--FindConservedMarkers 運(yùn)行報(bào)錯(cuò)
按照教程進(jìn)行運(yùn)行的時(shí)候報(bào)錯(cuò)：運(yùn)行命令：cluster0_conserved_markers <- FindConservedMarkers(seurat_integrated...
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@dandan_9520 不應(yīng)該呀，你有試過(guò)在網(wǎng)頁(yè)中直接注釋嗎？就用最普通的方法
使用egg-nog進(jìn)行非模式生物的基因注釋——以昆蟲(chóng)為例
為什么寫(xiě)這個(gè)文章，其實(shí)是自己在安裝和運(yùn)行的過(guò)程中遇到了兩個(gè)關(guān)于軟件安裝版本的問(wèn)題，和一個(gè)路徑問(wèn)題（1）軟件安裝的版本不是最新的。（2）安裝上新版本了，但是內(nèi)部涵蓋的軟件本身的...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組流程一：安裝運(yùn)行cellranger及結(jié)果解讀
單細(xì)胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細(xì)胞的小伙伴對(duì)Cell Ranger這個(gè)軟件都不陌生，我們今天就來(lái)了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法。Cell R...
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@dandan_9520 可以這么操作，沒(méi)問(wèn)題。
使用egg-nog進(jìn)行非模式生物的基因注釋——以昆蟲(chóng)為例
為什么寫(xiě)這個(gè)文章，其實(shí)是自己在安裝和運(yùn)行的過(guò)程中遇到了兩個(gè)關(guān)于軟件安裝版本的問(wèn)題，和一個(gè)路徑問(wèn)題（1）軟件安裝的版本不是最新的。（2）安裝上新版本了，但是內(nèi)部涵蓋的軟件本身的...
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一鍵解決不同物種間的直系同源基因的轉(zhuǎn)換一鍵解決不同物種間的直系同源基因的轉(zhuǎn)換 今天推薦一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站，可以直接在網(wǎng)站上進(jìn)行轉(zhuǎn)換，比如我們就知道果蠅這個(gè)物種，他們自己的名字名命就是和別的物種不一樣，總有一些自己的叫...
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【轉(zhuǎn)錄組07】樣本表達(dá)分布、相關(guān)性分析&差異表達(dá)分析一.樣本表達(dá)分布 箱式圖 小提琴圖 概率密度分布圖 以上三個(gè)圖結(jié)合起來(lái)可以看總體樣本表達(dá)分布圖 二.樣本的相關(guān)性 層次聚類樹(shù)————通過(guò)計(jì)算點(diǎn)與點(diǎn)之間的空間距離對(duì)樣本進(jìn)行類別...
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STEP6:WGCNA相關(guān)性分析因?yàn)闃颖緮?shù)量比較可觀，所以可以進(jìn)行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來(lái)做WGCNA分析，挑選的標(biāo)準(zhǔn)可以是top變異程度大的基因集合，或者顯著差異表達(dá)的基因集合等等。...
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【畫(huà)圖】pheatmap多圖組合1. 解決問(wèn)題 ??在進(jìn)行多圖繪制的時(shí)候，用cowplot::plot_grid函數(shù)進(jìn)行多圖組合，結(jié)果在多圖組合的時(shí)候，別的ggplot畫(huà)圖的對(duì)象沒(méi)有任何問(wèn)題，但是pheat...
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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的轉(zhuǎn)化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
使用ggord包進(jìn)行PCA分析和作圖PCA（Principal Component Analysis）主成分分析， 用來(lái)考察多個(gè)變量間相關(guān)性一種多元統(tǒng)計(jì)方法，研究如何通過(guò)少數(shù)幾個(gè)主成分來(lái)揭示多個(gè)變量間的內(nèi)部結(jié)構(gòu)...
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DESeq2詳細(xì)用法1.構(gòu)建DESeq2對(duì)象 （1）從SummarizedExperiment對(duì)象構(gòu)建DESeqDataSet對(duì)象 se為RangedSummarizedExperiment對(duì)象...
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遺傳學(xué) 博士
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DESeq2的多組比較
DESeq2 multiple group comparison (biostars.org)[https://www.biostars.org/p/357464/]說(shuō)來(lái)也神...
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理解并操作BAM文件經(jīng)過(guò)了第四節(jié)的長(zhǎng)文，我想大家基本上已經(jīng)知道了一個(gè)WGS流程該如何構(gòu)建起來(lái)了吧。但在那一節(jié)中限于篇幅有兩個(gè)很重要的文件我沒(méi)能展開(kāi)來(lái)講，分別是：BAM和VCF文件。這篇我們先說(shuō)B...
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AnnotationForge包構(gòu)建非模式物種Orgdb包通常在對(duì)物種做GO富集分析時(shí)，我們會(huì)遇到2種情況模式物種 & 非模式物種；針對(duì)模式物種專門的Orgdb包，但是目前針對(duì)模式物種的包只有20種,針對(duì)非模式職位另一種解決方案是通...
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使用AnnotationForge包自定義Orgdb包參考1：http://www.itdecent.cn/p/68f7b663c5ff[http://www.itdecent.cn/p/68f7b663c5ff]參考2：h...
